湖诸郡之民始安。丙寅，再定应天等府、州养马例。初，行在兵部言：“太仆寺马，洪武初，以应天、太平、镇江、扬州、庐州、凤阳六府，滁、和二州民牧养。其后马多，乃令淮、徐之民分养。今太仆寺又言马蕃息，宜令安庆、宁国、广德分养为便。”上曰：“安庆三府，只循洪武例，马多则令郡臣别议分养。”至是定议：风阳、庐、扬、滁、和在江北者，五丁养一马，应天、太平、镇江在江南者，十丁养一马；若后马益多，江南十丁内增一马；淮、徐郡虽近时始养马，亦宜计丁始均，以闻。从之。
十六年四月丁未，升副使陈鄂为应天府尹、礼部郎中叶春为两淮盐运使。
八月己卯，置通州卫通济仓。
十月辛巳，下令京城，凡盗马者，斩。
十一月辛未，免苏、松民营造，令馈送北京。
十七年二月庚寅，通政司左通政赵居任卒。居任，应天府溧阳县人。洪武中，以耆老授通政司左参议，升山东布政司左参议，再升左通政。尝奉使日本，其国王赠以名马方物，悉却不受。上闻而嘉赉之，命往苏、松治水。居任虽以清介自持，而无恤民之心。在苏、松十余年，督治水及农务，每霖雨投田禾，不待雨止，广集民男妇踏车出水，随去随溢，低田终不可救。高乡之民困于其役，不得尽力农事，而居任恒以丰稔闻。至是以疾卒，民用慰悦。
六月丁亥，直隶扬州府如皋县丞刘逊言：“洪武中，县民五户养一马，民田税粮全免，官田减半。比年新佥养马户，税粮未免，其有孳生不及数者，责令买补，以致税粮逋欠，乞如例优免。”从之。
十八年二月己未，升平凉府知府何士英为两淮盐运使。
八月戊申，修京师孝陵殿。
十月壬子，皇太子发南京，赴北京。
十一月丁卯，以明年改行在所为京师。议守卫南京留守五卫，每卫调官军一半来北京，开设留守五卫。悉从之。命兵部以孝陵、济川、广洋、水军左右、江阴、横海、天策、英武、飞熊、广武、应天等卫留守南京；留守中、左、右、前、后五卫官军，分守南、北二京。戊辰，上以明年御新殿受朝，诏天下曰：“开基创业，兴王之本为先，继体守成，经国之宜尤重。昔朕皇考太祖高皇帝，受天明命，君主华夷，建都江左，以肇邦基。肆朕缵承大统，恢弘鸿业，惟怀永图，眷兹北京，实为都会。惟天意之所属，实卜筮之攸同。乃仿古制，徇真情，立两京，置郊社宗庙，创建宫室，上以绍皇考太祖高皇帝之先志，下以贻子孙万世之弘规。爰自营建以来，天下军民，乐于趋事，天人协赞，景贶骈臻，今已告成。选永乐十九年正月朔旦，御奉天殿，朝百官，诞新治理，用致雍熙。於戏!天地清宁，衍宗社万年之福，华夷绥靖，隆古今全盘之基。故兹诏示，咸使闻知。”乙亥，遣官责敕召皇太孙，期十二月终，随皇太子至北京。壬午，革北京刑部并属吏、户、礼、兵、刑、工六曹清吏司、照磨所、司狱司，其属官俱调用，及革行在户部、刑部及南京之户部、刑部之北京清吏司、行在都察院并南京都察院之北京道。乙酉，皇太孙发南京。
十九年四月庚子，奉天、华盖、谨身三殿灾。
六月甲辰，赈苏州府吴县饥民。
八月丁巳，敕直隶徐、扬、邳、淮安等卫，通选步骑若干，委能干指挥率领，以明年春至北京。
九月丙寅，修直隶高邮州新开湖塘岸。
二十年七月辛未，户部言：“应天府溧阳县、扬州府宝应县、徐州萧县，霪雨伤稼。”皇太子令遣官巡视。
二十一年二月甲戌，工部言：“淮安卫土城低薄，宜令军士增筑。”从之。
三月已亥，盗入南京大祀坛天库，盗苍璧二、黄琮一。命西宁侯宋琥督南京五城兵马捕贼。
五月丙戌，设直隶淮安府山阳县移风闸，置闸官一员。
八月丁巳，直隶苏州府嘉定县言：“境内圩岸，南至松江处，计五十余丈圮于潮水，请命修筑。”皇太子从之。
九月壬午，江阴等卫都指挥佥事周鼎等九百九十二人，奉使榜葛刺等国回。皇太子令礼部赏钞有差。
二十二年三月甲辰，南京天禧寿将成，赐名大报恩寺。上亲制碑文。
五月丁丑，修苏州府嘉定县海提一千五百八十三丈。己亥，免直隶扬州累岁水灾田粮。
六月庚申，修南京天地坛大祀殿、山川坛正殿、懿文陵神厨、库房。戊辰，南京中军都督府言：“久雨，坏聚宝门城垣，请发军修理。”皇太子从之。
七月丁未，命驸马都尉沐昕掌南京后军都督府事。命太监王贵通率下番官军赴南京镇守。宫中诸事同内官米卜花、唐观保，外事同驸马都尉、西宁侯宋琥、驸马都尉沐昕计议而行。
八月庚申，调南京兵部尚书赵