力将领，除已授实缺外，均奏署要缺；镇将若檄调随征；闽省空虚可虑。故携以同行者，仅三千余人，刘典亦仅令选募旧部三千人；初意南人用之西北非宜，祗可多挑营官、哨长之才。入秦后，将陕、甘见存兵勇分别汰留，而匀拨胆技稍优弁勇充当亲兵护哨，编列成营，以倡其勇敢之气；庶臣粮可资节省，陕、甘饥军渐有位置。以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，先清腹地。然后客军无内顾之忧，饷道免中梗之患。谨一面采买口马练习马队，俟所调各军取齐，由襄、樊出荆紫关，经商州赴陕，沿途遇贼即击。抵陕后，增练马队，设屯田总局；相度秦、陇要隘，有水草可田牧者，开设屯田。汰陕西各营疲冗，愿留屯田者，编入册籍，指地屯牧；不愿留者，资遣。然后军制明而内讧可免，屯事兴而军食渐裕。甘省回多于汉，兰州省会形势孤立，非驻重兵不能守；驻重兵，则由东分剿各路兵分见单，不克挟全力与俱一气扫荡。将来臣军入甘，应先廓清各路，分别剿抚；俟大局戡定，然后入驻省垣，方合机局。是故进兵陕西，必先清关外之贼；进兵甘肃，必先清陕西之贼；进驻兰州，必先清各路之贼。然后饷路常通，师行无梗。至兵事利钝、进止久速，非熟审彼己长短之形、饥饱劳逸之势，随机立断不能；未可臆度而遥决也。臣于西北兵事未曾经历，所部均南方健卒，捻、回伎俩并无闻见；若不慎之几先，加以迫切。诚恐所事无成。伏愿皇上假臣便宜、宽以岁月，勉竭驽钝，次第规画，以要其成；剿捻、剿回，均惟事机所在』。奏入，上嘉其洞中窍要，授为钦差大臣，督办陕甘军务。四月，追击鄂捻任柱、赖汶洸于随州、樊城，与刘典等军分道入关。奉旨以『捻逆张总愚一股屡为陕军痛剿，逆焰已衰；宗棠入关后，务与提督刘松山等军会合夹击。就地殄除』。维时捻逆方窜渭北，官军屡败之；宗棠虑其回窜鄂、豫，饬诸军扼渭驻营，杜其偷渡；督饬山西按察使陈湜办理河防。八月，捻逆渡泾东窜，官军大举围逼。十月，捻逆入北山；分股狂奔，陷延州、绥德；回逆同时狓猖。宗棠自请严议；坐降二级留任。十一月，捻逆由宜川渡河南窜。宗棠亲督刘松山、总兵郭宝昌诸军入晋兜剿。请旨敕刘典等暂行督办陕省剿回事务；并以调度无方，自请从重治罪。奉旨：革职留任。十二月，捻逆窜卫辉。宗棠取道翼城东趋入直，刘松山等绕出贼北，向南压剿。
七年正月，捻逆窜衡水、定州。上以宗棠未能将捻股在陕歼除，致令窜扰畿辅，交部严议；寻降二级留任。捻逆窜保定，刘松山等军追至；得旨：嘉奖优叙。宗棠抵获鹿，命总统见到各省官军。宗棠督饬诸军，破贼献县、深州、束鹿、博野、深泽、饶阳、肃宁等处。二月，捻逆渡滹陀；谕宗棠迅督前敌诸军追剿，破贼封邱、滑县，卫辉、延津、临清等处。四月，捻逆回窜东光吴桥。上以宗棠等追军落贼后，调度无方，交部议处；责令绕前兜击。闰四月，以未能依限灭贼，交部严议。宗棠以黄、运两河增涨，与钦差大臣李鸿章等会筹沿运筑墙，且防且剿；各军迭获大胜。七月，官军蹙贼于徒骇河，张总愚投水伏诛；捻匪平。诏以宗棠追剿尚属迅速，抵直隶后督军截击、扼守运防，亦颇严密；开复迭次降革处分。旋赏太子太保衔，照一等军功议叙。宗棠力辞；谕曰：『据左宗棠奏：追剿无功，难以忝窃；请收回成命。觉其情词，甚为恳挚；惟国家论功行赏，自有常经。该大臣其勉效驰驱，用副委任，毋许固辞』。八月，入觐；赐紫禁城骑马。覆陈晋省防务，请敕山西巡抚、绥远城将军凭河设防，严密布置，以免罅漏；陕、甘饷绌，请敕军机大臣、户部指拨实饷。允之。九月，奏言：『陕、甘每年，缺饷，总在四百余万两。兹捻氛净扫，各省解严；节出之饷需、赢余之厘金洋税不下千余万两，用东南之财赋、赡西北之甲兵，此可为陕、甘常年经费请者也。谕旨允军机大臣、户部之请，拨各海关六成洋税项下银百万两，为臣西征实饷；请提前协解，以应急需。如未能如数，由各督、抚出具印票，交上海转运局员转向洋商借取见银解陕。此项未到之前，恳敕山西抚臣于河东盐课项下丁，无论京协各款提拨二十万两；臣得一意经营，别无顾虑。至陕、甘全局安危，不争一时兵事利钝；一面用兵，一面即须筹办善后，庶几一了百了。恳恩敕筹陕、甘常年实饷，每岁于洋税、厘金项下划提实银四百万两分给陕、甘，酌时势之缓急，定协饷之多寡。臣当尽心力所能到，黾勉图维，与西事相终始。期挈全境还之朝廷，断不敢或作、或辍，虚负恩知；亦不以余粟、余财，自污素节』。下军机大臣、户部议行。十月，抵西安。时陕省东北延、榆、绥各属土匪游勇所在纷扰，与甘回相附丽。西南回匪踞宁州董志原为老巢；北接庆阳、南连邠、凤、东北达鄜、延；逆回杨文治、白彦虎、马长顺、禹得彦、崔伟、马正和、陈林、马正刚、马生彦、冯均福、邹阿浑、余彦禄等十八头目（号十八营），四出剽劫。宗棠部署诸军，分道逼剿。白彦虎等分股掠食，破之鄜州洛川中部、陇州、甘泉、邠州、汧阳、宜君、三水、泾州、清涧等处，刘松山等破土匪十数万于绥德、靖边，降