正阳门，城旦夕将陷，江南大震。清主命内大臣达素等发精兵二十万俄至。成功兵疲不能敌，且前锋余新狃胜轻敌败死，师遂败绩，万礼、甘辉等皆死之。成功乘流出海，还厦门。
三年（明永历十四年、清顺治十七年）五月，达素等率满、汉大兵分道来侵，成功击歼之，达素仅以身免，还福州自杀。竟成功之世，清兵不敢来窥岛焉。
宽文元年（明永历十五年、清顺治十八年），成功自金陵丧败，地蹙军孤；永历蒙尘南裔，声问不通、存亡难详，然犹奉正朔，将迁地谋恢复。适有红毛通事，南安人也，与台湾甲必丹归一有隙，走厦门谓成功曰：『公何不取台湾？公家之故土也。台地沃野千里，为四省要害，横绝大海，实霸王之区。红毛蠢尔丑虏，因中国骚剧，窃占据之；破而取之易易耳』。成功大喜。
三月，亲率兵三千二百人，扬帆至鹿耳门。门水浅沙胶，海舶至此，必易舟而入，故险易守。此时水适涨丈余，成功得便战舰衔尾而进。红夷大惊，以为自天而下。成功引兵登陆，攻赤嵌城。城乱石迭，高数丈、厚丈余，用土煅之，化为石灰。以炮击城，城坚不受炮。城中红夷千余人，驱台民数千，入而同守，且征援兵于咬■〈口留〉吧。咬■〈口留〉吧将领谋谓：『捣厦门之虚，则台湾之围自解矣』；乃率兵攻厦门。厦门留守洪旭迎击走之。城久之不拔，台民或告成功曰：『城外高山有水流于城濠，贯城而过。城中无井泉，所饮唯此一水；若塞其水源，三日而告变矣』。从之。红毛势穷，以巨舰十余只决战。
成功兵自舰上铳窗入，夺其五只，余尽焚毁之，杀夷兵六百人，火及城板。归一退保一堡。成功使告之曰：『台地吾先人所开创，吾复故土则足矣；珍宝诸物任尔载去，非吾所需也』。于是归一降，送之还国。
成功就居其城，改台湾为安平镇（寻又改东宁）、赤嵌城为承天府，总曰东都。设府曰天兴、万年。土酋皆受约束。既而闻清迁界令下，叹曰：『沿海数万里，尽委而弃之，英雄无用兵之地。然收拾余烬，息兵休农，以俟时至，犹未晚也』。于是制法律、兴学校、计丁庸、养老幼，台人大安。
二年（明永历十六年、清康熙元年）正月，清主福临殂，子玄晔立，改元康熙。使吴三桂攻永历于缅，缅酋内叛，执永历致于军前；三桂绞而杀之，明亡。成功愤惋得疾，五月卒于东宁，年三十九。子经嗣。清兵数来侵，辄击却之。清将屡赠书招之，终弗从，出兵攻略闽、广诸州。
天和元年（清康熙二十年）正月，经卒于东宁。经为人仁孝，颇得士民之心，在位凡十九年，犹奉明正朔，佩招讨大将军印。子克塽嗣，仍称永历三十五年。犹幼，政出多门，郑氏之业衰。清将侦知之，乃图大举。
三年（清康熙二十二年）三月，清兵到澎湖，台将迎战，杀伤过当。清益发兵，分道来侵，舳舻千里。克塽终不能抗，告降。清主受而优待之，封汉军公。自成功始起义，迄此凡三十八年，而明之正朔始尽于天壤间矣。
清主尝谓其臣曰：『成功明室遗臣，而非吾乱臣贼子也』。康熙三十九年，特诏令成功及子经丧归葬于南安焉。
铁研子曰：长正单身立勋于绝域，自致侯王，割地受封，亦可谓旷世之雄矣。郑大木慷慨唱义，招颓日于虞渊，以孤兵当勃兴之敌，百折不挠，有我楠中将之风。及其子孙，奉正统于一隅数十年，亦与楠氏相类矣。盖孕我东方之精故欤？滨田特曹、荆之流耳。今余厕之于唵普良、国姓爷之间，或以为不伦；然挺身入不测之地，钳制强虏，以雪国耻，有足多者焉。事之大小不必论也。呜呼！近岁洋夷陆梁，纵横于印度、支那之间，莫之能遏焉；使人慨然思斯三人。今核其遗事而立之传，余岂徒然哉！
跋
一日，余会西岳藤堂侯于朝，话次及外给使中山文节所辑南木志。侯曰：『知歆慕楠氏，其人不凡』。是虽一时之言，其卓识可想而已。
尝读其臣斋藤有终所著阿漕海上试船铳记，因思始祖高山君有功于闲山之役，子孙相承，掌天下舟舰之政，迄至今侯，振废起隳，绍述始祖之伟烈；而得有终之文，使人益有所兴起愤发也。有终之文，余每喜读之，以为有慷慨激烈之气。文节与余同好，每得其文，必以示余。
顷者，得其所著海外异传，叙山田某及滨田兄弟之逸事、郑大木之义烈，简约明鬯，而生气勃勃，殆有古良史之风。呜呼！斯书非独风动一藩，足以鼓作天下英杰之士。文节将刊以公于世，余大喜。语之友人李门伊东君，君亦为题五绝句宠之云。
抑虽以有终之才之学，非遇有为之君，则一介儒臣而止耳。今也得其君而得大伸其才，真奇世之遇矣。而文节之慕贤乐善，可谓不负侯之一言矣。
嘉永庚戌二月，节山板仓胜明识。