监国鲁王至，〔芝龙〕又使彩执献，将以厚己功；彩不可。芝龙使朱成功偕降，鸿逵教之逸。监军陈士京更说之，乃与所善陈辉、张金以二舰入于海；芝龙哂之。
十一月，郑芝龙以五百人入福州降；博托燕之。使招成功，复曰：『教子以忠，不闻以贰。至今有变，儿惟缟素以从』。博托曰：『芝龙黠桀，今单骑至，实观望；挟之北，其众无首，不能为矣』！分其从卒于各旗，禁不相见。夜半，蹴芝龙行；求别亲族，亦不许。芝龙曰：『吾子弟非驯者，脱弄兵于海，将奈何』？博托不听，芝龙遂北。
所娶倭妇犹居于安平；谭泰入城，大淫掠，倭妇以污缢。成功闻之，躃踊号痛，拥众而至，谭泰走泉州。成功剖母腹敛之，出屯于金门；鸿逵屯白沙、彩屯厦门、联屯浯州，各自立。惟芝豹复入居安平，张肯堂、周鹤芝北趋镇东卫（见前）。
十二月癸酉朔，招讨大将军忠孝伯朱成功起兵海上。成功以变故，悲歌慷慨，携儒巾至文庙哭，焚之；曰：『昔为孺子，今作孤臣。去就之间，惟先师实昭鉴之』！自金门返安平，会曾樱、路振飞设高皇帝位，誓师恢复；略言：『本藩乃故明之臣子，缟素应然；实中兴之将佐，披肝无地。冀诸英杰，共伸大义』。移文仍称「隆武二年」，自称「罪臣朱某」，钤以「招讨大将军印」；出私财以犒军。以洪政、陈辉为左右先锋镇，杨才、丁镇为亲军镇，郭泰、余宽为左右护卫镇，林习为楼船镇，柯宸枢、杨朝为参军，杜辉为协理；移军澎屿，练士卒、聚船艘，往来海上以观变。
顺治四年（永历元年、鲁王监国二年、朱成功仍称隆武三年）夏四月，朱成功及郑彩、杨耿入海澄，破九都。魏一桂亦自江西袭将乐，破之；与诸室堂王共攻建宁（详「诸方义旅」）。
五月，诸将岑本高、王思忠、江中英、江中元、林文耀、林国球共攻浦城，约原任监军吴承昊、徐元、毛文杰、张裔元为内应；谋泄，诸人皆死，本高诸人亦败没。朱成功以兵助监国鲁王攻福建。
秋七月，李长蛟复建宁。朱成功使烧江东桥，分攻长泰、海澄、龙溪、南安、安溪诸县。
八月，朱成功在海澄。郑鸿逵语之曰：『安平弹丸无可恃，吾助汝攻泉州乎』！使其部守海澄，自会鸿逵于桃花山，沈佺期诸人皆应之；进逼泉州，击降将赵国祚败之。降将解应龙守溜石寨，成功为所掣；乃使鸿逵攻城，而使桑筠、杜辉袭溜石，伏兵邀之，斩应龙而寨破。国祚大惧，其将杨义阴约诸葛斌降，不克死（详「义旅」）。成功军屯刺园、浔尾；自军于五陵，使林顺等攻泉州。降将王进在漳州，三分其军，称合潮州兵数万攻安平而宵行，道冷井、何坑，出荆安，突及泉州。洪政战败，鸿逵惧，走揭阳，旋入金门；成功亦退。谍知进兵少，大悔；以兵邀之不及，成功反安平。故浙江巡抚卢若腾、进士叶翼云、举人陈鼎来谒，成功礼之。海澄人甘辉、漳浦人蓝登、安南人施琅及弟显皆来附，成功任之训兵佽食为后图。
九月，郧西王常潮入松溪，庆元、崇安、政和、光泽、建阳山寨多应者。马得功自浦城来攻，却之。又复将乐、顺昌。寻败于松溪（详「义旅」）。
冬十月，监国鲁王颁戊子大统历于海滨；朱成功以隆武帝故，置不用。已从路振飞、曾樱言，称隆武四年，钤以文渊阁印。
十二月，马得功攻大尾溪；成功军败。
顺治五年（永历二年、鲁王监国三年、朱成功称隆武四年）春正月，朱成功奉淮王常清监国于其军，改元「东武」。
五月，朱成功〔取〕同安，降将折光秋、廉朗、王彪等出战，甘辉击败之，杀其将王庭朗与知县张效龄；弃城走。成功入之；以叶翼云摄县事、陈鼎为教谕，使邱缙、林壮猷、金作裕守之。
秋八月，佟国器及降臣李率泰、陈锦分道攻同安，缙及壮猷军大盈岭、作裕军芒溪、翼云城守。降卒黄有信射缙，中之；壮猷不能支，与作裕入城守。国器、率泰、锦昼夜攻，陷之；遂屠同安，死者无艺，缙、壮猷、作裕、翼云、鼎皆死。朱成功在铜山急来救，至金门而同安覆（详「殉节」）。成功乃还。
漳浦守将王起凤谋应成功；事泄，弃家奔铜山。成功使及何宸枢谕诸境募兵求饷，诏安林日灼拒命；成功使甘辉击其寨，寻灭之。
林察以唐王败，航海依成功；始知永历帝已即位，成功额手曰：『吾有君矣』。使光禄卿陈士京、中书舍人江于灿、黄志高往，称臣进表，供献有差。
时郑芝龙至北京，授子爵；其弟芝豹及子世恩留安平守祖墓，尽征其妻妾、诸子入北京，隶正黄旗。
冬十月，永历帝在肇庆；使晋成功威远侯，招讨大将军如故。成功改称永历，号召远近，军声颇振。淮王逊位。
是月，成功攻云宵，击降将张国柱败之，遂克其城；擒姚国泰，以其勇，疗其创而用之。
是岁，德化王慈烨攻大田、龙溪、顺昌诸邑，寻