壬午，升应天府府丞李珊为本府府尹。戊子，升户科都给事中凌汝志为应天府府丞。丁酉，添设扬州府同知一员，专驻瓜州，督捕江海盗贼。从漕运都御史郑晓奏也。
七月丙午，苏州倭寇流劫至嘉善县，转趋松江出海。参将俞大猷，击败之于吴淞所，擒七人，斩首二十三级。乙丑，以兵荒，量免淮安府、卫及通州、如皋、海门屯粮，并改折海门、山阳、盐城、赣榆、沭阳兑米有差。
八月己巳朔，上命总督漕运、侍郎郑晓督修如皋、海门、泰兴、海州、盐城等处城池塞堡，添设掘港把总官一员备盗。癸未，倭寇薄嘉定县城，参将李逢时、许国遇于新泾桥，败之。擒斩八十余人。庚寅，起听勘原任昌平州右佥都御史周珫总理粮储、提督军务兼巡抚应天。丁酉，增造南京新江口兵船二百艘。先是，新江口额设船四百艘，以操江都御史潘玺奏减其半。至是，魏国公徐鹏举以海寇骚扰，请改沙船，增复旧额。从之。
九月乙亥，诏停苏、松、常、镇四府租一年，以被倭故也。己酉，南京兵部尚书张经以倭寇充斥，议留折兑运粮，借用两淮盐银、苏府浒墅钞关船料、后湖赃罚十万两，充兵饷。户部复：“太仓等州县漕粮改折扣留，已为破格，若并折色而尽留之，漕规废坏，何所纪极。宜止以太仓州三十二年秋粮折兑银三万五千有奇、华亭县二万六千有奇，共抵作原议听留苏、松、常、镇四府三十三年兑运秋粮并派剩银两之数，存留充饷。后湖抵赎，以其半与之。”报可。乙卯，倭寇七十余人犯海门县，焚舟登岸。淮扬兵备副使张景贤，亟引御之，战于吕四场，尽歼其众。
十月壬申，命锦衣卫械系原任应天巡抚屠大山、参将许国、李逢时、副总兵解明道至京讯治。先是，采淘港之役，坐两将不相能，各兵趋利不止，故垂成而败。时明道督水兵泊海口，坐视不救，大山方称疾不视事。至是，御史张师价以败事闻，请治大山、逢时、国、明道各失事罪。于是大山逮至，黜为民，明道等论斩。乙亥，免是岁南京决囚。辛巳，兵科给事中李用敬论劾总督、南京兵部尚书张经纵贼误国。上命改经为右都御史、兼兵部右侍郎专一总督军务，克期平贼，不许怠误。以南京吏部尚书周延代经为南京兵部尚书，参赞机务。壬辰，倭寇三千余人由金山突至西海口，登岸分掠。
十一月甲寅，倭寇犯松江、青村所等处。
十二月甲戌，命调永顺宣慰司彭明辅、保靖宣慰司彭荩臣各帅所部土兵三千人，前赴苏、松剿贼。先是，总督张经议调广西狼兵及湖广民兵，尚未至。而苏、松自十月后，新寇继至者又万余人，经至是告急。因复以调兵请，许之。乙亥，以苏州被寇，暂令浒墅钞关收折色一年。丁亥，升江西左布政使汪宗元为应天府府尹。甲午，以淮安府灾荒，准改折预征本色马匹三分之一。
三十四年正月丁酉，命南京中军都督府佥书万表挂印充总兵，提督漕运，镇守淮安。庚戌，南京应天府死囚吴恭伯等十五人越狱，夺城门走。诏锦衣卫逮府尹李珊来京讯治，革守备魏国公徐鹏举任。已，鹏举上符敕请罪，乃命奉祀孝陵，于南京中府带俸。珊械至法司，以案证在南京，请下巡按御史查劾。久之，御史为之开释，请仍在籍听用。从之。丙辰，工部尚书吴鹏奏：“迩者，黄河冲决飞云桥，于是昭阳湖水柜淤为平阜，今与运河无涉。柜外余田四百九十余顷，召民佃种，人授田五十亩，每亩征银三分，以备河道之用，日后或于河渠有济，仍退还官。其马场、南旺、安山等三湖水柜，不在此例。”报可。甲子，巡抚应天都御史周珫奏：“苏、松二府，连被兵荒，乞将三十三年税粮尽数蠲免，华亭、上海及嘉定、崇明四县仍发银赈济。”户部复：“该府本年民粮存留者，依拟蠲除。起运者，除派内府、王府粮米及议改折外，俱暂停征，再将华亭、上海、嘉定三县各扣京库米四万石。崇明原无起运，令于别库计处银一万两，给散贫民。”报可。乙丑，升原任兵部左侍郎张时彻为南京兵部尚书，参赞机务。
二月己卯，改南京礼部尚书王崇庆为南京吏部尚书。丙戌，遣工部右侍郎赵文华祭告海神并察视江南贼情。初，文华条陈御寇便宜，首请遣大臣祭东海。至是，礼部复如其言。上以问大学士严嵩，嵩言：“南贼扰据苏、松二载，设官调兵，未见实效。屡次奏报，或多失实。宜依部复遣大臣往祭，宣布朝廷德意，即令察视贼情，以区处长策，具实奏闻。其所差官，或即用文华亦可。”上乃命文华往。辛卯，修理南京城垣。壬辰，以淮、徐灾伤重大，诏折征漕粮十分之三，每石征银六钱。
三月甲寅，苏、松兵备任环督参将解明道等，以舟师与寇战于南沙野茅洪，败之，斩首一百八级。
四月辛未，工部侍郎赵文华至松江祭海神。是时倭据川沙洼、柘林为巢，经冬涉春，新寇复日有至者，地方甚恐。及闻狼兵至，人心稍安。总兵俞大猷遣游击白泫等将狼兵数队，往来哨贼，乘隙邀击。舍把田銮等稍有斩获，文华因谓狼兵果可用，厚犒之，激使进剿，至漕泾，