“莫如钱风。”风亦推峤，峤伪辞之，敦不听。六月，表峤为之。峤恐既去，而钱风于后间止之，因敦饯，起行酒，至风，凤未及饮，峤伪醉以手版击风帻坠，作色曰：“钱凤何人，温太真行酒而敢不饮!”敦以醉，两释之。峤临去，与敦别，涕泗横流，出阁复入者再三。行后，凤谓敦曰：“峤于朝廷甚密，而于庾亮深交，未可信也。”敦曰：“太真昨醉，小加声色，何得便尔相谗!”峤至建康，尽以敦逆谋告帝，先为之备，又与庾亮共划讨敦之谋。敦闻之，大怒曰：“吾乃为小物所欺!”与司徒导书：“太真别来几日，作如此事，当募人生致之，自拔其舌。”帝将讨敦，以问光禄勋应詹，詹劝成之。丁卯，加司徒王导大都督、领扬州刺史，以温峤为中垒将军、都督东安北部诸军事。（《通鉴》注：谓秦淮水北诸军。）与右将军卞敦守石头，应詹为扩军将军、都督前锋及朱雀桥南诸军事，郗鉴行卫将军、都督从驾诸军事，庾亮领左卫将军，以吏部尚书卞壶为中军将军。郗鉴以军号无益事实，固辞不受，请召临淮太守苏峻、兖州刺史刘遐同讨敦。诏征峻、遐及徐州刺史王邃、豫州刺史祖约、广陵太守陶瞻等入卫京师。帝屯于中堂。司徒导闻敦疾笃，率子弟为敦发哀，众以为敦信死，咸有奋志。尚书腾诏下敦府，列敦罪恶：“今遣司徒导等虎旅三万，十道并进；平西将军邃等精锐三万，水陆齐势；朕亲统诸军，讨凤之罪。诸文武为敦所用者，一无所问，无或猜嫌，以取诛灭。敦之将士，从敦弥年，违离家室，朕甚愍之。其单丁在军，皆遣归家，终身不调。其余皆与假三年，休讫还台，当与宿卫同例三番。”敦见诏，甚怒，而疾转笃，不能自将。将举兵伐京师，使郭璞筮之。闻卦凶，杀郭璞。
七日壬申，敦遣其兄含及钱凤、周抚、邓岳等水陆五万，奄至江宁南岸。温峤移屯水北。烧朱雀桁以挫其锋。帝亲率六军，出次南皇堂。至癸酉夜，募壮士，遣将军段秀、中军司马曹浑、左卫参军陈嵩钟等率甲千人，渡水，掩其未备。平旦，战于越城，大败之，斩其前锋将何康。王敦愤慨而死。沈充帅万余人来会含等。庚辰，筑垒于陵口。丁亥，刘遐、苏峻等帅精卒万人至，帝夜见，劳之，赐将士各有差。义兴人周蹇杀敦所署太守刘芳。乙未夜，沈充、钱凤从竹格渚渡淮。护军将军应詹帅建威将军赵胤等拒战不利。贼至宣阳门，拔栅将战，刘遐、苏峻等自南塘横击，大破之，赴水死者三千人。刘遐又破沈充于青溪。丙申，王含等烧营夜遁。丁酉，帝还宫，大赦，惟敦党不原。命庾亮督苏峻等追沈充于吴兴，温峤督刘遐等追王含、钱风于江宁。王含父子奔荆州，王舒沈之江。钱凤走阖庐州，周光斩之，诣阙自赎。沈充误入故将周儒家，诱充内重壁中杀之，传首建康，敦党悉平。司徒导等皆以讨敦功受封赏。王导进封始兴郡公。周抚、邓岳共亡入西阳蛮中。明年，诏原敦党，抚岳出首，得免死禁锢。故吴内史张茂妻陆氏倾家产，率茂部曲为先登，以讨沈充，报其夫仇。充败，陆氏诣阙，为茂谢不克之责，诏赠茂太仆。有司奏王彬等敦之亲族，皆当除名。诏曰：“司徒导以大义灭亲，犹将百世宥之，况彬等皆公之近亲乎!”悉无所问。有诏：“王敦纲纪除名，参佐禁锢。”温峤上疏曰：“王敦刚愎不仁，忍行杀戮，朝廷所不能制，骨肉所不能谏，处其朝者，日忧危亡，故人士结舌，道路以目。诚贤人君子道穷数尽，养晦之辰。原其私心，岂遑晏处!如陆玩、刘胤、郭璞之徒，常与臣言，备知之矣。必其赞导凶悖，自宜正以典刑，如其枉陷奸党，谓宜施之宽贷。臣以玩等之诚，闻于圣听，当受同贼之责，苟默而不言，实负其心。”郗鉴以为先王立君臣之教，贵于仗节死义。王敦佐吏，虽多逼迫，然进不能止其逆谋，退不能脱身远遁，准之前训，宜加义责。帝卒从峤议。
十月，以司徒导为太保，领司徒，加殊礼，西阳王羕领太尉，刘遐为徐州刺史，代王邃镇淮阴，苏峻为历阳内史，加庾亮护军将军，温峤前将军。导固辞不受。
三年二月，复三族刑，惟不及妇人。
三月戊辰，立皇子衍为皇太子，大赦，增文武位二等，大酺三日，赐鳏寡孤独帛人二匹。癸巳，征处士临海任旭、会稽虞喜为博士。
四月诏曰：“大事初定，其命惟新。其令太宰、司徒以下诣都，坐参议政道，诸所因革，务尽事中。”又诏求直言。己亥，雨雹。
六月，自正月不雨，至于秋。
七月辛未，以尚书令郗鉴为车骑将军，都督青、兖二州诸军事，镇广陵，卞壶为尚书令诏：“宗室哲王有功勋于受命之际者，佐命功臣，顾德名贤，所与三祖共维大业，咸开国祚者，而并废禋祀，甚用怀伤。其详议诸立后者以闻。”诏：“中兴以来，惟祀南郊。北郊之礼，都不复设。五岳、四渎、名山、大川，应望秩者，主者其依旧详处。”
八月，诏：“吴时将相，名贤之胄，有能纂修家训，又忠孝仁义，静己守真，不闻于时者，州郡中正亟以名闻，勿有所遗。”
闰月，以左仆射荀崧为光禄大夫、录尚