煩惱現行未除種子況斷所知耶。
  【科】故彌勒所問經論云一切聲聞辟支佛人不能如實修四無量不能究竟斷諸煩惱但能折伏一切煩惱等楞伽經文亦如上說。
  謂二乘行果非真不如實修行不真也不究竟斷果不真也楞伽云味著三昧樂安住無漏界譬如昏醉人酒消然後覺言諸二乘得涅槃者非究竟也。
  【科】問此說何故與前教不同耶。
  以始教有宗說彼愚法出界總斷煩惱分斷所知今實教尚未斷煩惱況斷所知耶二教不同故興問也。
  【科】答彼為引二乘故未深說故是故以上就下說煩惱障同彼二乘至佛地智方盡又以下同上亦許二乘全斷惑障分斷所知障今此就實以愚法二乘無廣大心故不究竟斷煩惱障。
  始教菩薩亦說煩惱須十地終心頓斷又許聲聞全斷惑障等今此就實深細而說並不名究竟出三界斷煩惱有謂終教不見有二乘斷惑行相然教有麤細則前機麤故須似小此教深勝不假似彼法華火宅喻三車引諸子豈非實教三乘行相耶。
  【科】又亦可前約三乘中聲聞此中約愚法故不同也。
  以前二教俱約愚法說今此二教以始教約三中二乘此終教約愚法二乘若終教約三乘說聲聞者亦如諸論若始教約愚法義同法華則二教互出也。
  【科】其菩薩人於二障中不分俱生及分別但有正使及習氣地前伏使現初地斷使種地上除習氣佛地究竟清淨。
  言使者如世公使隨遂其人得使繫縛故云使也此通二障言習氣者熏習氣分孔目云大分有二一種子熏習二上心熏習。
  【科】然彼地前三賢位中初不墮二乘地中於煩惱障自在能斷留故不斷為除所知障等故。
  地前雖伏正使現行留彼種子故不墮二乘地也。
  【科】是故梁攝論云十解以去得出世淨心又云十解心以上名聖人不墮二乘地故仁王經云地前得人空而不取證等又起信論見少分得法身作八相等皆此義也。
  可知。
  【科】以此菩薩唯怖智障故修唯識真如等觀伏斷彼障然於煩惱障非但不怖不修對治亦乃故留助成勝行初地以上斷於所知障一分麤故於煩惱障不復更留是故二障不分見修。
  智障障成菩提修唯識真如等觀對治唯識觀事真如觀理然於煩惱留故為成勝用。
  【科】至初地時正使俱盡。
  二障正使初地俱盡習氣地地漸次微薄至金剛際究竟方盡。
  【科】故彌勒所問經論云問曰若聲聞人先斷見道所斷煩惱然後漸斷修道煩惱何故菩薩不同聲聞答曰菩薩之人無量世來為諸眾生作利益事後見真如甘露法界觀彼一切諸眾生身而實不異我所求處是故菩薩見修道中一切煩惱能障利益眾生行故即見道中一切俱斷此文為證。
  問終教自言正使習氣何以引見修等惑為證耶答但二教惑障名字雖異而惑體是同故得為證孔目使行稠林云如是等文並屬初教攝今釋終教何以引此下文云義當熟教分亦得通初教中直進教說。
  【科】其末那煩惱亦初地斷麤後除殘習故無性攝論云轉染末那得平等性智初現觀時先已證得修道位中轉復清淨解云轉淨者除習氣也以正使先斷故後但云轉淨更不云斷也。
  無性下見道初觀智現前先以證得修道位中為除習氣解云下知。
  【科】若云此是入真見道時暫不起非正斷者即不得言轉復清淨以總未斷何名轉淨若依始教容如彼說。
  縱云見道伏惑非正斷者奪云不得言清淨以總未斷故若依前教容許此義。
  【科】是故當知此教地上但除習氣故寶性論云不淨者一切凡夫有煩惱障故有垢者以諸聲聞辟支佛等有智障故有黠者以諸菩薩摩訶薩等依彼二種習氣障故解云論釋云地上名摩訶薩故知但有習氣障也。
  寶性論云不淨者以諸凡夫有惑障故有垢者以諸聲聞辟支佛等有智障故有點者污也以諸菩薩有二障習氣故今章云黠者恐刀筆之悞也。
  【科】此中習氣從斷正使種子無間方有習氣何以故未斷以前無微薄故種斷無間方有微薄故論說名無間生習氣。
  地前斷彼使種麤重地上方除習氣孔目云習氣有三種一名言熏習識熏習二色識熏習識識熏習見識熏習三煩惱熏習業熏習果報熏習此等熏習皆通染淨及無記。
  【科】問云何地上煩惱使盡而得不墮二乘地耶。
  始教留惑故不墮今終教煩惱種盡何不墮耶。
  【科】答智力勝故智障正使亦已斷除故。
  今實教出二所以故不墮也。
  【科】如始教小乘頓出離人斷欲界惑六品盡時上二界六品亦同斷盡故猶尚不得彼一來果。
  今舉三中小乘為例拆玄云大乘中二乘有頓出離小乘則無見道斷分別八十八使進斷俱生六品修惑猶不證二果。
  【科】況此菩薩道力殊勝又況已斷智障使故若地前及始教容有彼失此中無也。
  此中菩薩雙斷二障故不墮二乘地也。
  【科】又此教中正斷惑時智起惑滅非初非中後前中後取故云何滅如虗空本來清淨如是滅廣如十地論說。
  十地品云非初非中後者探玄釋此文有二門一約相翻門二約相續門謂此地智生滅相續前中後三何時定能斷煩惱耶唯前不能斷以落謝故唯後不能斷以未起故中亦不能斷以不住故是故三時皆無斷義若爾