写之人，似不为过，但以根本重地，人心未定，罪人已获，只宜抚绥安静，宣布朝廷德意，使人人乐业。不必搜求，以生衅端。”上意良解，仍命南京刑部将论列刘宇事情，一一勘明具奏。前事遂不叙功，而留都亦无复更为妖帖者。
七月庚戌，刑部员外赵世禄为苏州府知府。
九月丁未，督淮仓员外张养正以漕粮失额，劾邳州知州周世臣等罚治，从之。庚戌，云南巡按御史周懋相改差巡按苏、松。甲寅，刑部复上留都谳狱。奏曰：“留都根本重地，弹压职在兵枢。去冬妖人刘天绪等蓄谋狂逞，虽旋就扑灭，而余党复布妖言，惶惑远近。南京刑部尚书孙鑛，参赞是司，安危所寄，其不得不急擒捕者，法也。郎中刘宇，诚能核真伪，慎发纵、约束严明，则地方可靖，乃使恶弁悍卒，乘势咆咻勘过多命，或死奸、死溺、死保，候者鼎沸，一时大骇视听。上失庙堂之指，下阱无辜之民，刘宇不得不任其咎矣。至若坐营、军番诸役，奸淫诈骗，仇抢抑勒，罪有轻重，条律具存。宜将郎中刘宇，特行处分，以为溺职之戒。并行南刑部衙门，将各官军分别究问。”从之。
十月丁丑，户部题：苏州府所欠布花，自先年蠲免八十万外，万历二十九年起，至三十五年止，尚欠八十三万二千三百八十一匹，内嘉定所欠独多。参嘉定管征知县陈一元、昆山知县王时熙、太仓知州李世鳌、苏州府署印同知先韩子祈、今王照等，各住俸催征。
十一月庚寅，直隶巡按黄吉士勘砀山知县高瀚以贪酷，革职为民。
十二月丙戌，以徐、淮灾伤，量蠲马价。淮属自清河、海州、宿迁、桃源、安东、盐城、邳州、山阳九州县，徐属自萧、砀山、沛、徐、丰五州县，未征者俱蠲。免六分者，应征四分。俱宽限后年带征。从漕督李三才之请也。
三十六年正月戊申，户部言：“南直之淮、徐、扬水旱为灾，请发赈金。”不报。
五月辛亥，升浙江左布政使王一乾为应天府府尹。
六月己卯，南京科道，内外守备、大小九卿、应天巡抚各揭称：地方霪雨连绵，江湖泛涨，自留都以至苏、松、常、镇诸郡，皆被淹没，盖二百年来未有之灾。大学士朱赓等，请速议蠲赈，并乞罢免，以塞天变。癸未，吏部右给事中翁宪祥言：“苏、松等处，自三月终旬雨，越五十余日，昼夜不息。城市、乡村水深数丈，庐室漂没殆尽，数百里无复烟火，乞赐蠲恤。”不报。
八月己未，升应天巡抚、都察院右佥都御史周孔教为右副都御史，总理河道。辛未，升太常寺少卿项应祥为都察院右佥都御史，总理粮储兼巡抚应天。
三十七年正月戊戌，先是，奉旨给赈浙西盐税银共十万六千两，续又奉旨各拨一半，给赈应天等六府。巡抚甘士价以浙西蒙恩在先，望照旧给发。户部复请，不许。
四月辛未，工部复：以苏、松、常、镇等府水灾异常，业经奉旨勘报。其应解四司料银停征、全免有差。
八月己巳，直隶巡按邓澄言：“苏松岁织，毫无额编。所责成者曰设处，曰借支。去岁水灾，即金花、漕折，十不完一，有何他项可挪。乞留船料、关税二项，以理后运。”不报。
九月丁未，南京兵部尚书孙鑛，以留都天鸣奏闻，因乞求罢。优旨许之。
十月乙丑，巡漕御史颜思忠条议申饬漕规：“一、建闸坝，以竟前工。徐塘、猫窝等处流沙为患，先河臣议于阎家集、田家口、吴家冲建闸三座，以备蓄积；于徐塘河、王文沟、王市沟建水石坝以备分泄；于张村、长旺等口各筑截河二坝，以遏流沙。至泇河之水，全藉南旺、蜀山、安山诸泉，须大加疏通，令泉脉涌注。又沧浪水改从针沟口入泇，自源概委，亦挤运之上策也；一、分官建驿，以保万全。泇河南北二百六十里，人舍稀少，盗贼公行。议将徐州水驿移之泇沟，邳州水驿移之田家口，以兖州泇河通判移驻台庄，徐州管河同知移驻王市口，邳州管河同知移驻直河。每春、夏行运之时，以徐州参将移驻猫窝，沙沟守备移驻韩庄邹山地方，声势相倚，河渠为之肃清矣。徐核造船以资挽运；修潞河以济起纳；严法令以肃漕政。”章下该部。
十一月癸巳，工部奏：“应天高淳被灾等县，其三十五年以前未完钱粮准与停免。”许之。丁酉，以太仆寺少卿徐民式为右佥都御史，巡抚应天。
十二月壬子，徐州吴家庄盗劫杀如皋之任知县张藩。漕运总督李三才以知州刘民爱、指挥王正国等失事罪闻。因言：“各处洊饥，惟淮、扬一带，稍有收成，故流移之众，千百成群，在在行劫。非速赐蠲赈，大行安抚，恐不知其所终。”章下兵部。丁巳，以原任少保邢玠复为南京兵部尚书。戊辰，行苏、松、常三府催解布匹、蜡、茶。
三十八年二月乙卯，革清河县主簿、海州永济仓大使各—员。从漕运总督李三才议也。甲子，南京巡视东城、福建道御史蒋贵上言：“南京五城，商贾