三月丙子，户部复：“凤阳等处巡抚陈荐议言，淮、扬边海之地，倭夷相望之所，尤为利害所关，其兵饷宁可缺乎？现在官兵及战马、战船各粮等银共一十五万八千六百九十余两，除扬州府有抵饷银一万二千余两，其十四万六千六百九十余两应派所属征解，以备防海官军支用。俟地方无事，兵马渐减，查将应减数目从实题裁，不得虚冒滥派，以苏民力。”得旨，允行。乙酉，总督漕运都御史陈荐，奏革清江厂船务提举，以淮、扬二府同知掌其事。下工部议可。从之。
七月己未，初，淮安府安东县每年额征漕粮一万四千七百石。先年题准永折每石七钱，共银一万二百九十四两，内有府税银二千八百五十九两五钱助凑其额，后因府税不足，议停岁助，悉归该县征粮田地。至是，因灾患频仍，田地冲淤，巡抚凤阳都御史陈荐、巡按御史王九叙请自万历四十一年为始，每石永折五钱，以苏疲邑民命。户部复议。从之。丙寅，南京大水，守臣以闻。
九月甲子，南直隶大水。
十月乙酉，巡按直隶御史薛贞核状以闻，因请申饬越贩之禁：“一、巨海风浪，惟双桅抄船可恃无恐。自嘉靖年被倭后，严禁寸板不许下海，后因盐课失额，稍容滨灶小船樵捕补课。今直隶势豪之家，私造双桅沙船，伺风越贩，宜尽数查出，不许违禁出海，则通倭无具，私贩者无所施其计矣；一、江南与浙之定海、楚门、石塘、石浦、马墓等处，江北之通州、如皋、泰州、海门等处，互相往来，是在一体禁戢。使浙江之船不得越定海而抵直隶，江北之船不得越江南而走浙江，则通倭无路，而邻国不至为壑矣。”下部议可。从之。
四十二年四月乙酉，工科给事中归于顾疏言：“江南岁供财赋半于天下。第财赋出于农田，农田以水为利，亦以水为害，则全系吴淞江之通塞焉。书曰：“三江既入，震泽底定。”震泽即今之太湖，其广三万六千顷，纳受杭、嘉、湖、宣、歙、应天、苏、松、常、镇等郡溪涧之水，为三吴巨浸。而三江则钱塘、扬子、吴淞江也。自杭州筑长林堰，而太湖东南之水不得入于钱塘，自常州筑五堰，而太湖西北之水不得入于扬子，独吴淞一江当太湖下流，泄诸郡之汇水以注海，而今且久塞。是以太湖有纳无吐，客水暴至，即四向溃出，淹没数郡，国家财赋将安所出。今欲国计民生两便，则舍浚涤吴淞江无策也。查宋时江面原阔九里，可敌千浦，故与钱塘、扬子并称三江。胜国之末，水利不修，江流淤塞，已失九里、千浦之旧。我朝正统间，巡抚周忱始立表江心，设法开浚，淤塞顿通。嗣后，天顺四年巡抚崔恭、弘治七年侍郎徐贯、嘉靖元年尚书李充嗣、隆庆三年巡抚海瑞，浚者凡五。迄今四十余年，废不讲矣，以至万历三十七、八等年，大浸稽天，三吴之民，胥沦鱼鳖，田禾颗粒无收。窃谓不一劳者不永逸，宜速考故道，稽原委，大兴畚锸，为之批导壅淤，疏瀹浅隘，务使江身阔深，水流驶迅。太湖泄水顺利，滔滔入海，渐及塘浦，渐及支河，皆令流派四达无碍。由是能吞能吐，可以吸引灌溉，不虞旱暵，即有霪霖，亦无复淹没之患，而三吴岁岁成熟，不至额征岁亏矣。又查得海瑞所浚之江六十余里，所费官帑不过六七万金。若能设处有方，何爱六七万之费，不以开江南无穷之利。乞敕该部议复，移咨抚按，此方今经国之急务也。”留中。
五月甲戌，提督操江、右佥都御史罗朝国题称：“孟河河庄地方，飘船登岸一人作番语，遂致讹传倭至，各处骚动。武进、江阴、无锡、丹阳等县百姓惊窜，一时拥挤，走失子女，压死老幼无数。总练指挥同知陆万里，正备御卫民之官也，不能明白开谕，束手闭城，以致乡民狂奔，转相蹂躏，所当参究，以警其余。”下所司复议，将陆万里行应天抚，按提问。从之。辛巳，南京户部尚书卫承芳疏言：“见福王奏讨南直隶自江都至太平沿江两岸新涨芦田租税，自行征收，奉旨查明给与。臣惟芦税按亩起科，且又以大江南北之分，作芦洲肥瘠之辨，征派有定例，督理有专官，匝岁以钱粮完欠，分所司之举劾；五年以清丈损益，定各属之殿最。万历二十七年，查出丹徒、丹阳、崇明、武进、江都、通州、如皋、泰兴等处田滩二万六千七十亩，名曰皇庄，责令佃户陈钱等纳价银三万七千五百七十两，又每岁征收租银四千五百四十余两。而上江地方，如上元、江宁、句容、江浦、六合等县，新经五年清丈，比之芦课旧额多银三千三百余两，归并于扬、镇等处四千五百四十余两之内，名为皇庄银两，兔其重丈，此皇庄子粒之名所由起也。总计上、下江岁征银七千三百有奇，每年春夏之交，内守备刘朝用额收解进。本职仍核实奏闻。盖芦地濒江，出没不常，小民不时告豁告补，州县不时丈滩丈淤，总之指东补西，求足原额而已。一经福府管业，而定无常之洲滩为图册中实数，沧桑几变之洲，必难按籍而课，王府征收之役，必至侵渔而扰。窃恐管业之初，忧在无课，管业之后，又忧在无民矣。且扬、镇等处之佃户，纳过佃价三万七千余两，则江浒虽无可据之恒产，而江民久有承佃之定额，据额求洲，据洲纳租，已视纳价之额地为