工未半，为异议所阻，至是漕湮，以吏部侍郎朱衡出督浚凿。衡与佥都御史潘季驯寻应期所开故道，以为运道之利，无逾于此，疏请凿之，开新河，自南阳达留城百四十一里，浚旧河自留城达境五十三里，役丁夫九万余，八阅月而成，而水始南趋秦沟。
穆宗隆庆元年春正月，开广秦沟以通运道。先是，河决沛县，议者请复故道，乃议新集、郭贯楼诸处上源。尚书朱衡言：“古之治河，惟欲避害，今之治河，兼欲资利，河流出境山之北，则闸河淤；出徐州之南，则二洪涸。惟出自境山至徐州小浮桥四十余里间，乃两利而无害。自黄河横流，碣山、郭贯楼支河皆已淤塞，改从华山，分为南北二支，南出秦沟，正在境山以南五里许，此诚运河之利也。惟北出沛，西及飞云桥，逆上鱼台，为患甚大。陛下不忍沛、鱼之民横罹昏垫，欲开故道，臣考之地形，参之舆论，其不可者有五：自新集至两河口，背平原高阜，无尺寸故道可因，郭贯楼至龙沟一带，颇有河形，又系新淤，无可驻足，其不可一也。河流由新集，则商、虞、夏邑受之，由郭贯楼，则萧、砀受之，今改复故道，则鱼、沛之祸复移萧、砀，其不可二也。黄河西注华山，势若建瓴，欲从中凿渠，挽水南向，必当筑坝，为力甚难，其不可三也。旷日持久，役夫三十万，骚动三省，其不可四也。工费数百万，司农告匮，其不可五也。臣以为上源之议可罢，惟广开秦沟，使下流通行，修筑长堤，以防奔溃。”上从之。乃凿旧渠深广之，引鲇鱼诸泉、薛沙诸河，注其中，灞三河口，疏旧河，筑马家桥堤，道之出飞云桥者使尽入秦沟。自留城至赤龙潭，又五十三里，凡为闸八，减水闸二十。为坝十有二，堤三万五千二百八十丈，石堤三十里。已而凿王家口导薛河入赤山湖，凿黄甫导沙河入独山湖，凡为支河八，旱则资以济漕，潦则泄之昭■湖，运道尽通，是名夏镇河。工成，加衡太子少保，于是河专由秦沟入洪，而河南北诸支河悉并流秦沟。
三年秋七月，河水溢，自清河抵淮安城西，淤者三十余里。决方、信二坝出海，平地水深丈余，宝应湖堤崩坏，山东莒、郯诸处水溢，从沂河、直河入邳州，人民溺焉。
四年秋九月，河决邳州，自睢宁白浪浅至宿迁小河口，淤百八十里，溺死漕卒千人，失米二十余万石。总督河道侍郎翁大立言：“迩来黄河之患，不在河南、山东、丰、沛，而专在徐、邳，故欲先开氵加河以远河势，开萧县河以杀河流者，正谓浮沙壅聚，河面增高，为异日虑耳！今秋水氵存至，横溢为灾，臣以为权宜之计在弃故道而就新冲，经久之策在开氵加河以避洪水。”疏下部。
五年河决双沟。先是，河涨徐州上下，茶城至吕梁两东山，不得下，又不得决；至是乃自双沟而下，北决油房、曹家、青羊诸口，南决关家、曲头集、马家浅、阎家、张摆渡、王家、房家、白粮浅诸口，凡十一，支流既散，干流遂微。乃淤自匙头湾八十里，而河变又极矣。赵孔昭、翁大立前后治之无功。议者欲弃干河，而行舟于曲头集、大枝间。冬初水落，则干已平沙，而枝复阻浅。又议弃黄河运，而胶河、氵加河、海运纷沓莫可归一。于是即家起都御史潘季驯治之。
季驯之治水，惟求复故道而已。乃上言：“老河故道，自新集历赵家圈出小浮桥，安流无患。后因河南水患，别开一道，出小河口本河渐被沙浅。嘉靖间，河北徙，故道遂成陆地。臣奉命由夏镇历丰、沛，至崔家口；由崔家口历河南归德、虞城、夏邑、商丘诸县至新集，则见黄河大势，已直趋潘家口矣。父老言去此十余里，自丁家道口以下二百二十里，旧河形迹见在，可开。臣即自潘家口历丁家道口、马牧集、韩家道口、司家道口、牛黄固、赵家圈，至萧县一带，皆有河形，中间淤平者四分之一，河底皆滂沙，见水即可冲刷。臣以为莫若修而复之。河之复，其利有五：从潘家口出小浮桥，则新集迤东，河道俱为平陆，曹、单、丰、沛永无昏垫，一利也。河身深广，每岁免泛溢之患，虞、夏、丰、沛得以安居，二利也。河从南行，去会通河甚远，闸渠无虞，三利也。来流既深，建瓴之势，导涤自易，则徐州以下，河身亦因而深刷，四利也。小浮桥来流既远，则秦沟可免复冲，而茶城永无淤塞之患，五利也。”既报可，乃役丁夫五万，开匙头湾，塞十一口，大疏八十里，故道渐复。已而以漕舟坏，季驯闲住。
六年春，河决邳州，运道阻。总河侍郎翁大立复议开氵加河，以远其势。潘季驯言：“氵加与黄河相首尾，今河南决淮、扬北，决丰、沛，漕渠不相属，氵加处中，将焉用之？”已而以漕舟坏，季驯被劾归。给事中雒遵言治河有效，无如工部尚书朱衡者。乃诏衡与总河都御史万恭覆视，则氵加口限岭阻石，竟报罢，而一意事徐、邳河。衡上言：“茶城以北，防黄河之决而入；茶城以南，防黄河之决而出。故自茶城至邳州、宿迁，高筑两堤，宿迁至清河，尽塞决口，盖防黄河之出，则正河必淤，昨岁徐、邳之患是也。自茶城、秦沟口至丰、沛、曹、单，以接缕水旧堤，盖防黄河之入，则正河必淤，往年曹、沛之患是也。二处告竣，沛县窑子头至秦沟口，应筑堤御之。”命万恭总理其事，役丁夫五万有奇，分工画地而筑之