胡之迁都督司州诸军事。庚戌，以有事五陵，告于太庙，帝及群臣皆服缌于太极殿，临三日。
升平元年，正月壬戌，帝加元服，告于太庙，始亲万几。大赦，改元，文武进位一等。皇太后居崇德宫。扶南、天竺旃檀献驯象，诏曰：“昔先帝以殊方异兽，或为人患，禁之，今及其未至，可令还本土。”
三月壬申，亲释奠于中堂。
五月庚午，镇西将军谢尚卒。
八月丁未，立皇后何氏，礼如咸康而不贺。
十二月，以太常王彪之为尚书左仆射。
二年正月，司徒昱稽首归政，帝不许。
八月，豫州刺史谢奕卒。司徒昱欲以建武将军桓云代之，访于王彪之，彪之曰：“云非不才，然温居上流，已割天下之半；其弟复处西藩；兵权萃于一门，非深根固蒂之宜。人才未可豫量，但当令不与殿下作异者耳。”昱颔之：“君言是也。”壬申，以吴兴太守谢万为西中郎将，监司、豫、幽、并四州诸军事、豫州刺史。（《通鉴》注：司、豫、幽、并皆侨郡。）王羲之与万书曰：“以君迈往不屑之韵，而俯同群碎，诚难为意。然所谓通识，正当随事行藏。愿君每与士卒之下者同甘苦，则尽善矣。”万不能用。
徐、兖二州刺史荀羡有疾，以御史中丞郗昙为军司。
十二月，荀羡征还，以郗昙为北中郎将、都督徐、兖、青、冀、幽五州诸军事、徐、兖二州刺史，镇下邳。
三年二月，燕人杀段勤，勤弟思来奔。
三月甲辰，诏以比年出军，粮运不继，王公已下十三户借一人一年助运。
十月，诏谢万军下蔡，郗昙军高平以击燕。郗昙以病退屯彭城。万军惊溃，狼狈单归。诏废为庶人。
十一月戊子，进扬州刺史王述为卫将军。
十二月琅邪王丕为骠骑将军，东海王奕为车骑将军。
四年七月，以军役繁兴，省用彻膳。
十一月，封太尉桓温为南郡公，弟冲为丰城县公，济为临贺郡公。
五年正月戊戌，大赦，赐鳏寡孤独米人五斛。
徐、兖二州刺史、东安简伯郗昙卒。
二月，以东阳太守范汪都督徐、兖、青、冀、幽五州诸军事，徐、兖二州刺史。
四月，大水。
五月，帝不豫。丁巳，帝崩于显阳殿。皇太后令曰：“帝奄不救疾，胤嗣未建。琅邪王丕中兴正统，明德懋亲。昔在咸康，属当储贰。以年在冲幼，未堪国难，故显宗高让。今义望情地，莫与为比，其以王奉大统。”于是，百官备法驾，迎于琅邪第。庚申，即皇帝位。壬戌，诏曰：“朕获承明命，入纂大统。顾惟先王宗庙，蒸尝无主。太妃丧庭，廓然靡寄。悲痛感摧，五内抽割。宗国之尊，情礼兼隆。胤嗣之重，义无与二。东海王奕，戚属亲近，宜奉本统，其以奕为琅邪王。”
七月戊午，葬穆皇帝于永平陵，庙号孝宗。
九月戊申，立妃王氏为皇后。穆帝何皇后居永安宫。
徐、兖二州刺史范汪素为桓温所恶，将北伐，命汪率众出梁国。十月，坐失期，免为庶人。
哀帝隆和元年，正月壬子朔，大赦，改元，减田税，亩收二升。
二月丙子，尊所生妃周氏为皇太妃。辛未，以吴国内史庾希为北中郎将，徐、兖二州刺史，镇下邳，假节。
五月丁巳，桓温上疏，请迁都洛阳，自永嘉之乱，播流江表者，一切北徙，以实河南。诏曰：“在昔丧乱，忽涉五纪。戎狄肆暴，继袭凶迹。眷言西顾，慨叹盈怀。如欲躬率三军，荡涤氛秽，廓清中畿，光复旧京，非夫外身徇国，孰能若此!诸所处分，委之高算。但河沼丘墟，所营者广，经始之勤，致劳怀也。”事果不行。
七月，进琅邪王奕为骠骑大将军、开府仪同三司。
十二月，庾希自下邳退屯山阳。
兴宁元年二月己亥，大赦，改元。
三月壬寅，皇太妃周氏薨于琅邪第。癸卯，帝就第治丧。诏司徒、会稽王昱总内外众务。帝欲为太妃服三年，仆射江虨启：“于礼，当服缌麻。”又欲降服荐，虨曰：“厌屈私情，所以上严祖考。”乃服缌麻。
四月，扬州地震，湖渎溢。
五月，加征西大将军桓温侍中、大司马、都督中外诸军事、录尚书事、假黄钺。
二年二月，改左军将军为游击将军，罢右军、前军、后军五校三将官。癸卯，帝耕籍田。
三月，大阅户口，严法禁，称为庚戌制，令所在土断。辛未，帝不豫。帝雅好黄老，断谷，饵长生药，服食过多，药发不能亲万几，崇德太后复临朝摄政。