以配王愉，于将军何损!晋阳之甲，岂可数兴!”恭不从，上表请讨王愉、司马尚之兄弟。庾楷应恭檄，正征士马。朝廷忧惧，内外戒严。会稽王道子不知所为，悉以事委元显，日饮醅酒而已。
八月己亥，谯王尚之大破庾楷于牛渚，楷单骑奔桓玄。会稽王道子以尚之为豫州刺史，弟恢之为骠骑司马、丹阳尹，允之为吴国内史，休之为襄城太守，各拥兵马以为己援。乙巳，桓玄大破官军于白石。进至横江，尚之退走，恢之所领水军皆没。丙午，道子屯中堂，元显守石头；己酉，王询守北郊，谢琰屯宣阳门以备之。元显遣庐江太守高素说牢之，使叛恭，许事成以恭位号授牢之，谓其子敬宣曰：“王恭数举兵向京师，吾欲以顺讨逆。”恭参军何澹之知其谋，以告恭。恭以澹之素与牢之有隙，不信。乃置酒拜牢之为兄，精兵坚甲悉以配之，使帅帐下督颜延为前锋。牢之至竹里，斩延以降，遣其婿东莞太守高雅之还袭恭。恭方出城耀兵，敬宣纵骑横击之，恭兵皆溃。恭将入城，雅之闭城门。恭单骑奔曲阿，曲阿人殷确，恭故吏，以船载恭，将奔桓玄。至长塘湖，为人所告，获之，送京师，斩于倪塘。并其妻子党与皆死。以刘牢之为都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州晋陵诸军事以代恭。俄而杨佺期、桓玄至石头，殷仲堪至芜湖，元显自竹里驰还京师，遣丹阳尹王恺等发京邑民数万人据石头以拒之。佳期，玄等上表理王恭，请诛刘牢之。牢之帅北府之众驰赴京师，军于新亭，佳期见之失色，回军蔡州。（按：玄、佳期推仲堪为盟主，寻阳等事，皆不在苏境，兹不录。隆安三年，荆雍并为桓玄所取，殷仲堪，杨佳期死，亦均不在苏境。）
十一月，以琅邪德文为卫将军、开府仪同三司，征虏将军元显为中领军，领军将军王雅为尚书左仆射。
十二月己酉，前新安太守杜炯反于京口，元显讨斩之。会稽王道子使中领军元显杀新安太守孙泰，以收兵聚货。
三年二月，仇池公杨盛遣使称藩，献方物。
三月己卯，追尊所生陈夫人为德皇太后。
四月己未，加尚书令王殉卫将军，以会稽世子元显为扬州刺史代其父。
六月戊子，以琅邪王德文为司徒。
十一月甲寅，妖贼孙恩陷会稽，内史王凝之死之。吴国内史桓谦、义兴太守魏隐并委官而遁。遣卫将军谢琰、兖州刺史刘牢之逆击，走之。
自帝即位以来，内外乖异，石头以南皆为荆、江所据，以西皆豫州所专，京口及江北皆刘牢之及广陵相高雅之所制。朝政所行，惟三吴而已。及孙恩作乱，八郡皆为恩有，畿内诸县，盗贼蜂起，恩党亦有潜伏在建康者，人情危惧，常虑窃发，于是内外戒严。加会稽王道子黄钺，元显领中军将军，命徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴军事以讨恩，刘牢之亦发兵讨恩，拜表辄行。
四年正月乙亥，大赦。
四月，地震。孙恩寇浃口。
五月丙寅，卫将军王珣卒。
六月，以琅邪王师何澄为尚书左仆射。
七月丁亥，尚书右仆射王雅卒。
九月癸丑，地震。
十一月，诏以刘牢之都督会稽等五郡，帅众击孙恩。吴国内史袁崧筑沪渎垒以备恩。会稽世子元显求领徐州，诏以元显为开府仪同三司，都督扬、豫、徐、兖、青、幽、冀、并、荆、江、司、雍、梁、益、交、广十六州诸军事，徐州刺史。
十二月，元显以星变，解录尚书事，复加尚书令。
五年五月，孙恩陷沪渎，杀吴国内史袁崧，死者数千人。
六月甲戌，孙恩浮海，奄至丹徒，战士十余万，楼船千余艘，建康震骇。乙亥，内外戒严，百官入居省内，冠军将军高素等守石头，辅国将军刘袭栅断淮口，丹阳尹司马恢之戍南岸，冠军将军桓谦等备白石，左卫将军王嘏等屯中堂，征豫州刺史谯王尚之入卫京师。刘牢之自山阴引兵邀击恩，未至而恩已过，乃使刘裕自海盐入援。裕兵不满千人，倍道兼行，与恩俱至丹徒。裕众既少，加以涉远疲劳，而丹徒等军莫有斗志。恩帅众鼓噪，登蒜山，居民皆荷担而立。裕帅所领奔击，大破之，投崖赴水者甚众，恩狼狈，仅得还船。恩犹恃其众，寻复整兵径向京师。后将军元显帅兵拒战，频不利。会稽王道子无他谋略，惟日祷蒋侯庙。恩来渐近，百姓恂惧。谯王尚之帅精锐驰至，径屯积弩堂。恩楼船高大，溯风不得疾行，数日乃至白石。恩本以诸军分散，欲掩不备，既而知尚之在建康，复闻牢之已还，至新洲，不敢进而去，浮海北走郁州。恩别将攻陷广陵，杀三千人。宁朔将军高雅之击恩于郁州，为所执。桓玄厉兵训卒，常伺朝廷之隙，闻孙恩逼京师，建牙聚众，上疏请讨之。元显大惧。会恩退，元显以诏书止之，玄乃解严。
七月，诏以刘裕为下邳太守，讨孙恩于郁州，累战，大破之。恩由是衰弱，复缘海南走，裕复随