加以将领之号，分任江南、江北地方，凡卫所掌印、巡捕诸官，悉令服属。庶声势隆重，可以为总兵官裨辅。且参海盗充斥，而巡抚都御史夏邦谟不以上闻，玩寇废职，不宜置之不问。部复，得旨：“悉如拟，责邦谟，令捕灭江盗，不许坐视误事。’于是升大兴左卫署都指挥佥事李浚为浙江都司都指挥佥事，总督扬州地方备倭；南京府军右卫指挥使路正为浙江都司署都指挥佥事，守备仪真地方。乙亥，改南京礼部尚书熊浃为南京兵部尚书，参赞机务。己卯，以灾伤改淮、扬、徐等处本年马为折色。丙戌，升礼部左侍郎、翰林院学士张璧为南京礼部尚书；刑部左侍郎宋景为南京工部尚书。
八月甲子，命南京工部铸造嘉靖通宝钱。先是，户部议将未铸制钱，分派南、北工部监造，送太仓支用。至是工部复议：“铜、锡等料，俱出南京，且工巧而物贱，宜俱令南京铸造。”上从之。
九月壬寅，运粮千户李显条陈修筑运河三事：“其一谓，扬州南自瓜、仪，北抵淮安，俱藉宝应、范光湖诸水接济。乃湖南北相去三百里，广百二十余里，卒有暴风，漂荡不测。议于范光湖堤迤东开筑月河，以免水患，其一谓，北自淮安，南至瓜、仪，水势上下相去丈许，惟赖瓜、仪二坝关防。先年坝决水冲，河道淤浅，宜令瓜州陈家湾、仪真新城地方，并扬子桥及扬州东关各增一闸，若瓜州坝冲决，则下陈家湾闸。仪真坝冲决，则下新城闸。如二闸闭水不及，则下扬子桥闸，再不及，则下东水关闸，以留水利；其一谓，仪真下接扬子大江，商舶辐辏，河道壅塞，粮运阻误。成化年间，尝令将新城通江旧河疏浚宽广，亦置一坝，河道疏通，官民称便，后废不修。今宜仍前修浚，以裨漕政。”上命工都议行。丙午，以灾伤，诏免苏、松、常、镇四府正官入觐。
十一月戊戌，升总督陕西、兵部尚书刘天和为南京户部尚书。丙辰，先是，祟明盗秦璠、黄艮等出没海沙，劫掠为害。副使王仪大举舟师与战，败绩。副都御史王学夔遂称疾还南京。盗夜榜文于南京城中，自称靖江王，语多不逊。南京科道官连章劾仪等。上曰：“海寇历年称乱，官军不能擒，辄行招抚，以滋其祸。王仪轻率寡谋，自取败侮。夏邦谟、王学夔、周伦皆巡抚重臣，玩寇殃民。仪、学夔皆住俸，与邦谟俱戴罪会同总兵官汤庆，协心调度，刻期剿平。失事官俱令归锦衣卫逮系付狱。逆言无忌，揭播都门，留守不闻驰奏，守备太监潘真、萧通、魏国公徐鹏举、永康侯徐源、兵部尚书熊浃，责令对状。”既而，巡按御史赵继本又劾备倭署都指挥佥事童扬。诏罢扬，永不叙用。于是，江淮总兵汤庆条陈防剿事宜六事：“一、募精兵。谓官军怯战，难以应敌。今徐、邳之间，久罹早荒，相结为盗，募以为兵，诚一举两得也；一、截海路。谓贼据崇明南沙，若捣其巢穴，势必奔海。宜敕浙江海道，首尾相援；一、重将权。谓有司轻视武臣，兵粮不继，许容参治，庶馈运以时也；一、专责任。谓有司巡捕，多以首领委用，而铨注佐贰，乃畏劳巧避，请行禁饬；一、选民兵。谓民壮之设，专为防守，而近多役占，请得调集，以资截杀；一、设守御。谓瓜州滨江，请调扬州卫一千户所，永屯其地，以便防缉。”上皆从之，逾月，庆因督率官军出海口与贼战，贼拥二十八艘来迎敌，辄败去，追斩蹯等二百余人，夺获二十艘，余党远遁。上嘉之。
十二月癸未，守备凤阳太监张信奏：“淮安、扬州、徐州，皆风阳股肱之地，乞令统摄如前任太监黄准例。”兵科奏：“凤阳守备，责在奉侍皇陵兼管皇城锁钥、巡禁山场而已。军机重务，赈恤饥荒，自有职守者，不当令其兼管。”兵部亦言：“弘治以前，旧无此例。自正德间黄准始，则逆瑾纳贿纷更之罪也。陛下登极，已悉厘正，不宜复踵其弊。”上曰：“皇陵，祖宗根本重地，既设守备，宜有统摄，其如黄准例行，但不许干预民事。”
二十年正月壬寅，以灾伤免直隶淮、扬二府属州、县及徐州各卫、所税粮有差。乙巳，以灾伤免苏州、松江府属各州、县秋粮有差。仍准苏州兑军攒运米一十三万一千石，改兑米八千四百石；松江兑军攒运米四万六百石，改兑米五千九百九十石，俱折色。丁未，诏发两淮运司余盐银一万五千两，赈济本处被灾灶丁。
三月戊戌，以灾伤，诏扬州府所属州、县备用马匹改征折银。淮安府所属州、县灾伤尤甚，尽改折色二年。
四月乙亥，总督漕运左都御史周金奏：“黄河支流淤塞，徐、吕二洪水浅，并镇江等处河道阻滞，请及时挑浚，以济粮运。”总理河道右副都御史郭持平，巡抚河南、右佥都御史魏有本各奏：“黄河迁徙，大势自睢州野鸡冈至亳州入淮。其由孙继口并考城县至丁家道口、虞城入徐、吕二洪者，十分之二，此运道所关，非特河南一省之责。即今沙淤四十余里，疏浚之费，动计巨万。乞山东、南、北直隶桩草夫役银两数万于睢州贮库协济。”工部议复。从之。
六月癸亥，升贵州左布政使洪珠为应天府府尹。庚午，复设扬州府管马通判一员。