退守将军寨（详「义旅」）。
顺治六年（永历三年、监国鲁王四年）春三月，降将某陷宁德，朱成功使黄廷、洪政守罗山岭，何宸枢守盘陀岭；自以兵下诏安，屯于分水关。使杨干生招郝尚久于潮州，弗应；将攻之。黄海如曰：『潮州有备，不如取诸邑』。乃击杨广、许隆于达濠、于霞美，阵斩黄礼，略定新墟、金田诸寨；使黄山自靖海入惠来。以陈斌勇武，擢为后劲镇。
夏四月，福安陷。
秋七月，永历帝晋朱成功广平公。
郑彩、郑联各弃监国鲁王，自屯于金门。
冬十一月，郑芝鹏弃溜石城走。成功在海上。
顺治七年（永历四年、监国鲁王五年）春，朱成功取潮阳，知县常望凤降。使洪旭征粮于和平，不应；右镇杨才屠之。不数日，才暴死；以林勇将其军。
夏四月，朱成功以施琅为左先锋镇、其弟显为右先锋镇、黄廷为右援剿镇、王秀奇为戎旗镇、甘辉为亲军镇。复自揭阳攻新埠，其长请输赋，许之。诏安人万礼拥众数千，因施琅降。
六月，朱成功讨苏利于碣石镇，风逆将去；黄海如使来结，更破揭阳及大埔，进围潮州。使陈斌烧康济桥，昼夜击之；郝尚久死守，降将王邦俊来援，攻分水关。黄廷、洪政弃罗山走，柯宸枢扼险守。邦俊以骑军诱之，而使降将王之纲、张胜自间道入；宸枢分御之，炮矢皆尽，一军遂烬。宸枢自参成功军，屡出奇计；自是败死，云宵、诏安皆没。成功大痛曰：『吾不惜两县，恨失宸枢耳』。解其围，屯潮阳。黄亮采闻诏安失，遂谋叛；甘辉击斩之。
郑芝鹏说成功取金门及厦门，成功曰：『若不成者，反以我为仇』。郑芝莞曰：『彩入浙江，惟联在此』。其时也，彩固戒联备成功，联少之；又嗜酒，不为备。施琅请以少舰泊鼓浪屿，饰余舟为商舶袭之；成功从其策。芝莞遂请杀联，曰：『不见太宗之于建成乎』？成功乃行。秋八月，成功率甘辉、施琅、洪政、杜辉凡四艘，宵泊鼓浪屿。联方醉万石岩，阍不能达。明日醒，握发以迎。成功遽请将其军；联未及答，其众竞入，联部莫敢动。成功燕联于虎坑，归而杀诸途；哭踊入城，斩其用事者章云飞。而以兵守联及彩门；曰：『擅入者死』！于是联将陈俸、蓝衍、奚豪皆降，彩将杨朝栋、王胜、蔡新、杨耀及故将蓝登等闻之皆来归。乃使洪政折矢以招彩。彩方以联死自咎，上疏监国鲁王以求救，张名振、阮进皆恶之，击之沙埕，败其船众，彩无所归；闻政至，曰：『吾老矣！诸子皆幼，能继志者其大木乎！吾将让之』（大木，成功字也）。使其弟斌复命。成功遂有两岛。
秋九月，郑丹国入兴化及仙游、惠安，马得功败之；丹国及赵子章皆被擒。
冬十月，降将苏利以成功在厦门，袭惠来破之；守将卢爵以下多战死。
成功使洪政招铜山、闽安、南澳及诸岛，皆下之。分其军为五，自将中军，以冯澄世、潘庚锺、纪国林、林俞卿、林奇昌、诸葛倬、蔡鸣雷为参谋。
十二月（明闰十一月），永历帝诏朱成功援广东；乃使黄大振军海澄，郑芝鹏、阮引、何德、蓝登守厦门，自率诸军以勤王。将至虎门，入次于潮阳；施琅、陈斌以事隙，成功不能进。有言黄海如阴叛者，使林习袭杀之，分其军隶诸镇。
顺治八年春正月（永历四年十二月。自二月后为永历五年、监国鲁王六年）、闰二月（明二月），朱成功帅舟师至白沙湖，以风故，却碇盐州港。寻次大星所，击惠州兵，败之；遂攻大星，下之；进次平海卫，使黄梧西掠至琼州。虑厦门弱，使郑鸿逵归助芝莞。
初，芝龙盗海中，舶责金三千，畀一旗，即无虑；以是富无艺。比握闽柄，复得闽、粤正供捐输之金数百万。降臣黄澍涎之，蹴降臣张学圣攫其积；使马得功自五通济，阮引遽遁，芝莞闻之，尽其珍物入于海，群臣走浯浔。学圣登五通山以望，骇曰：『此绝地也』！亟引去。得功亦走篔筜港，鸿逵将吴渤、杨杼素兵已至，截之；得功死战，渤败死。施琅部陈纁、郑文星复击之，得功急，以尝隶鸿逵戏，冒死谒之曰：『某死，两岛必不获安；芝龙之室，犹有在安平者。乞思之』！乃纵之逸。成功闻之，急返救；未至，鸿逵已告捷。夏四月，成功入厦门，得到走五日矣；大悔恨。移军白沙，以郑擎柱知白沙州；亲渡海口为炮台。丁未，大会文武，赉施琅、郑文星、陈纁银有差，杖阮引及何德，厚恤吴渤孥，责芝莞罪。芝莞欲辩，成功已出隆武帝尚方剑，斩之；曰：『我无少私，尔勋臣统将，其各努力』！士卒闻之皆股栗，其势复振。愤鸿逵纵得功，责诸将无往谒；鸿逵惧，尽其所部付之（后为王进功所袭，成功移之金门以老）。方芝莞弃厦门走，成功妻董氏奉其祖祏出，芝莞屡使入他舟，将以弋其贿；董氏不肯动，所积得无恙，军食以充。董氏固无宠，成功以是礼之。
施琅用法严，有得罪者走匿成功所，琅捕获之。成功驰使使勿杀，琅言『法非琅出，不