辱，控之少司马岳公，责兵谢之。既而兵告卫总克剥军粮，岳又欲处卫总；孕昌谓『卫总克剥，当以官评劾之，不当以仇口处之。名分者，上下所以相维；若兵丁讪上得志，异日何以约束』！岳公不能夺。前职方将各营选锋召入标营，营房窄不能容，兵几譁操；大司马患之。孕昌曰：『易处也！每日严操练，赏其技艺精者，汰其老弱者』。及岁暮，汰将千人，人莫知者。南营兵多占役冒破，前职方陞任时，吏书丐给腰牌三、四十名，次月造册领粮。孕昌曰：『奈何以诡名岁縻朝廷五、六百金』！悉勾去之。吏书复求，少司马批呈至；孕昌知各兵皆顶替，令举大石，不能者，责之。于是吏书稍敛戢。点操犒赏出自地租，而营官办席浩费、班皁复多需索。孕昌自发厨办席，即以其余赏班皁；营官不费一钱，亦不得藉以克军士。
以点马差，便道归省。时伯祖学曾亦以户部侍郎请告，同出南部。至家，思为终养计，屡催不赴。值父病，日侍汤药，吁天请代；及没，哀毁踰礼。是年九月，已调南吏部考功司；守制食贫，为父卜吉兆，襄祖母葬事。
服阕，催檄叠至；崇祯元年，始入京，补北吏部稽勳主事；调验封，掌司印。时崔、魏败后，各官惨死者子孙陈乞；立为题覆，予赠荫。又题请顾宪成、冯从吾等各应加赠、荫子，以风励理学节义之臣。调考功主事，掌司印；上「吏途混杂宜清」、「纠劾不职」二疏。调文选司，题覆宪臣曹于汴荐举理学周汝登，请加尚书衔，有司岁时存问。疏末，复请直省公举学业充茂一、二人，以风励末俗；即山林隐逸有如吴与弼、陈献章者，亦许荐举以需聘召。文钻刺簿，修铨曹仪注。转左司；定吏途月选次序。上「推枚卜点用」疏，以成基命等进。陞文选司员外郎，掌铨事；酌定举贡官生论年取选。届选期，放签填簿，俱司官经手，吏无丛奸。考举贡监粟各官，如闱中例，司务收卷，每十卷一束，送公会厅分与同官，各戳印记「某卷系某官较阅」，关防严密。是夕，当堂出榜；众服其公明。有奸棍邓宗奎诈送家书，却不收。次早，复假广东学政张天麟候书；拆视，乃为通判吴宗和等求选，而荐宗奎为照管。立送兵马司拘问，搜出假图书十四方并通判、知县、提举、岁贡、典史等契约六张，皆一、二千金不等。阅对选簿，俱列首名；知系吏书串同作弊，立上「神奸捏造私书」疏，参送刑部。自此，大选、急选皆协群望。擢稽勳司郎中。给假焚黄省亲；太宰王公覆看语略云：『本官以命世之才，当典铨之任；整暇敏练，简要清通。执法如山，真是吏从水上立；居心似水，果然人在镜中行』。盖实录也。出京行李萧然，以小车曳出；中官惊曰：『吏部行李乃如此耶』！悉放出勿问。
至家，襄父葬事。筑笋江在兹堂、舟峰雷荐亭。舟峰左有林洞，宋林蕴、林藻读书处也；重辟之。和宋刘屏山「谒舟峰诗」，镌于石。明年癸酉，开讲于在兹堂，与布衣黄文炤倡明旦气之学，从游者日众。秋，与黄景昉、谢元珧同建珧云亭于南台。冬，卜宅栖绿园。越甲戌，复建讲坛。时蒋德璟假归，相与发明旦气，门徒益广。兵备曾樱、太守樊维城、邑令戈简俱集听讲；曾公扁曰「任仁书院」。内为出云堂、正学堂，樊公立碑记。慕道来学者屦满；每月两期俱出讲章，与及门问难，分「文、行、忠、信」四大柱课艺，为加详阅。乙亥岁，迁居栖绿。直指张应星偕曾樱率僚属至一峰书院听讲，郡绅士毕集，孕昌与曾樱、黄文炤各出讲章。越日，张应星以「上问录」相质，孕昌以「问问录」答之。丙子，丁祖父忧。是秋，三子逢泰举于乡，同社多中式；解元亦出社中。冬，黄道周过泉，复与曾樱及巡道陆卿正至一峰祠听讲。厥后当道俱先后入社笋堤，鼓吹理学，称盛事。丁丑，与蒋德璟重建西洞天、偕乐亭于清源，为文以记。
是年，起补吏部验封司郎中。戊寅春，入都赴任；见司官出入皆由角门，与同官议复旧例。堂摺官不可；叱之曰：『我前历四司，俱走中门；汝手持「仪注」，乃我所较订刊刻者。奈何执近日委靡之习』？太宰商周祚闻之，亟请中门进；一时肃然。是夏，题覆何乔远应加谥荫，不报。云南土司禄洪子侄争袭，抚、按议四分其地，各管夷目；疏驳谓：『伦序未明，国宪未伸，应令勘定确议』。宁波刘伯洲原任江西副使，百岁人瑞；请改太仆卿京衔、仍从三品散官，以示优异。董其昌子祖源承荫，移付选司改注选簿。丽江府世袭土知府木懿贡方物、马疋，乞加衔；议加布政司参政、管府事，给新衔诰命。新建伯王守仁孙先通及先达之子业宏争袭多年，五府顾肇迹等移咨吏部，谓「两者皆不应袭」；孕昌愕然曰：『文成先生，可使绝祀乎？细按宗谱：先达为承勳之子，既有可疑；先通为文成之孙，更无异说。吾侪从其所信，毋从其所疑；文成九原亦当首肯，而数十年葛藤永断矣』。于是议遂定。南京刑部查参伪吏周廷济等二百六十七人，其中真伪相兼。孕昌按名清查，或还原役；或以应得罪名准其参历，俟役满覆核。其作弊者，从重治罪；无知受欺骗陷诬者，准纳赎助军需。行提未到一百九十一人，严督原籍提解：一时人心悦服。兵部尚书张鹤鸣，流寇破颖御贼殉难；昌平副使药济众，亦山东御寇