阵亡：为请恤典、后荫以慰忠魂。各王府选婚封诰题奏，向皆寝阁；孕昌稽旧案，尽数汇题。计题王府辅国、奉国将军中尉等及世子选婚、郡君县君仪宾等选配等诰命三百六十五道，又题文武各官诰命赠荫共四百轴，土官承袭、散官题授积案尽覆，无留牍。明年己卯，擢文选郎中。上疏「为吏治当积弛之后、铨政有更新之期，谨循职掌用剖愚忠，以祈圣盐以致治安事」条例六事，皆切中时务，期于必行。而政府多侧目，票拟云：『铨地情弊丛杂，林孕昌着极力振剔，不必袭陈』。遂以「极力振剔」四字额于选司内堂。时部尚书缺，帝慎重铨臣，屡推不允；孕昌呈堂，于疏末开庄钦邻、李待问、张慎言、张镜心四人。帝以钦邻补授；而钦邻竟以过家省觐，迟赴被谴。台省条陈铨政纷纷，择其有关治理者为之题覆。吏胥故有顶金，因知州郭正中条议，覆疏谓：『欲革顶金，在除缺主；欲除缺主，在汰冗役。遇吏书缺，即将直省送到者考补，不许再索顶金』。吏弊以除。有同年李可植久淹县令，陞以南户部主事；惜薪司太监马姓移部称：『可植欠绢银千余两，钻营求陞；该司独不见韩文镜事乎』？——文镜以扬州府陞副使，因欠绢被参提问，选司卫先范亦以此降三级调外者。朝中咸为可植及孕昌危惧，孕昌不为动，回文云：『本部照俸推陞，不知余杭令有欠绢银之事。从来户、工二部各官有参罚，必移咨本部停升；二部并未移会，本部何从知之！今将可植文凭扣留，仍移浙江抚、按察本官绢银解完，方许领凭赴任，则两无碍矣』。马璫大喜，谓『铨部真解事，将来州、县不敢欠绢银；即陞转，亦要清还』。少宰董邃仁亦喜云：『处有事若无事者，林选君也』！值大选，东厂太监王德化拿假官三人，司属震栗；孕昌曰：『易事耳。查三员履历，如非三考，当检举疏参；书办如无错，当参东厂』。后厂知之，移文取履历送还三官，而参诬首骆姓反坐。册库科向有遏缺之弊；孕昌于各省进表官册，查其到任日期，密造底册存查。遇书吏送推陞册，诘以「某官俸最深，何故不开」？则大惊。于是积年之缺尽数开陞，选者欢腾。复疏奏「为人才匮讪已甚、铨地启事綦穷，乞敕廷臣各举所知，确咨臣部核用，以信明昭、以济时艰事」力陈四竭三碍，不下千三百言，拂政府意。票拟云：『选司职在用人，廷臣荐举多滥；内外大小员缺，林孕昌同该堂官虚公甄别，实择堪任的详开履历，请旨点用。不许借题徇私，致开幸窦。带降陞迁，仍遵旨行』。于是杨嗣昌、薛国观百计媒孽，因题覆以知府职衔管常镇道事陈琯、题陞通州监军佥事范志懋、张平及陞太仆寺丞孙晋屡经票驳，遵旨疏辨甚明。而杨嗣昌复以孕昌覆其所奏选人金镜五款无一依行，怒益甚，竟以「强辩」下狱；满百日，作「百日秋梦诗」。奉旨为民当差，策驴出都；送者遮道，谓「数百年未有选君公道清白至此者」！
抵家，即与诸子弟讲论经史，每月三期，人各兼经，从者如云；经则「十三经」，史则汉、唐、宋、元四代，逐期课程，汇成全部，经年不辍。复与黄文炤结社，申明旦气；因读真德秀有「夜气箴」，作「旦气箴」续之。重修清源西洞天，易偕乐亭以石；落成，偕太守孙朝让登临，赋诗记焉。素有山水之癖，清紫朋山时供眺咏，而三十六洞天尚未周遍。癸未春，与吴载鳌、周廷鑨、山人林礽洞、僧道昭偕游，有图、有记、有诗，合而成志。时李遇知为太宰，莅任即荐孙昌龄及孕昌；奉旨「准复原职」。昌龄即补文选；孕昌拟补考功，未有缺。而笋堤社中自丙子至癸未，每试事首名辄出讲社，乡榜连得两解元。壬午，蒋德璟、黄景昉同时入阁。是春，会榜十人；喜而题句云：「笋水漾文章，此日南宫登十隽；闽学崇启沃，昨年黄阁贲双纶」。又宗镜社童子八十人、颖社童子百人为文会，呈请笔削；遂有联登科第者。
甲申，京师闯贼之变报至，衰絰哭临，与诸绅助饷救援。福王监国南京，太宰徐石麒奏荐，将大用；忌者沮之。擢南京通政使司右通政，辞焉。丁内艰，茹蔬哀毁。唐王入闽，推兵部右侍郎；或强之出山，曰：『情不可夺也』！葬母黄于竹洋山，与父合厝。四月八日，负土成，有元雁飞鸣之异；因名曰「雁山」。已复推太常寺正卿，坚辞不出。大清兵至，孕昌庐墓雁山。
秋，海师迫城，城中苛严束湿，偕诸老寓崇福寺三十三日，作「子规三鸣」「秋兴」七首以自嘲。戊子，海师复至，当事苛峻益甚；与诸老寓东门又三十三日，作「五忆歌」。庚寅，与兵备道黄澍谈诗，有「八辘章耨斋杂咏」、「栖霞倡和」。是秋，太守建宏文社，延孕昌主盟；课艺评选，文教大兴。辛卯，重修西洞天；置福田，为清源岁时香火。又于半岭岩葺不易亭，门人洪承畯扁而记之。是春，诸弟子镌孕昌石像于八仙阁。值诞辰，及门百余人执经开讲第一山为寿，太守高联兴送「正学」扁至，门人黏本盛、王命岳为记。壬辰，开讲栖绿之洁身堂，复耨「论语」，分经课艺，从者益广。癸巳，直指王应元疏荐，奉旨原职考核酌用□□□□□□□□□□□□□□具呈恳辞，方伯周亮工、巡抚佟国器为题请予告。越丙申元旦，筮得「小过」之豫，兢兢以过防为念。是春阴雨，偶跌折齿，作「讼