六月甲子，户部奏：“直隶苏州府昆山县民运白粮一百四十七石赴京，舟至大江，为暴风所覆。追赔之米，杂色不纯，告乞送收京仓，准下年攒运之数支给官军，俟下年起运白粮如数补纳。”上曰：“风波之险，有人力所不及者，虽半纳可也。况又愿下年补纳，其从之。”
七月辛未，应天府及苏州、松江、常州、镇江等俯，各奏今年五月、六月，天雨连绵，淹没田苗，漂流居民房舍畜产。命户部遣官核视以闻。癸酉，南京工部言：“神策门后湖里城，为久雨决三十丈。”敕守备、丰城侯李贤等发工修筑。癸巳，起复应天府府尹李敏。敏丁母忧去任，耆民千百余人告保，敏在任公勤廉正，民赖以安，乞夺情任事。南京都察院右佥都御史张纯等核实以闻，故有是命。
八月丁酉，先是，命南京工部及凤阳府、卫修祖陵殿宇，工稍及完，而督工者辄罢之。至是，南京太常寺复请饬其朽剥木修者。上怒，命锦衣卫遣人械原委官赴京治之。辛亥，直隶江阴县人刘源，献所注司马法五篇。赐钞十锭遣之。戊午，直隶扬州府通州金沙场盐课司副使陈昇奏：“有八里河通运河，洪武间开挑，以便烧盐盘灶，而附近农田、往来客商，亦皆利之。近年淤浅不通，乞敕所司疏浚。”从之。辛酉，淮安府奏：“六月、七月天雨连绵，河水泛涨，淹没民田亩房产。”上命户部遣官核视以闻。
九月戊辰，直隶淮安府奏：“比因水患，民多缺食，已发廪赈济，俟来秋偿官。”从之。癸未，南京都察院右副都御史周铨总督南京粮储，坐金川门草场火，为法司所劾。上命铨自陈。铨具疏陈，伏罪。宥之。
十月丁酉，疏直隶常州府孟渎河。丁未，免直隶淮安府、徐州等州县粮草十分之三，仍命有司发廪济民。丁巳，敕南京守备、丰城侯李贤等，发军夫匠工，疏南京承天门金水河，修千步廊、午门外直宿板房、正阳门城垣。
十一月丁丑，复命南京工部修祖陵殿宇。庚辰，淮安府、徐州各奏夏秋大水，秋粮子粒无征。上命勘实蠲之。癸巳，命都察院右副都御史周铨理南京都察院事，仍督理粮储。
十二月乙巳，增设南京户部主事四员。先是，南京各仓收放粮储，必会推各部官监督，三年更代。至是，南京吏部署部事、郎中赵雍言其不便，请设专官。上从之。
十二年正月乙女，命南京工部改造操江战、快船五百余艘。从守备、丰城侯李贤言旧船损敝也。
二月癸巳朔，户部奏：“直隶淮安府水陆通便，商贾日增，而其课钞之人仍旧。请遣官乘传赶彼，督同府县并税课司官，收受一岁，视其所增，定为常税。”从之。
三月壬辰，南京监察御史范霖等劾南京右副都御史周铨：擅置纪功过二簿，以示威福；各仓设立军斗等项，以作奸弊；令义男擅入内府领折俸布而择其美者；擅杖御史，以报私仇；占官地水塘，以图利己及多好人之妻。南京给事中刘璋等言：霖等举行迟缓，俱宜究问。上命锦衣卫执铨来京鞫治。癸酉，直隶泰兴县奏：“本县官民地七十六顷，地临大江，潮水冲激，坍陷入水，不堪耕种。应征粮一千六百余石，草九百七十余包，递年里甲赔纳，乞除其额，以苏民困。”上命户部勘实，从之。
四月癸卯，南京太平门税课司，旧额办课钞一十九万九千八百三贯，后因钞法不通，加添二万二千三百五十二贯。至是，有司言商税稀少，陪纳艰难。命仍旧额。丙辰，修孝陵、懿文陵讫工。丁巳，免直隶常州、苏州、松江、镇江四府、苏州、镇海二卫被灾秋粮子粒八十八万四千七百七十余石，草二十一万六百三十余包。
闰四月丁卯，直隶淮安府奏所属州、县蝗。上命户部遣官督军民官司捕灭之。己巳，命修南京太庙并社稷坛祭器，从南京太常寺言岁久损敝也。辛卯，免应天府溧阳县水灾田地粮三万六千七百三十余石，草一万九千五十余包。己卯，修南京中军都督府。庚寅，免应天府并南京锦衣等十六卫水灾田地粮。
五月甲辰，南京刑部奏：“南直隶及附近都司，有诉冤者，请受理之。”事下刑部，谓：“旧例南京法司第令收问在京并应天所属囚犯，余俱程递如京。”上命从旧例。丙午，修南京奉先殿。敕守备、丰城侯李贤督工。己酉，命南京工部修历代帝王、本朝功臣、真武、普济、祠山、五显、嘉祐及汉寿亭侯、晋卞忠贞公、南唐刘忠肃王、宋曹武惠王、元卫国忠肃公、都城隍十三庙，俱于内库支给物料。
七月甲辰；免直隶淮安府去年存留草，以其地灾伤故也。
八月甲申，命修南京大理寺。
九月己亥，直隶扬州、苏州诸府、卫各奏夏旱苗枯，禾稼无收，人民饥窘，应征粮草，办纳艰难。上命户部遣官核视以闻。直隶松江府所属各奏夏秋亢旱，田亩无收，人民饥窘。上命户部遣官核视以闻。
十月辛酉，直隶苏州府奏：“本府所属并七县、各卫所文武官军俸粮，岁用米一十