六月，复孝丰。七月，克湖州府。八月，全浙肃清。宗棠遣军出境，追剿江、皖窜贼。九月，谕旨：『左宗棠自入浙以来，克复城隘、郡县数十处，肃清全浙，厥功甚伟。本欲即加懋赏，恐该督以洪幼逆未灭，必将固辞；一俟余逆净尽，即降恩旨。浙江军务已竣，地方应办善后事宜，该督当督饬司道次第办理』。宗棠奏减杭、嘉、湖三府额赋漕粮三分之一，核减绍兴、宁波两府浮收钱漕，免被兵各郡县同治二年漕粮，暂停设杭州北新关；以商盐疲滞请试行票运。条上四，皆如所请行。十月，谕曰：『闽浙总督兼署浙江巡抚左宗棠督师入浙，恢复浙东各郡，进规浙西，攻克杭州省城及湖州各州县，肃清全浙；并派兵截剿皖南窜贼，荡平巨寇，卓著勋猷。兹当洪福瑱幼逆就擒，歼除余孽，东南军务渐次底定，自应渥加懋赏。左宗棠着加恩锡封伯爵』。宗棠恳辞；谕曰：『前因左宗棠督师恢复浙东郡县、规复浙西并攻克杭州省城，肃清全浙；派兵援剿皖南、江西，扫除余孽，特沛殊恩，将左宗棠锡封一等伯爵，以示优异。兹据左宗棠奏：「沥陈下悃，恳请收回成命，并推功于诸将士」各等语；所奏意存退让，具见悃诚。惟朝廷懋功懋赏，原以该督抵浙以后，削平巨寇，屡克名城，肃清浙江全境，厥功甚伟；岂能无破格恩施，以奖劳勋。至温、处、嘉、湖用兵，虽得闽师苏军之助，总由该督调度有方，克期底定；洪福瑱窜扰江西，亦由该督派兵援剿，方能迅速蒇事。左宗棠实为有功国家之臣，锡爵酬庸，洵可当之无愧。所请恳辞伯爵之处，着无庸议』。寻内阁拟进字样，钦定「恪靖」。时江宁余匪窜闽，宗棠请解抚篆，督军援剿；并陈浙江应办善后事宜。且言为治之道，兴利不如去弊、任法不如用人。得旨：嘉奖。十一月，入闽。十二月，会粤军复永定。奏言：『闽省吏治、军政之坏，由于因循粉饰，积习相沿。今欲修明整理，必先求治事之才；请调周开锡、吴大廷等员来闽差委』。从之。
四年正月，复龙岩。二月，汀州、连城平。四月，复漳州府及南靖、平和、漳浦、云霄。五月，复诏安；全闽肃清。宗棠驻漳州，派兵剿办各属土匪，遣将追剿江西、广东边界窜贼。六月，奏陈鹾务积弊，请改行票运，厘课并抽。部议以四可虑诘难，宗棠逐条奏覆，力主初议；卒如斯请。八月，闽军复镇平，伪康王汪海洋等分路窜走。谕曰：『左宗棠廓清浙、闽，威望素着。即督率各军驰赴粤境，调遣三省之军，合力攻剿；所有江西、广东援剿各军，均着归左宗棠节制，以一事权』。九月，宗棠奏恳收回节制三省成命；诏不允。十月，贼为江、闽各军剿败，回窜广东；陷嘉应州。宗棠奏言：『发逆仅剩汪海洋，而广东患气在惠、潮、嘉三郡，汪逆回窜，土匪散勇多附之；正宜全力兜围，俾无遗种。事关大局，不可计一时之功效。仰恳天恩宽其督责、假以便宜，俾得从容就绪』。十一月，宗棠进驻大埔。十二月，督军合围嘉应，阵毙汪海洋，复州城；余孽悉平。
五年正月，赏双眼花翎。宗棠班师回闽，续办各属土匪，一律肃清。五月，奏请设立船厂，试造轮船。略云：『东南大利在水而不在陆，自广东、福建而浙江、江南、山东、直隶、盛京以迄东北，大海环其三面；江河以外，万水朝宗。欲固海防，非轮船不可。无事之时，筹转漕，则千里犹在户庭；筹懋迁，则百货萃诸廛肆。有事之时，筹调发，则百粤之旅可集三韩；筹转输，则七省之储可通一水。匪特巡洋缉盗有必设之防，用兵出奇有必争之道也。国家建都于燕，津、沽实为要镇。自海上用兵以来，泰西各国火轮兵船直达天津，藩篱竟成虚设；星驰飙举无足当之，非急造轮船不为功。船厂之地，臣已择定福建罗星塔一带地方，开槽浚渠，水清土实。先购机器一具，巨细毕备；觅雇西洋师匠与之俱来。先以机器造机器，积微成巨、化一为百。机器既备，成一具轮机，即成一船；成一船，即练一船之兵。比及五年，成船稍多，可以布置沿海各省，遥卫津、沽。由此更添机器，触类旁通：凡制造枪炮、炸弹、铸铁、治水有益生民日用者，均可次第为之。计五年内，约费不过三百余万两。如能办理得人，以后必多获益』。得旨：试行。八月，调陕甘总督。九月，奏陈闽浙兵制，请减兵加饷，就饷练兵；下部议行。十月。奏陈台湾吏事、兵事，宜早绸缪；略言：『台湾设郡之始，由内地各标营调兵更番戍守，三载为期；用意深远。自班戍之制不行，有册无兵，战船无一存者。自道标裁撤，遇有剿捕事宜，文员不得不借重武营；一任其虚冒侵欺，莫敢究诘。吏事，则官索陋规、民好械斗。宜复班兵旧章，三年更戍。仍设道标，俾有凭借；申明镇兵归道察看之例，互相维制。移修船之费制船，巡洋募练水兵；永革镇、道以下陋规，别筹办公津贴。生番有心内附，宜弛垦荒之令，齿于编氓』。上悉嘉纳。又奏荐丁忧在籍前江西巡抚沈葆桢接办船厂事宜。诏嘉宗棠『于轮船船厂事在必行，不以去闽阁置；沈毅有为，能见其大』。寻奏报交卸西征，请命前浙江按察使刘典帮办陕甘军务。允之。十一月，请各省协饷，由部议拨定实款。
六年正月，奏陈筹办情形；略云：『臣旧部得