重罪，待以不死』。上不允。寻同中书赖雍、蔡继谨等死于西市。
吏部尚书张肯堂与郎中赵玉成疏言：『臣等生长海滨，请以水师千人由海道直抵金山，袭取金陵，以迎陛下』。隆武帝大喜，促芝龙造舟，芝龙笑诺。会有言水师诸臣宜留其眷属以防潜逸者，帝遂止。
丙戌春，以足板（？）掷蒋德璟，几伤。隆武帝决意亲征；二月，驻建宁。楚抚何腾蛟、江右杨廷麟皆具疏迎请，隆武帝欲往江右，意未决；而芝龙固请回闽，闽人数万呼拥，因驻跸剑津。而以兵部尚书吴春枝留守，晋大学士；辞不受，留驻浦城。蒋德璟自请行关，相机督战；隆武许之。比至，则疲兵弱卒、朽甲钝戈，无一可为；德璟告病去。而户部尚书李长倩以饷不继，忧死；提学御史毛协恭亦愤卒。六月，吴炳自江右单骑入关，命以布政提调棘闱；而用编修刘以修为主试官，取中举子叶瓒等百余人。一时（？）皇子诞生，群臣表贺，有「日月为明、止戈为武」语；隆武嗟赏。大赦，覃恩。凡郑氏厮养，俱得三代对诰；撰敕织轴者，日不暇给。时兵弱饷匮，当事无谈及者；举朝如醉如梦，不待识者而知其败矣。
时清遣大学士洪承畴经略江南、御史黄熙胤招抚福建，皆晋江人，与芝龙同里，芝龙密遣人通款；而隆武帝日与鲁监〔国〕相仇。监国遣都督陈谦、行人林垐奉使，趑趄未敢入关；芝龙以书招之，乃入。陛见，启函称皇叔父，而不称陛下；隆武帝大怒，下二人狱。芝龙疏救，不听。陈谦者，武进人；乙酉春，赍弘光诏封芝龙为南安伯。比启读，券乃误书「安南」；谦谓芝龙曰：『安南则兼两广，南安仅一邑耳。请留券而易诏，更进伯为侯』。芝龙大喜，厚赠而别，及半途而南京变；芝龙素德谦。有镇江钱邦芑者，本出芝龙门下；以召对称旨，擢为御史，为隆武信任。密启曰：『陈谦为鲁心腹，且与郑至交；不急除，恐有内变』！或以告芝龙；芝龙谓刑所必经其门，临期救之未晚。至夜半，内传片楮，别移谦斩之。芝龙闻，伏尸哭极哀，以千金、百布葬谦；为文以祭，有「我虽不杀伯仁，伯仁由我而死」之语。遂疏称『海寇狎至，今三关饷取之臣，臣取之海；无海则无家，非遄征不可』。拜表即行。中使手敕云：『先生稍迟，朕与先生同行』！及之河，则飞帆已过延平矣。芝龙既去，守关将施福声言缺饷，尽撤兵还安平；盖微闻钱塘信也。
钱塘自正月至三月，各营皆西望心裂；王之仁疏言：『始事之日，人人有直取黄龙之志；乃一败之后，遂欲以钱搪为鸿沟。天下事何忍言！臣今惟有前死一策，以所隶舟师决战。今日欲死，犹战而死；他日即死，恐不能战也』！三月朔，清兵开堰驱舟入江。国维命之仁统舟师江心接战；值东南风作，之仁扬帆奋击，国维督诸军渡江。会隆武帝命陆清源变诏至江犒师，马士英嗾方国安斩之；且出檄数隆武帝过。国维曰：『祸在此矣』！四月，清兵守杭州；监国议抽兵命国维西征，而以礼部尚书余煌兼兵部事，督师江上。时清贝勒王屯兵北岸，江涸可试马；用炮击南营，碎国安厨锅。国安曰：『天夺吾食也』！因念隆武帝曾以手敕相招，往必大用；否亦可入滇、黔。遂于五月二十七夜拔营走绍兴，劫监国南行。次日，江上诸师闻之，俱溃；郑遵谦移赀入海中。二十九日，王之仁兵尚在，亦将入海；国维议抽其兵五千分守各营，之仁泣曰：『坏天下事者，方国安也。今清兵数万倏渡南岸，孤军何以迎敌？之仁有舟可入海；公并无舟，何以为计』？国维乃追扈监国行。尚书余煌尽启九门，令民出走；既毕，整衣冠赴水死。六月朔，清兵过钱塘，国维行次黄石岩。方、阮、马三家兵断所过桥，桥下刻大字两行云：『方马至此止』。国安、士英定谋，出献监国，遣人入守。值守者病，监国脱登海舟；传谕国维退保四邑，遂过东阳：六月十八日也。二十八日，清兵破义乌。有劝国维入山者；国维曰：『误天下者，文山、迭山也，一死而已』。次日，清兵至七里寺。国维作绝命诗三章；诗一章「自述」曰：『艰难百战戴吾君，拒敌辞唐气厉云；时去仍为朱氏鬼，精灵当傍孝陵坟』！诗二章「念母」曰：『一瞑纤尘不挂胸，惟哀耋母暮途穷；仁人锡类能无意，存殁衔恩结草同』。诗三章「训子」曰：『夙训诗书暂鼓钲，而今绝口莫谈兵！苍苍若肯施存恤，秉耒全身答所生』！具衣冠，南向再拜曰：『臣力竭矣』！从容赴园池死。兴国公王之仁载其妻妾并两子妇、幼女、诸孙尽沉于蛟门下，捧所封敕印，北面再拜，投之水。独至南京，峨冠登陆，百姓骇愕聚观；之仁从容入，见内院洪承畴，自称『仁系前朝大帅，不肯身泛波涛；愿来投见，死于明处』。承畴优接以礼，命剃发，不从；八月二十四日，就戮西市。兵部侍郎陈函辉哭入云峰寺，作绝命词八首。词云：『生为大明之人，死作大明之鬼；笑指白云深处，箫然一无所累』。『子房始终为韩，木叔生死为鲁；赤松千古成名，黄蘗寸心独苦』。『父母恩无可报，妻儿面不能亲；落日樵夫湖上，应怜故国孤臣』！『臣年五十有七，回头万事已毕；徒惭赤手擎天，惟见白虹贯日』。『去夏六月廿七，虚度一生世法；但严心内「春秋」，莫问