三千诸佛，臂然香炷，心发菩提，仰愿大悲拔苦，大慈鉴机，大智慧光，烁群盲之积闇。大神通力，出苦海之沉沦。令今日海内海外，江北江南，已命过者，速脱九横之城，径超九莲之土。未命过者，即离惊窜之怖，永享太平之安。又愿诸佛菩萨，兴慈运悲，悯此劫波，来膺众许。又愿遇影蒙尘，蜎飞蠕动，广及法界一切有情。从今已去，乃至菩提，常知警悟，不构恶缘，永灭三涂，顿消八苦。即同居而横彻寂光，不僧祇而圆登妙觉。
祖堂结大悲坛忏文
顶礼大悲尊，及法界三宝。不厌垢众生，始终垂哀拯。
智旭自惟，无始来至于今日，积恶逾于须弥，招苦浮于大地。虽蒙诸佛菩萨，种种提携，薄解真乘，无柰夙业烦恼，渊渊深厚，时牵现行。盖无论未归信前，厥罪无量，即追思既出家后，愆累尤多。如大悲行法道场，业五与胜会，乃杂乱障垢，终不与三昧相应，虚消檀信脂膏，辜负人天属望。抚心扼腕，惭惧何穷。兹又恭遇幽栖禅寺，建清净坛。施主竭供养之诚，期主极殷重之悃。智旭以下劣凡夫，沙门污道，不惟叨陪法席，兼复谬主行仪。反躬无似，惊悚弥增。爰于方便结界之始，敬然臂香三炷，奉供大悲同体三宝。又三炷，供九位同行忏师。伏愿同体三宝，悯智旭之沉沦，速垂拔济，同行九人悯智旭之不逮，咸赐匡扶。俾一期中，内障外扰以潜消，理观事仪皆成就。智旭又于十方三世三宝前，现在同行九人前，胡跪合掌，剖肝沥血，作如是白。智旭从无始来，至于前世，所有种种烦恼恶业苦报，无明覆故，已不自忆，今悉忏悔，愿尽消除。智旭少年谤三宝业，今尚忆知，诚心忏悔，愿尽消除。智旭出家已来，挂菩萨比丘虚名，不能如法行持，所有性遮诸罪，若忆不忆，无量无边，今悉忏悔，愿尽消除。智旭于四十六岁，自反多愧，退作但三归人，勤礼千佛万佛，及占察行法。幸蒙诸佛菩萨大慈大悲，于今年正月元旦，锡以清净轮相，稍自慰安。无柰夙习根深，不能自拔，出坛后又起种种身口意业，乃至济生庵修大悲行法，然香忏悔以后，默简长夏初秋，仍复多诸违犯。呜呼，佛称二种健儿，一自不作罪，二作已能悔。夫作已能悔者，必悔已不更作，故可称健儿也，数数悔，又数数犯，岂健儿乎。智旭，今犹坠厕人，身口耳鼻，皆陷粪中，独明信因果，不谤大乘，清净正眼，未没溺耳。设诸佛菩萨，现前善友，不乘此时力拯拔之，正恐淹渍日久，清净正眼，并从沦隐，可不哀哉。智旭反覆自思，本以真实为生死心，决定大菩提心。绝不来带利名，亦不牵染恩爱，如法出家，因地颇正，胡为堕落至此，久滞凡地，不预圣流。即欲逃名晦迹，独往深山，筋力渐衰，不堪行迈，且爱见慈悲，漫萦缠于婆和学侣。致使枉寻直尺，担麻弃金。如此痛伤，惟诸佛菩萨能知，亦唯有诸佛菩萨能救耳。且向年力诋三宝，惟有罪障。诸佛菩萨尚自矜怜，今日宏通大乘，亦有微善，诸佛菩萨岂反终弃邪。是以披揭愚衷，仍求加被。愿我烦恼脂消，功德肉肥，三学圆明，二严满足。舍此幻躯，决生极乐。尽未来际，广度群迷。又愿同行九人，各各克除习气，成就总持。自利利他，栋梁法厦。又愿期主福慧增长，檀越信行坚固，乃至随喜缁素，执劳运力，见影闻声，悉悟显密圆通，咸了性修不二，直至菩提，不遭岐曲。又愿风调雨顺，物阜民安，干戈息而烽火无惊，疾疫除而医药无用，菽粟如水火，陌路犹至亲，挽末劫颓风，不异正法住世，超娑婆浊恶，同归安养莲胎。
占察行法愿文(丙戌)
归命慈威无等尊，拔苦与乐真出要。定力能除三劫灾，救世真士垂悲拯。
弟子智旭，痛念劫浊难逃，刀兵竞起。虽云同分妄见，实非无因误招。往业莫追，来事可谏。爰偕同志某等(十人)各捐净资，营修供养，三日方便，七日正修，如法结清净坛，顶礼占察行法，六时行道，五悔炼心。哀吁同体大悲，恳乞无缘拔济。伏念众生障垢，虽至重至深。三宝洪慈，终不厌不舍。苟一念知改过，必随许以自新。况释迦本师，勇猛称最。地藏大士，誓愿无忘。子幼弱父爱偏强，儿不肖母怜益甚。悯兹匍匐入井之愚，赐以身手衣裓之用。俾毫光照处，消兵戈为瑞日祥云。法雨沾时，转邪蘖为道芽灵种。所愿风调雨顺，国泰民安，正教流通，魔邪窜绝。次祈比丘智旭，身无病苦，心脱结缠，定与慧而等持，戒并乘而悉净。期主某法社虽复三年，摄护愿如一日。某等各各真为生死，发菩提心，克除习气，臻修法门，三学圆成，二严克备，续佛慧命，普利人天。又祈外坛随喜缁素，悟知一实，开显三因，二观圆修，三忍圆证。又祈外护助缘，广及法界含识，若见若闻，若不闻见，等植良因，均沾胜益。又祈江北江南，乃至震旦域内，近日遭兵难者，种种债负消除，一一怨嫌解释，脱幽冥之剧苦，胎莲萼以超升。恭千法界三宝，地藏圣师，真实证知，真实摄受。
大悲坛前愿文
归命顶礼十方常住三宝，大悲观世音菩萨，地藏菩萨摩诃萨。伏祈同赐哀怜，俯垂拔济。切惟智旭，向于九华拈得阅藏著述一阄，遂复安心。重理笔砚，适于祖堂轮现，