历、断事、都事各一员；江宁府知府一员，江防同知、马政同知、船政同知、管粮同知各一员，捕盗通判二员，查盐通判、水利通判、管粮通判各一员，推官一员，经历、知事、照磨、检校各一员；江宁府儒学，江宁、上元两县儒学教授、教谕、训导俱照旧；两县县丞各二员，主簿、典史各一员。其部院等衙门俱应裁去，惟户、兵、工三部以军务方殷，兵马、钱粮、船艘为重，应于北京三部中差满、汉侍郎各一员，驻扎江南省城，协同经理。户部设司官六员，兵、工二部设司官各四员，皆隶衔北部，分理其事。”从之。丙戌，淮扬总督王文奎请设淮北、淮南、淮西并各道标大小二十七营，兵一万八千五百四十名，标下官一百八十八员，马一千八百五十三匹，战船一百六十艘。从之。丙申，遣侍郎巴山、梅勒章京、张大犹率师镇守江宁。
三月己未，以马鸣佩为户部右侍郎，总督江南各省粮储兼理钱法，驻扎江宁府。
五月庚午，以陈有明为工部侍郎，督理苏、杭织造。辛未，免江南沛、萧二县元年、二年荒地额赋之半。
六月己卯，遣御史宋调元巡按淮、扬。戊戌，遣御史卢传巡按苏、松。
八月辛巳，邳州土寇杨秉孝、王君实等哨聚党羽，僭号设官，谋攻邳城，掠民肆害。总督王文奎、淮徐道参议张兆罴调兵擒斩之。戊子，遣御史刘令尹巡按江南。
九月己酉，招抚江南大学士洪承畴奏：“伪瑞昌王朱谊氻结连江宁、常、镇、平、广逆党，谋犯省城，官兵进剿，擒谊劝并其党伪经略韦尔韬、伪总兵杨三贯、夏含章等。”命斩之。乙卯，遣御史王燮巡视两淮盐课。
十二月癸酉朔，苏松提督吴胜兆奏：“故明遂平王朱绍鲲及伪职方杨模等，拥众太湖，勾连海寇，谋为不轨。副将詹世勋等率兵扑剿，擒绍鲲等。”命斩之。
四年正月丙午，凤阳巡抚陈子龙奏报，官兵救援如皋，捣焚李七、赵云等贼巢，斩级千六百有奇。庚戌，漕运总督王文奎坐擅免荒田租赋及渎请故明陵寝祀典革职，下刑部议罪。乙卯，以杨声远为淮扬总督。
二月丁酉，以赵福星为江南左布政使，张文衡为江南按察使。降江宁巡抚士国宝一级，调外用，以擒获奸细王伯时不请旨，擅杀故也。
三月己未，以周伯达为江宁巡抚。壬戌，免江南崇明盐课、马役银。
四月辛卯，江宁巡抚土国宝奏：苏松提督吴胜兆谋叛，杀死方姓推官，杨姓同知。督标将官高永义等立缚胜兆并同谋之陆冏，获伪银印一颗，随解江宁。内院臣洪承畴研审确情，请旨发落。其叛党马雄、顾友成逃脱。疏入，命察永义等功次并二厅官被杀情由，脱逃叛党严缉务获。
五月壬寅，江宁巡抚土国宝奏：“舟山海寇沈廷扬等联复犯崇明，游击李云龙等分兵追剿，廷扬就擒，俘斩贼兵千余，湖、海诸寇悉平。”己未，招抚江南大学士洪承畴奏：“故明推官陈子龙阴受伪鲁王部院职衔，结连太湖巨寇，潜通舟山余孽。章京索卜图计擒之，子龙投水死，湖、海诸寇闻风解散，苏、松一带渐平。”
六月甲午，苏松提督吴胜兆谋反，鞫实伏诛。
七月甲辰，免江南徐州去年荒地额赋一年并漕米半年。戊午，调马国柱为兵部尚书兼右都御史，总督江南、江西、河南等处。壬戌，遣御史王显巡按苏、松等处，匡兰兆巡视漕运。
八月乙亥，遣御史张翮巡视两淮盐课。乙未，降补原任江宁巡抚土国宝为江南布政使司参政兼佥事，管按察使事。
九月戊戌，遣御史梁应龙巡按苏、松。辛亥，淮安土贼张华山等用伪隆武年号，啸聚贼众千余，攻据庙湾。游击潘延吉、同知耿嘉乐弃城走，俱革职提问。辛酉，漕运总督杨声远奏：官兵剿庙湾土贼，擒斩甚众。癸亥，遣御史窦蔚巡按江宁。
十月庚辰，罢淮扬总督杨声远职，以所属盐城地方土贼猖獗，疏于防守也。癸未，以吴惟华为户部右侍郎兼右副都御史，总督淮、扬。
十一月甲辰，以陈极新为江南右布政使兼管督粮道。辛亥，招抚江南大学士洪承畴奏：“犯僧函可，系臣会试房师故明礼部尚书韩日缵之子，出家多年，于顺治二年正月内，自广东来江宁刷印藏经。值大兵平定江南，粤东路阻未回，久住省城，臣在江南从不一见。今以广东路通回里，向臣请牌。臣给印牌，约束甚严。因出城门盘验，经笥中有福王答阮大铖书稿，字失避忌；又有变纪一书，干预时事。函可不行焚毁，自取愆尤。臣与函可有世谊，理宜避嫌，情罪轻重不敢拟议。其僧徒金猎等四名，原系随从，历审无涉。臣谨将原给牌文及函可书帖封送内院，乞敕部察议。”得旨：“洪承畴以师弟情面辄与函可印牌，大不合理，着议处具奏；函可等着巴山、张大猷差的当员役拿解来京。”寻，部议承畴革职。得旨宽免。
五年三月丙午，吏部奏：“江南等处票委官员赴任迟延，真伪难凭，请