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初七日，有官轮二只，安平协台防同知并委员三人到琅■〈王乔〉查探。
初八日，带兵官佐马太、安藤定二人到柴城给黄文珍之父英银二十五元，为收埋之资。
●委员周有基探报
初六日，大队入山，至石门，遇番交战。日兵被生番铳杀七人，伤者十余人。因此石门不能攻入。日人分路爬岭而上，首尾夹攻。又因天雨，生番未能放铳，日兵所用天炮子，因此得手，连杀生番十三人。各番胆寒，败走回社。
●四月十六日上谕
军机大臣密寄，同治十三年四月十六日奉上谕：李鹤年奏，日本师船拟攻台湾番境，相机妥筹一折。据称日本以土番劫杀该国遭风难民，率领兵船，拟攻台湾番境，现已照覆该国将官，令其早日回兵，并饬台湾镇、道按约理论等语。日本违约兴兵，心怀叵侧。前据各国总理事务衙门具奏，已派令沈葆桢、潘霨前往台湾生番一带察看，与文煜、李鹤年等会商办理。嗣复授沈葆桢为钦差办理台湾等处海防兼理各国事务大臣。现在日本兵船已有登岸情事，各国船只驶往福建洋面，较李鹤年所奏情形尤为吃紧，着沈葆桢凛遵前日谕旨，与潘霨慎密筹划，随时会商文煜、李鹤年等悉心布置，毋令日本侵越，并预杜各国觊觎，方为妥善。并着文煜、李鹤年将拨饷、拨兵事宜，遵旨妥速筹办，毋误事机。日兵是否回兵？台湾镇、道如何与之论理？即着据实奏闻。将此由五百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年，并传谕潘霨知之，钦此。遵旨寄信前来。
●摘抄另纸探报
十六日，日兵二、三百人入内山扎营，被水淹死二名。
●通商总局司道移咨台湾道
案照日本兵船，有事生番，前据贵道函称，传闻有美国前驻厦门领事李让礼在内主谋，又日本兵船内有美国人四名等语，即经照会美国戴领事查办。兹于四月十六日接据覆称，访闻其中有美国人名克些耳在日军中，而李让礼同日本军旅驾抵长崎，经本国驻日本钦差大臣飞札调回，已遵札回京矣。其克些耳一人，自当留心查探实在有无与日本交接情形。昨据厦门马报，云及日本师众已经开仗，伤死生番三十人，日本兵丁伤死八名等由。据此，查戴领事遵守和约，悉心查办，实属深明大义。除照覆并禀请外，合就移覆。
●摘抄另纸探报
十七、十八两日日兵二千余人，分三路进兵攻打生番。先攻中社、竹社、尔奈、高士佛等社，均被攻破烧毁。后攻至牡丹大社。生番与日本接仗，被炮伤六人，擒去番妇一人。日兵亦被生番铳毙六名，受伤者十余名，随即收兵。大社并未攻破。日兵于牡丹社下大埔角一带扎营，所有雇倩民人挑运军火等件，进山二日，艰苦之甚，多有同逃者。
●枋寮文武探报
十八日，派兵至枫港、石门等处扎营，其势两下夹攻牡丹社生番。
●摘录委员华廷锡探报
日本于十八日进去攻生番，分作三路：一路由枫港，一路由石门，一路由四重溪，约每路有五、六百人。在地民人，有利其估值为之挑运军火一同进去者。
●摘抄委员周有基探报
十七日，日官水野遵带兵分扎枫港。
十八日，由石门、竹社、枫港三路进兵，夹攻牡丹社。其尔奈、竹社、八徭社、不射力社、加之来社五社之番先行走去。是日与日本接仗，系牡丹、中社、高士佛三社生番，因众寡不敌，番子走去。只有尔奈社番女一人，年十二、三岁为日人所获。而日兵当日毙命者四人。所有番子茅屋，被日兵烧毁者十去其八、九。
●摘抄另纸探报
十九日，日营分兵二、三百人赴枫港屯扎。是日，有官轮一只到琅■〈王乔〉。闻是委员华廷锡查探军情，实时回归。
●枋寮文武探报
十九、二十等日，该日兵忽然两路同时出队进剿生番。其竹社、牡丹、尔奈、拔瑶、高士佛等五社生番，共计五、六百名亦出，在附近石门一带迎敌，随时接仗。因日兵炮火齐全，人数众多，生番迭次战败，俱各逃入牡丹社以后大山之上，林密箐深，暂可埋伏。此山最为险峻。所有五处番社以内，仅存番妇人等，未能固守，即被日兵破入。其社番巢，尽行焚毁。又猪朥束、小猫里二社，闻风丧胆，送日营水牛三只。日人当收，转掷洋铳数支，并许以后不至他社扎营。
●委员华廷锡探报
十九日八点钟展轮，在途遇见日本轮船一只去厦门。至三点钟到琅■〈王乔〉停泊，该日本兵船名孟春，管驾官名原田中尉，驶三板，戎服到船会晤，谕以奉宪到地查问情形。随询一切，言语不甚明晰，以纸笔各书问答。问其西乡中将在何处，答云带兵进内攻击生番，不在营盘。问攻生番近日胜负，答云进去两日，尚无消息。问日前两营盘无碍乎，答云有一分移一枝在龟山屯扎，岸山营盘不多，数百人而已。问其福岛领事在营否，答云在陆营。卑职即差人持名片