不堪，即责马户买易，为累甚多。宜令每马一匹，加银一两；一、原编马户四十八名，岁久消乏。乞许该司会同科道添派，分上中下三等，更班买马。”报可。
八月丙子，南直隶屯田御史张鉴条陈便宜：“一、乞复南京四十二卫教场，除其屯粮计一百二十余石；一、屯田每一分补空丁一名，及时耕种，暇日操练，免其赴运、赴操，以示优恤；一、严查势族侵占及冒报升科者，尽没入官。仍拨余军屯种。”下所司议复。从之。
九月丁酉，升应天府府尹欧阳塾为南京工部右侍郎，提督操江。河决徐州，房村至邳州新安等处运道淤阻五十里。御史黄国用以闻。诏督理河漕大臣，先议通运船，以次塞决疏浅，并条列利弊具奏。戊戌，巡抚应天都御史彭黯奏，捕得江洋盗黄永忠、龚十八等。诏即其地诛之，赏兵备副使饶思聪银币，夺失事、吴淞江所掌印指挥陈大纶职，及金山守备王世科等俱下御史逮问。壬寅，改南京户部尚书王崇庆为南京礼部尚书；升江西右布政使蔡克廉为南京都察院右佥都御史，提督操江；南京光禄寺卿扈永通为应天府府尹。丙午，以淮安、扬州、徐州各府州、县频年大水，量准折征秋粮如二十四年例，仍令所在有司发赃罚银及预备仓粮，相兼赈济饥民。
十月庚午，以水灾免直隶淮安府、邳、徐等州正官入觐。辛未，改镇守两广总兵、镇远侯顾寰充总兵，提督漕运，镇守淮安地方。
十一月壬寅，初，给事中林懋举、御史王民皆言：“南京浦子口，宜设战船，习水战，以备不虞。”南京兵部尚书屠楷等言：“留都长江天堑，南有新江口营，统水卒以扼江洋之险；北有浦子口营，统陆卒以遏凤阳之冲，至严也。今浦子口，军不满二千，不能当江口之十一，而水战又非所长，不若量增逻卒，置之江口。而于浦口沿江增墩台十座，选军二百人守之。长江寇来，陆军协力拒战，绝其登岸之谋；北岸有警，水军沿江应援，断其入江之路，庶为长便。”兵部复，当如楷言。报可。
十二月壬子，河道都御史曾钧奏上治河方略，自房村集至双沟、曲头诸处当浚，自徐州高庙至邳州沂河诸处当筑堤，约工费当用银十一万三千余两有奇。乞发淮、扬余盐并邻省事例银两协济，其诸省解京扣剩、河道及南直隶赃罚等银，亦宜暂留，以助大工。工部复议。上曰：“河患异常，所在有司，漫不经心，姑记罪候处。钧所请俱从之。仍令会同漕运都御史连，以实举行。自后河道钱粮，别衙门不许擅自动支。”癸亥，法司上是岁恤刑官论囚矜疑之数。南直隶江南七十二人，诏免死发戍。
三十二年正月戊寅，先是大学士严嵩等言：“徐、邳等十七州、县，连被水患，民饥剽劫，吏不能禁，恐生他变。乞命户部给发余盐银两及徐、淮等仓存留粮米，选差大臣出赈。仍令工部行巡抚及河道官，急将黄河下流设法疏浚，令水归故道，百姓有庐室田亩可依，得以安堵。”上从其言，命河道都御史曾钧，漕运都御史连，作速勘处以闻。至是钧等奏谓：“刘伶台至赤晏庙凡八十里，乃黄河下流，顷为淤沙壅塞，以致奔溃，此其疏浚所最先者。次则草湾老黄河口冲决，淹没安东一县，亦当急筑。既成之后，宜筑长堤矶嘴，以备冲击。又三里沟新河口，比旧口水高六尺，若开旧口，虽有沙淤之患，而为害稍轻，若开新口，未免淹没之虞，而漕舟颇便。宜将新口暂闭，建置闸座，及将高家堰增筑长堤。原建新庄等闸，加石修砌，以遏横流。但挑筑工料，计用银十三万九百余两，乞发淮、扬、浒墅三钞关并芜、杭二抽分银两解用。”工部复议，从之。已命发淮、徐仓粟、麦四万石，运司余盐银五万两，遣刑部左侍郎吴鹏往赈之。
闰三月甲戌，海贼汪直纠漳、广群盗，勾集各岛倭夷，大举入寇。连舰百余艘，蔽海而至。南自台、宁、嘉、湖以及苏、松，至于淮北，滨海数千里，同时告警。
四月壬午，初，山东、江北连岁水旱，饥民蜂起为盗。剧贼时洲、时恺、马爱等，各聚众数百人，流劫沂、邳间，烧毁泇口镇，地方甚被其害。巡按直隶御史李逢时以闻。诏停山东、淮安抚臣沈应龙、连及兵备等官俸，令克期平定。至是山东麦收甚穰，饥民多归就业。应龙等复檄许群盗自首，于是贼势衰耗，诸首恶多就擒。应龙等以事平具闻。诏斩所擒获诸盗，而贷其自首者。命应龙等支俸如故。戊子，倭寇犯太仓州，攻城不克，分众四掠，烧毁关厢庐舍。癸巳，倭寇破松江上海县。丁酉，改南京吏部尚书潘潢为南京兵部尚书，参赞机务。倭寇攻吴淞江所、南汇所，俱破之，分兵掠江阴。庚子，江北倭掠海州，杀二百余人。
五月癸丑，倭寇复入上海县，烧劫县市。知县喻显科逃匿，指挥武尚文及县丞宋鳌俱战死。贼屯县中七日，纵火焚官民廨宇庐舍略尽。丁巳，淮安府知府张敦仁上言：淮、徐连遭水旱，请将漕粮折银蠲免。又淮安、大河、邳州三卫、守御东、西二海所，官军俸粮岁五万七千余两，请如先年例，暂留钞关银数万两，或拨运司盐银给之。户部议复：“京储至重，不得尽免