为荒裔，海氛出没；元时虽设巡检，而营制亦缺如不可考矣。明洪武初，信国公汤和经略海疆，弃如敝屣，以致海盗跳梁，接踵窥伺，御亦疏矣。
万历初，倭寇猖獗，始分铜山、浯屿二游兵，分班轮戍，亦仅春秋巡警，有名无实。迨万历二十五年，乃增设澎湖游兵，甚至料罗、东涌、大小甘山亦设远哨，实欲其缓急攸资，互为应援。然而海外孤军，兵力单弱。万历三十七年，外寇突至，澎湖游兵一哄星散。天启二年，高文律又复窃踞；都督俞大猷之子咨皋，乃勒兵俘之。第往者大猷尝议于文澳筑城，以资控制，顾其事不可详考。迨后仍化外置之，以致郑氏盘踞延至三世，屡为边患，内郡迁界以避之，祸亦惨矣。康熙二十二年，讨平郑氏，澎湖遂列版图，东南半壁始安衽席。乃设副将一员驻劄，统辖两营戍兵二千名，控制外洋，为海疆要缺。协以统将，将以统率弁兵，瀚海无波，则画方以守；戈船下濑，则合力以攻。如康熙六十年，台匪朱一贵作逆，窃有全台，七日之内，渠凶授首，何莫非澎湖两营固若金汤，得以驻兵进剿之故也哉（节胡氏「纪略」）。
澎湖游击，万历二十五年增设，属南路参将，驻厦门，而澎湖其遥领也（「厦门志」）。
万历壬辰岁，倭犯朝鲜，有侵鸡笼、淡水之耗。鸡笼密迩澎湖，当事者集议不宜弃，乃设官兵先据险戍之。二十五年冬，初创一游一总四哨，各鸟舡二十艘，目兵八百有奇。二十六年春，又虑孤岛寡援，增守一游总哨，舟师称是。又于海坛、南日、浯屿、铜山、南澳大寨游，各抽哨官一人，领坚船三只，汛时远哨该岛，以联声势。后虑兵饷难继，裁至一游；而海坛、南日、南澳三处远哨船，渐各停发。今仅有一总二哨，鸟船二十只，官兵八百五十有奇。月粮则漳、泉共饷之（「天下郡国利病书」）。
康熙二十三年，澎湖、台湾平。施琅奏云：海氛既靖，内地溢设之官兵，尽可陆续汰减，以分防台湾、澎湖两处。台湾设总兵一员、水师副将一员、陆师参将二员、兵八千名，澎湖设水师副将一员、兵二千名，通计兵一万名，足以固守，又无添兵增饷之费（奏疏载「艺文」）。
六十年朱一贵平，部议撤台湾总兵，移设澎湖。漳浦蓝鼎元代其兄廷珍作书争之曰：『部臣不识海外情形，凭臆妄断，看得澎湖太重。意以前此癸亥平台，止在澎湖战胜，便尔归降；今夏澎湖未失，故台郡七日可复。是以澎湖一区，为可控制全台，乃有此议。不知台之视澎，犹太仓外一粒耳。澎湖不过海面一撮沙堆，山不能生树木，地不能生米粟，人民不足资扞御，形胜不足为依据，一草一木，皆需台、厦。若一、二月舟楫不通，则不待战自毙矣』（「东征集」）。
光绪十三年，巡抚刘铭传请移海坛镇总兵改设澎湖。奏曰：澎湖本设副将一员，从前防务系归厅协会办，遇有事故，既请命于镇道、复受制于通判，处处牵制，不能有为。若归统兵将领办理，副将一缺，又或虚设，且恐主客不能相安。现当海上多事之秋，今昔情形不同，该处为闽、台门户，似非特设重镇，不足以资守御。督臣杨昌浚与臣意见不谋而合。据云：『拟将澎湖副将与海坛镇对调，各就现有弁兵略为变通。无须再添额兵，所费无几；将来海上有事，声援隔绝之际，稍可自立』（奏载「艺文」）。
营署
光绪十三年冬，总兵吴宏洛议择城内适中之地，就南澳馆拆建总镇衙门；地不敷用，别购附近民房拆卸以益之。民房每间大小不等，给银二十元或三十元，并给还旧料，别指旷地，令原主自盖。费银五千余金。由是镇署地面宽敞，前为辕门鼓吹亭，入署为头门、二门、大堂，官厅为三堂，后楼两傍俱有科房，东边隙地为内箭道、演武厅。计署内大、小房屋二百二间，于十三年十二月兴工，至十四年十一月工竣（南澳馆系南澳班兵祀神之所，今改建于旧协署西辕门外）。
镇标中军左营游击，仍左营都司署；原系右营守备署，在妈宫城内。有头门、大堂、川堂及后堂三间；大堂后护房小屋三间；东边厨房二间，案房六间，旗厅房二间。
右营都司署，系游击原署，在城内。有头门、大堂、川堂及后堂三间；东边厨房二间；西边旗厅房三间。署西客厅一座三间，外有照墙（乾隆三十二年，游击吴勇建，现为右营都司署）。
左营中军守备署，就吴总镇新起行台为之，在城内程朱祠前。两营专防署，俱在城内水仙宫口。
谨按：「纪略」载：协署大堂一座三间，前为头门，门前周围木栅，东西辕门内竖旗二枝。东西有鼓吹亭。大堂后为后堂七间，东西案房七间，左右护房八间。署之西为箭道，有箭亭一座，两进。署之东花厅一所，中厅三间，头门后厅各三间。厅东为旗厅房，西为管班房；东边马房，二进，西边厨房三间。官厅在花厅之东，一连三连。干降三十二年五月协镇许建。光绪二年春，协镇吴奇勳就署西旷地建屋两进，有两廊耳舍。第二进厅事额曰「筹海堂」，盖协戎与幕友梁纯夫，密筹防海机宜处也。今改为厅署。
又按：从前左营将备旧署，现已圯废；旧游击署地，为屯积煤炭之所。
澎湖镇公廨，在镇北坊四舍