王子仁为护军将军。
二年（魏天安元年）正月己丑朔，以军事不朝会。领军将军王玄谟迁江州刺史。癸巳，司徒左长史袁愍孙为领军将军。甲午，中外戒严。司徒、建安王休仁都督征讨诸军事，统众军南讨。以青州刺史刘祗为南兖州刺史。徐、司、豫、青、冀、湘并梁、益诸州，并响应寻阳。兖州刺史殷孝祖入卫京都，仍遣孝祖前锋南伐。丙午，车驾亲御六师，出顿中兴堂。辛亥，吴郡太守顾琛、义兴太守刘延熙、晋陵太守袁标、山阳太守袁天祚并应寻阳，镇东将军巴陵王休若统众军东讨。壬子，崇宪皇太后崩。是日，军主任农夫、刘怀珍平定义兴。永世县民史逸宗据县为逆，殿中将军沈攸之讨平之。
二月乙丑，尚书仆射王景文父忧去职。曲赦吴、吴兴、义兴、晋陵四郡，以吴喜公等克四郡。吏部尚书蔡兴宗为尚书左仆射。丁亥，建武将军吴喜公率诸军破贼于会稽，辅国将军吴兴太守张永、右军将军萧道成前锋东讨，平晋陵。辅国将军刘勔前锋西讨。
三月庚寅，抚军将军殷孝祖攻赭圻，死之。以辅国将军沈攸之代刘勔为前锋。丙申，南徐州刺史桂阳王休范总统北讨诸军事。丁酉，以尚书刘思考为徐州刺史。辛亥，桂阳王休范领南兖州刺史。壬子，断新钱，专用古钱。癸丑，原赦扬、南徐二州囚系，凡逋亡一无所问。
六月辛酉，镇军将军张永领徐州。京师雨水。丁卯，遣殿中将军检行赐恤。
七月辛卯，张永自徐州刺史改南兖州刺史。辛亥，南兖州刺史张永复领徐州。
八月己卯，司徒建安王休仁大破贼，斩其尚书仆射袁，进讨江、郢、荆、雍、湘五州，平定之。晋安王子勋等四人并赐死，同党邓琬等皆诛。诸将军帅封赏各有差。
九月癸巳，六军解严。大赦，赐民爵一级。戊戌，王玄谟自江州刺史为左光禄大夫、开府仪同三司。护军将军王景文自丹阳尹出为江州（刺史），左卫将军刘秉为丹阳尹。庚戌，太子左卫率建平王景素为南兖州刺史。
十月乙卯，上既诛晋安王子勋等，待世祖诸子如平日。司徒休仁还自寻阳，言于上曰：“松滋侯兄弟尚在，将来非社稷计，宜早为之所。”于是松滋侯子房等并赐死。丁卯，以郢州刺史沈攸之为中领军，与张永北讨。戊寅，立子昱为皇太子。曲赦扬、南徐二州。戊寅，魏遣镇东大将军尉元等帅骑一万，出东道，救彭城。以薛安都为都督徐、南北兖、青、冀五州诸军事，镇南大将军，徐州刺史，河东公。
是月，徐州刺史薛安都以徐州降魏。
十一月壬辰，诏：缓徭轻调，恤民为先。有司详加宽惠，更立科品。其方物职贡，各顺土宜，出献纳贡，敬依时令。凡诸蠹俗妨农之事，趋末违本之业，雕华靡丽，奇器异技，并严加裁断，务归要实。左右尚方御府诸署，供御制造，咸存俭约。庶阜财兴让，少敦季俗。又诏求言举贤。丙申，东土经荒流散，并各还本，蠲众调二年。
十二月乙丑，诏：“近众藩称乱，多染衅科。或诚系本朝，事缘逼迫，混同证锢，良用怅然。朕眷言静念，思弘风泽，凡应禁削，皆从原荡。其文武堪能，随才铨用。”
张永、沈攸之进兵逼彭城，军于下，分遣羽林监王穆之将率五千守辎重于武原。魏尉元至彭城，薛安都出迎。其夜，张永攻南门，不克而退。元使李璨与安都守彭城，自将兵击张永，绝其粮道，又破王穆之于武原。穆之帅余众就永，元进攻之。（按：自是年元魏始有苏省一部分之地，故列其纪年。又《资治通鉴》于松滋侯子房等之死，言世祖二十八子尽矣。《南史》于后废帝纪末言孝武二十八子，明帝杀其十六，余帝皆杀之。而《南史》孝武诸子，即雷同宋书传，又未言后废帝所杀者二名，涑水考异，亦无辨证，今存疑于此。）
三年（魏皇兴元年）正月，张永等夜遁。会天大雪，泗水冰合，永等弃船步走，士卒冻死者大半，手足断者什七八。尉元邀其前，薛安都乘其后，大破永等于吕梁之东，死者以万数，枕尸六十余里。永与沈攸之仅以身免。永降左将军；攸之免官，以浈阳公领职，还屯淮阴。由是失淮北四州及豫州淮西之地。（按：旧徐州府之铜山诸县，即宋徐州之地。青、冀、兖诸州，即山东济南青、兖、泰安诸府，四州者，青、冀、兖、徐。）
魏尉元以彭城兵荒之后，公私困竭，请发冀、相、济、兖四州粟，取张永所弃船九百艘运载，以赈新民。
闰月庚午，京师大雨、雪，遣使巡行，赈赐各有差。
二月甲申，车驾为阵亡将士举哀。
三月丙子，以尚书左仆射蔡兴宗为郢州刺史。戊寅，以宁朔将军崔平为兖州刺史，冠军将军王玄载为徐州刺史。
五月，沈攸之自送运米至下邳，使军主陈显达将千人助戍下邳而还。
七月壬子，左光禄大夫、开府仪同三司王玄谟为护军将军。