弘光元年粮免十分之一；北直隶、山西、陕西全免五年，山东、河南全免三年，江北、湖广免十分之五，四川免十分之三。以卢九德为司礼监秉笔太监，提督京营。癸卯，以马士英掌兵部事，仍入阁办事；以礼部右侍郎顾锡畴为礼部尚书兼翰林院侍读学士。分应天、苏松为二巡抚。以太常寺少卿左懋第为都察院右佥都御史，巡抚应、安、徽、宁、池、太、广德等处地方，提督军务兼理粮储。甲辰，以忻城伯赵之龙总督京营戎政。以前都察院右佥都御史田仰巡抚淮、扬等处地方，提督军务兼理海防。进封黄得功为靖南侯、左良玉为宁南侯，仍各荫一子锦衣卫千户世袭；封高杰为兴平伯、刘泽清为东平伯、刘良佐为广昌伯。加马士英太子太保，荫一子锦衣卫指挥佥事世袭。乙巳，以大理寺左寺丞祁彪佳为都察院右佥都御史，巡抚苏松等处地方，总督粮储、提督军务。禁北来逃官不许入京。丁未，可法出京督师，给银二十万两。密谕参将王之纲等迎母妃于江北郭家寨。
李自成遣伪制将军董学礼等率兵南下，至宿迁；己酉，总督漕运巡抚凤阳等处地方都察院右佥都御史路振飞遣兵击败之，擒其伪防御使武愫。
张慎言荐前东阁大学士遣戌吴甡，命召之。庚戌朝，刘孔昭廷讦慎言荐误国罪臣，且定策时有二心；声色俱厉。御史王孙蕃等亦劾孔昭，交争于上前。上谕之，乃退。明日，孔昭具疏论劾，慎言乞罢；上两解之。弘图、曰广各上疏乞罢，不许。以万元吉为太仆寺少卿，监江北军。命御史周一敬护送潞王于杭州居住。设勇卫营，以御马监太监李国辅监督。
壬子，进魏国公徐弘基、南和伯方一元、诚意伯刘孔昭、抚宁侯失国弼、安远侯柳祚昌、灵璧侯汤国祚、东宁伯焦梦熊、成安伯郭祚永各官衔二级，岁加禄米五十石；弘基仍进左柱国。赐韩赞周荫弟侄二人、卢九德一人锦衣卫指挥佥事世袭，仍赐蟒衣及银。癸丑，可法奏先帝已封刘泽清伯爵，命加荫一子锦衣卫正千户世袭。甲寅，遣督师大学士史可法祭告祖陵、皇陵，宁南侯左良玉祭告显陵。
先是，贼陷京师，定远总兵官平西伯吴三桂降于清，引之入关，大败自成于一片石，自成走西安；清乃伪称太子，与三桂合军入京。及至，则清九王也；遂据京师，为先帝发丧，传檄河北、山东皆下之。而道路相传以为三桂借兵克复，又言巡抚辽东都察院右副都御史黎玉田与三桂合谋。德州生员谢陛杀贼所署伪防御使吴征文，奉香河知县宗室帅锨为济王，率士民城守；而傅以为前东阁大学士谢升及前御史卢世水，于是可法以闻。己卯，封三桂蓟国公世袭，命发银五万两、漕米十万石馈之。
太常寺少卿李沾劾吏部左侍郎吕大器定策时怀二心。上曰：『朕遭时不造，痛深君父，何心大宝？直以宗社攸关，勉承重任。当日效忠定策诸臣，朕已鉴知，余不必深求』。大器乞罢，不许。
六月庚申，以福府千户常应俊为中军都督府左都督。壬戌，上大行皇帝谥曰「绍天绎道、刚明恪俭、揆文奋武、敦仁懋孝烈皇帝」，庙号「思宗」；大行皇后谥曰「孝节卢肃、渊恭庄毅、奉天靖圣烈皇后」（「思」字，大学士弘图所拟也）。以都督同知杨振宗充总兵官，镇守安庆。癸亥，以右军都督府都督佥事赵光远为都督同知，充总兵官，提督四川、陕西军务。光远时镇守汉中，命未至，已降于贼。甲子，工部尚书程注致仕。丙寅，吏部尚书张慎言致仕。
士英荐前光禄寺卿阮大铖可任枢贰，予冠带召见。户科左给事中罗万象、御史詹兆恒、王孙蕃、陈良弼、应天府丞郭维经等交章言大铖以逆案发配，不宜召；弘图请下九卿议，与士英不合，各疏求去，不许。吕大器遂劾士英以入朝为名，横据国中纵兵劫掠、卖官鬻爵诸罪。御史黄澍入对，廷劾士英。司礼监太监何志孔助澍言之，上怒。士英更为志孔请，得不死。
先是，张献忠自楚入蜀；己巳，陷涪州。
壬申，士英劾从逆诸臣光时亨、龚鼎孳、陈名夏、项煜、周锺等。
先是，周王薨于淮安舟中，命于安吉、孝丰择地卜葬。
丙子，刘泽清劾吕大器前巡抚甘肃，以私忿杀总兵官柴时华及受贿事。大器速疏引疾，致仕。
朝议遣大臣北行使清，访先帝梓宫并赍敕与吴三桂。而士英言有职方司贝外马绍愉者，曾为陈新甲使清；昔之下策，今之上策也。泽清、杰并举前总兵官太子少师左都督陈洪范；召见，以陈洪范提督下江定海水师，驻瓜洲。会左懋第以母丧在山东，请北行；遂定使清之议。
丁丑，张献忠陷重庆府，瑞王遇害。
戊寅，封常应俊襄卫伯，食禄米一千石，世袭。刘宗周在籍自称「草莽孤臣」，上疏请上亲征，又言四镇不宜封；有旨宣付史馆。而宗周复连疏言中外诸臣皆可诛，于是四镇皆怒。己卯，忻城伯赵之龙论先帝庙号「思宗」为下谥；弘图疏辨，上是之。
辛巳，以徐石麒为吏部尚书、工部左侍郎何应瑞为工部尚书。以巡按淮扬御史王幞为都察院右佥都御史，赞理军务、