言：留都根本之地，且陵寝所在，关系尤重。原额军不下九万余名，马五千一百余匹，仅足防御。今军止二万二千名，马二千九百余匹，比之原额消耗已多。矧值闽、浙警报，壤地相接，守备单弱，实所当虞。宜如体乾等议，选各卫丁随伍操练，照给全粮；动支贮库草场银两，买马六百匹应用。”从之。甲辰，河道侍郎万恭奏：“今岁七月，黄河水涨。徐州黄水骤发，阅月方始归漕，皆故老所竞言未见者。因自称调度机宜，合房村堤一百余丈，正河千里安流。通茶城口淤一十余里，回空千艘速出。仍开国初以来治河之法及今所探各处浅深以闻。”疏下工部。丁未，工科署给事中朱南雍参河道侍郎万恭言：“防河甚于防边。为河臣者，事必预报庙堂，方可据以处分；功必实图国计，方可藉以利济。臣备访河务，咸谓茶城淤塞二十余里，万恭起夫数万，挑浚罔效。回空粮船数千，阻泊于上河者，不下五十余里。幸黄水旁冲小沟，恭督军民拖泄空船从小沟出，日不能七八只。正河仍未开通。今据恭奏谓，河通于九月十二日，距恭具疏时，才五日耳。纵神运鬼输，焉能于五日间，尽回数十里粮船。始之失事，既属隐蔽，今之奏词，又属朦胧。弥缝一时之失职，侥幸后日之成功。且不图目前之难，而谈古法之沿革，不虞上流之塞，而计下流之浅深。恭盖曰，河道通塞，自古已然，下流俱深，一浅何害，又何莫非掩过幸功之心。夫今岁南回之空船，即明年北上之重船，使茶城一日不开，则空船一日不下。明年之运，将有欲早而不可得者。乞敕令万恭戴罪管事，悉心河务，以赎前愆。”工部复亦罪恭。下严旨，切责之。
十月癸丑，升光禄寺卿路天道为应天府府尹。甲寅，设厂于瓜、仪，改造江北、南京各总浅船。
十一月壬午，河道侍郎万恭奏：“江南运道，延袤八百余里，每岁夏初开运，河水充溢，运道无虞。今改于年前十二月开帮，正属各河浅滞，诸坝断流，京口封闭之侯。挑浚工费动以数万计，仰给导河银，是以杯水救车火，且病农病商。派夫于丁田，则病民；借办于铺行，则病商；取给于协济，则病邻，俱属偏枯，非久计也。查江南漕粮凡二百万石，每石旧带征雇船脚米七升。近瓜州建闸，运船径抵水次交完，此米遂蠲。宜仍每石征一升，岁折银一万两，查各府河务轻重，分发守贮，名曰运河银。凡遇漕渠挑浅、筑堤、建闸、修坝、雇募夫役、买办什物、一应工费，悉于此项内动支应用。再不干扰农商，贻累邻境。以瓜闸所省江南之费，为江南运道通融之用，似为长便。”下工部复。行之。
十二月庚申，升广西左布政使杨成为应天府府尹。壬戌，巡按苏松御史李学诗荐境内人才，特疏请还胡涍。诏报：胡涍逆臣，未正国法，李学诗朦胧荐举，且不究。再有树党引荐者，并胡涍一并拿来重处。
二年正月戊子，兵部复：“操江都御史董尧封奏：留都根本重地。自应天至九江延袤一千一百余里，寇盗出没不常。本官巡历有期，稽查不给，将应天等府治中、同知不妨原务，责令专管江防。”从之。
二月己巳，巡抚应天张佳胤调别用。壬申，户部复：“两推巡盐御史王琢玉条陈二事：一、停存积以塞壅滞之源。方今边商开派利少而难于召纳。淮商守候日久而不乐接买，故引日存积，盐法壅滞。合自万历三年为始，将两淮存积暂停十万五千七百余引，其边储应补银五万余两，合于太仓措给。至万历六年以后，照常开中；一、开屯积以浚壅滞之流。先年，江西、湖广王府、势豪人等，收积商盐，坐索高价奉旨严禁，有司遂不问良善豪恶，概为禁止。致水商盐船不得整发，仪真日渐萧条。仍行各地方，如有铺户，听其囤积，但不许势豪梗法。”报可。乙亥，大理寺少卿宋仪望为都察院右佥都御史，巡抚应天。
三月丙戌，工部复：“河道侍郎万恭议处河漕四事：一议疏治茶城淤浅。茶城当漕、黄之会，培筑小堤，预作小河，宽止数丈，以为速水之计。其夫役取之徐州洪夏镇督发，不必更烦经费，一议修复镜山闸一座。镜山旧闸，锥探至二丈五尺，杳不可寻。合相度地势，从新创建。复自两边各筑一堤，东抵山冈高阜，西接黄河缕水长堤。水发可闭闸以遏洪流于两堤之外，水落可放水以冲积沙子方淤之初。待运尽之日，并力兴工，毋得延迟；一议保护房村一带堤岸。徐、邳南北两岸新堤，束水中流，以防溃决。但河形曲直不同，急流扫湾之处，伏秋水发，不无冲决，而房村以上为甚。合应正堤一带，大加帮筑，急溜去处，创建遥堤。及责由浅以下，旧有遥堤者，一并加培高厚。但诸臣集议，欲于黄钟集之上分水，由符离集出小河口。窃恐有并行之河，决无两盛之理。万一全河弃旧奔新，径趋符离集，则镜山上下四百三十里，将为陆地，嘉靖甲子之患可鉴也。前议亟宜停止；一议接窑子头古堤。先年黄河北徙，溢入运河为患，接筑前堤，彼一时也。近自接连缕堤头，通筑长堤，黄水再无空隙可以北徙，前项似可省筑。惟镜山至留城一带，东堤内束河水，外障河波，往来牵挽，自必由之。现今冲坍数多，相应加筑，其砀山县陈