无所顾忌，若此贼者。且所过屠戮，极其惨烈，使不即殄灭，得以遁归，彼已习知内地虚实，将来招引丑类为祸，殆未可量。所据佥事董邦政闻命疾趋，躬履行阵，横犯鲸鲵之众，不旬日而芟刈之，真可谓奇功也，请亟加褒录。”总督渐直、侍郎杨宜亦报捷如邦辅言，复参邦政虽有斩馘功，然实故违节制，当罪。督察侍郎赵文华又言：“柘林余贼，复巢陶宅，臣同浙江巡抚胡宗宪督兵四千，来松江会剿。而应天巡抚曹邦辅、佥事董邦政不协力进兵，顾乃避难趋易，侥幸功捷，乞加惩究。”疏俱下兵部。部复：“文华所谓趋易，盖指苏州之寇而言；所谓避难，盖指陶宅之寇而言。窃计二寇多寡虽殊，比量声势，不宜分难易论。若使合而为一，以流劫者之慓悍，济屯聚者之蕃众，未免益复滋蔓难图。乃今苏州之寇剿灭无遗，陶宅之寇自然势孤气沮，驱除为易。今第宜令董邦政戴罪自效，务将陶宅之寇亟行殄绝。俟事平之后，总较功罪，然后赏罚可得施也。”诏下邦政于总督都御史逮问。丁丑，应天巡抚曹邦辅，亲督水陆兵分五哨攻寇于周浦城。贼迎敌，四哨俱奔溃，溺水死者数百人。独中哨以邦辅在焉，且阻水得不溃。壬年，巡按直隶御史周如斗言：“方今苏、松流突之寇已殄，屯聚之寇，其势已孤。诸军宜乘胜并力灭此余烬不宜迁延养寇，使巢成谷登，新寇代至，复致曩者柘林之患。且近日直隶斩获，悉本地乡兵之功，其狼、苗二兵，自浙江衄败后，一无足用。苗兵前犹有王江泾、娄门之捷，若狼兵则徒扰地方，无纤毫战守力。至于川兵，虽未见可用与否，第万里趋调，东西异宜，恐亦未足恃也。近起用原任总兵何卿、沈希仪，以其知兵，令督率川、广调至之卒，展力取效。顾皆昏睡眊衰愞，一筹莫展。近日功捷，二人者，绝无所与，将焉用之？请罢遣二臣，并停征兵之令，申饬督抚诸臣，督励乡勇，亟除残寇。”上曰：“地方残寇未靖，令督抚等官，速计剿绝。卿及希仪，令革职回卫闲住。”辛卯，以兵荒，免华亭、上海、江阴、常熟四县存留税粮，仍于起运数内量行改折。
十一月辛丑，有倭二千余人，自海洋驾舟四十余艘，先后入川沙洼，与旧贼合势登岸，沿浦东一带，焚劫四团、八灶等处。甲寅，吏部给事中孙浚言：“近见督察侍郎赵文华，请罢应天府巡抚曹邦辅，参称约夹攻而后期。及考疏内所列邦辅督副总兵俞大猷进剿在九月十一日，浙兵次日方进，则后期之罪，不在直隶。矧今苏、松民士谓邦辅实心任事，称不容口。其前流劫留都之寇，又为邦辅所灭，功能了然。遽请斥罢，文华之意，殆不可晓。时东南用兵，寇势方炽，臣诚恐有妨大计，窃请事权归一，则责成专而无彼此牵制之患。昔汉祖任韩信专阃外，虽智如张良，不使干与，所以能成大功。方今江南之事，餐察司检稽，而战守大机当决之总督、巡抚兼提督，行伍专职当责之总兵。督抚统大纲，而城池仓库，奉行策应，当付之有司。不然，权分势轧，人皆掣肘，无以自尽其长。乞敕该部申明事权：督率不严，方略不慎，罪坐总督；钱粮不敷，调遣无法！罪坐巡抚；军令委靡，战阵退缩，罪坐总兵；策应不前，四境残破，罪坐郡县；检察无实，功罪不明，或昧机专断，强人从已，以致挠败，罪坐督察。”上从其言。
闰十一月癸亥，南京兵部尚书张鏊复：“兵部尚书杨博所议防守留都四事：一、南京城广而门多，不无兵分力寡，宜暂塞钟阜、清江二门，以便关防；一、附近之水军既属操江，屯军随屯耕战，安庆当长江上流，镇江逼苏、松寇患，俱难再调。惟滁州、宣州、建阳、安庆四卫之军，宜属溧阳兵备整饬，俟警征发。孝陵、锦衣等卫，神机等营军余，俱宜简练，以备战守；一、进鲜船只，坐拨余丁过多，宜量为裁省，以充营伍；一、南京西南滨临大江，足称天险，东南百里内外，宜设险置戍，远为控遏。陵寝近地，虽未易兴工，至如秣陵、淳化、江宁三镇原设巡司，弓兵单弱，宜增堡戍。”疏下兵部，言其复议悉妥。其暂塞二门，恐于神京风水妨碍，移文更审处之。癸酉，川兵游击曹克新击倭于嘉定之高桥，斩首二十八级。鏖战自辰及未，酉阳兵先溃，诸军遂败。越二日，克新复督蜀中土、汉兵，分三哨追剿，左哨天全土兵及筠连弩手，奋锐冲贼，迎斩七十余级。右哨酉阳、邑梅等兵复溃，我军遂乱。为贼所乘，杀大渡河千户李灿、成都卫百户郑彦昇，川兵伤亡及溺死十四，诸军夺气。是时，调至客兵太多，督抚率无长略，不能以恩威驾驭，诸兵遂恣睢暴肆，不复奉约束。川兵初与山东兵斗，参将尚允绍几被杀。至于出战，皆自为进退。酉阳兵既败，即大噪夺舟径归。至苏州，赵文华犒慰谕留之，不敢诘也。
十二月癸巳，诏名南京新设二营为振武营。用兵部初议，选南京各卫余丁补正军三千，以都督段堂领之，使防守京城。又选孝陵卫余丁共三千人，以丰润伯曹松领之，使拱护陵寝。乙巳，督察浙、直军务侍郎赵文华，疏乞还京师。文华初奉命至浙，适广西田州等狼兵调至，其土官妇瓦氏等知寇有厚蓄，锐意请战。文华惑之，亟趋总督张经进兵。不得，则上书痛诋之。及湖兵至，经进战王江泾，大捷，竟