得免（详前及「殉节」）。
川、楚诸将不知永历帝耗，堵允锡等将立荣王；预书熊开元，位以元辅。开元言：『今日在战守，不在立君；若一参差，唐、鲁之辙可鉴』！张同敞、钱邦芑、郑逢元、杨乔然皆力争，乃止。皮熊在贵州，亦谓永历帝已没，将奉宗室某监国。值永历帝次清远县，遣使谕之，止。
冬十月，永历帝次沙泥潭。何腾蛟以兵入卫，大学士严起恒亦自万屯至。土司上金刀、民间献鸡黍，皆慰劳之。瞿式耜使赍书至，请还象州；言『不可更移：黔荒远，忠义涣人心；三百年土地，仅存一隅。请还跸号召，以粤兵复江、赣，楚师复荆、武』。且言粤西山川、形胜、人心皆可恃。不听；止于柳州。式耜闻之，增糇粮、励士卒，再请还跸；不从。惟曰：『西陲根本，先生力守！他日再造，功绩多矣』。式耜又言：『柳州獞猺杂处，地瘠民贫；庆远壤邻黔、粤，南宁地逼交夷：皆不可以行幸。迩来将士以桂林为杓枢，臣僚以桂林为会极，江、楚民情以桂林为拯救；何腾蛟、卢鼎、焦琏分防驻汛，必无可虞』。永历帝卒不听。
有谭鸣珂者，土司也；其父以淫掠诛。鸣珂诬诉，永历帝竟不辨，使统旧部。是月，鸣珂假复仇名，攻柳州大掠，矢及御幄。永历帝出走，值陈禹玉兵至，复次象州止焉。
十二月，李成栋兵薄浔州。永历帝大惧，将走南宁，为乱兵所阻；群臣皆微服行。瞿式耜疏再至，力言十八滩之险，不可行；广西可恃。乃分王化澄、吴贞毓、庞天寿护三宫如南宁；至，即道署为行宫。恶少逼视，语无状；执赴有司，竟以讹免。后藏空敕数十，盖永历帝赐之俾缓急调兵食；王化澄、王维恭窃之以贩鬻，入土司金数百，即除宣慰使，汉夷哗然。永历帝独与马吉翔趋桂林，舟浅，吉翔亲挽之以助力。永历帝以为忠，至于泣下。
十二月己巳，永历帝至桂林。以瞿式耜功高，慰劳倍至；赐坐于殿上，比之裴度、诸葛亮。时桂林新破，途鲜行人；薪米腾贵，营市商廛，度日如岁。
顺治五年（永历二年）春正月，永历帝在桂林。以朝臣星散，免朝贺二月，郝永忠兵猝至，议西幸。瞿式耜言：『督师无警报，必无虑。播迁不已，其何以守』！左右争劝行，式耜言：『无已，俟腾蛟至；果势迫，正宜亲征。天威咫尺，激厉将士，背城借一，胜负尚未可知；若以走为策，则桂危、柳岂不危？今日敌至桂林，明日不可至南宁、太平乎』？反复开导，卒不听；且曰：『卿不过欲朕死社稷耳』。式耜泣下，严起恒请再议。夜漏三下，永忠兵毁宫门入，劫帝衾中，裸拥出城，置御舟去；遂大掠。永历宵行；明日，至平乐。以城破，不可居；且三宫在南宁，赴之。布袍竹轿，举枝濡足而行。
三月乙巳，永历帝入南宁；从者严起恒、尚书萧瑜、席珍十余人。永历帝将入土司，萧瑜陈十不可；乃止。田州果化诸土司皆来朝。苦用乏，悬示卖官于二十土司，贩夫、乐户皆注籍。重以陈邦傅、赵台之乱，人心益悸。安南贼莫、黎二部入犯，旋走去。
俄，桂林大捷，留守瞿式耜疏告，且言蛮乡不可居；檄所司驱溃兵、储供帐，请还桂林。不听。式耜之事永历也，五鼓入朝，事毕而退；尚方未食、亦不食，如孝子之事亲。既留守，问起居、求反跸，比于宗泽之请还汴。永历帝知之不能用。
夏四月，永历帝在南宁。留守瞿式耜以经筵无讲官，为「八箴」以进；永历帝嘉之。
闰四月，李成栋复为明；使洪天擢等入朝，请跸广东。瞿式耜疏请跸桂林；言『兴陵两载隔陷风尘，成栋遣使修葺，巍然天寿。慕天之忱，非有可虑；然爵赏大权一归成栋，朝廷徒拥虚位，非治理也。滇、楚列兵百万，何腾蛟翘首威灵；车驾既东，将土疑谓皇上实弃之，成栋亦有邀驾之嫌。请一使东诸侯瞻仰圣容，责使恢复；此上策也』。且使蔡之俊、蒙正发言：『粤东未复，皇上宜住粤西以谋楚、粤；江、广反正，宜跸桂林以谋荆、楚。事机所在，毫厘千里』。吴贞毓独信李成栋，力请行；式耜疏皆不省。
六月甲辰，发南宁。永历帝及三宫皆溯邕江行，飞湍迅速。两日至浔州，会后宫有疾者，为止数日。陈邦傅面责永历帝：『丁亥二月微臣父子，何有今日？皇上负恩、赵台负义，彼且不随扈，何足留守？至今皇上无复为臣下作奴才』！永历帝不能答。更索饷，使部卒殴主事王诸死；环尚书萧瑜、顾之俊舟而詈，又纵掠之，两人愤欲死。且请世镇广西如沐氏；朱天麟不可。邦傅使胡执恭言：将掷其册印、尚方剑于天麟舟，邀必得。卒不与；中书舍人张立光纳其贿，代以「居」字。邦傅遂创钦札、用御宝，鬻文武；声供扈从赏赉，皆入于己：尚书、总兵百金即得，都司、知县无有过问。耕童、樵叟，联翩赴职。给事中吴其雷劾立光，何腾蛟、瞿式耜、鲁可藻、曹志建及吴德藻等交章劾；「世镇」之说乃止。即浔州府署为行宫，截永历帝居之。李成栋使其将罗成耀来迎，甲士三千，水陆警卫；疏言：『天下者，太祖之天下。陛下中兴，宜亲总六师；岂可偏安粤西，使豪杰解体？此臣至