芳、许士昆等到彰见应奎，面陈激变情由，语碍嘉棠；应奎禀撤嘉棠任，嘉棠恨鹿绅益深。十六日，嘉棠请澎湖镇吴宏洛攻鹿港。附鹿庄民，扶老携幼，露宿街中；蔡德芳秉烛危坐，达旦不寐，以安民心。沈应奎止宏洛，不可；爰电请刘铭传，以一攻鹿港，其白沙坑二十四庄、线西五十三庄皆望风而变，地方何堪设想，铭传遂电令宏洛归应奎节制。二十三日，探报施九缎、杨中成回家。宏洛会商应奎，督军分道围捕；鹿港游击郑荣、廪生施家珍亦率勇。会九缎逃去，至湖仔内围；中成亦无踪迹。嘉棠遂禀巡抚，以家珍等通知九缎，致令大兵围捕无迹，请加之罪，令家珍等跟出九缎等匪。二十八日，吴宏洛、曹志忠、窦如田、郑有勤回台北。二十九日，李嘉棠撤任，以朱公纯接彰化县篆，出示购缉施九缎、王焕、杨中成、李盘、施庆、许得龙等，其余赦之，并免全台丈费（瑞桃斋施案纪录）。
十一月六日，沈应奎赴嘉义，施家珍等送之，临别勒缉九缎等。而各庄甘为掩匿，致南北购线，极力追寻，讫无以应。巡抚刘铭传奏撤嘉棠保案，并革施家珍、施藻修衣顶。七日，兵备道唐景崧抵彰，查嘉棠激变情由，详请奏参；布政使邵友濂亦以嘉棠视民如雠，详请革职，永不叙用。嘉棠因禀巡抚，以周长庚与鹿港绅士相通情弊。长庚禀称：当时危急，请长庚冒险缒城解围；及事后，诬人通弊如嘉棠者，是诚何心！铭传令新任彰化县罗东之、台湾县黄承乙会审，各具亲供送呈台北。前任彰化县朱公纯、鹿港盐馆总办刘竺保，皆以不附嘉棠相继撤委。嘉棠于十五日往台北，力言长庚与鹿绅朋比为奸。长庚请假会试，十九日由土葛窟港内渡；铭传电谕不准会试，罗东之追留不及。铭传因电达闽、沪等处拘长庚，一面札饬郑荣、施家珍等到台北候提集周长庚讯鞫（同上）。
埤南附近吕家望社番素称强悍，役使邻近百数十里之各番社，号曰番王。上年戕杀射马干社番两人，抗犯不交。本年五月，哈水社番负米归社，复被劫杀，经索犯讯明正法。六月，该社勾结埤南辖境大庄诸化番七百余人，匪首刘添汪助之，焚劫大庄民宅；除粤人外，概被杀戮，并戕杀分防营弁委员雷福海等。围攻厅治，众至四千余人，全台大震。张兆连千五百人壁埤南，分防六百里；贼围厅治及张营，攻守十七日几死。刘铭传命总兵万国本以威定兵船炸炮解其围，别命吴宏洛往讨，电知北洋总兵丁汝昌以兵输炸炮佐之。八月，贼集邻番以死拒。诸将血战半月，毁其巢。于是诸叛番皆乞抚；获匪首刘添汪诛之。而中路万雾社独悍虐异他番，通判吴本杰令各社壮丁为营勇箝之，辄逃归肆杀。乃下令绝盐粮、火药入山中，万雾惧，乃复降；送子入学且为质，许焉。北路绕食、竹加山、衣卯、京孩儿诸番数十社既降，仍肆杀不可制。是月军至，其酋红衫佩铃，鹄立待战。于是郑有勤、刘朝带苦战，冒绝险，尽拔之。独前营总兵陈罗剿内溪既定，雨作，浮桥冲失，疑为该番折毁，陷害官军，斩六级；番怒，袭杀营官、练官十余人。有勤移军讨之，撤罢陈罗军，内溪四社复乞抚（刘壮肃奏议）。
十五年（一八八九）二月，嘉义户部主事徐德钦获王焕解台北，讯知鹿绅无通匪实据，复密派委员程起鹗提查鹿局，亦无接济军火。始放释在押郑营，令到鹿罚捐三万两充为军费。除施家珍一人仍归案拏办外，其绅商概不追究。鹿港遵谕缴捐，王焕仍在监（施案纪录）。
三月，卞宝第、刘铭传、林维源奏：全台生番一律归化，逆首就擒，请将出力人员奖励（东华录）。
九月，副将刘朝带开山，中伏阵亡。台湾内山八、九月间，生番例杀人曰做享；刘朝带自内山开巨道八十里，遥达花莲港，中伏阵亡，弁勇死者二百人。巡抚刘铭传察其地近老狗社、加九岸，则令吴宏洛统诸军，十一月入内山攻剿。十二月，大军至白阿社，番酋筑碉堡死拒。大军筑台山巅，用炸炮环击，破其巢，获其酋有敏阿斩之。加九岸平。
十二月，全台清丈给单完竣。原额赋银十八万两，清丈后年额征五十一万二千九百余两；随征补水、平余，加以官庄租额，新垦、旧垦全年共征银六十七万余两。除补水、平余外，实计正额溢出银三十六万余两。澎湖一厅，地皆斥卤，祗能栽种杂粮；年征地粮等银一百三两零，仍循其旧。初，乾隆间大学士福康安以林爽文之乱，番目潘明慈等助战有功；乱定，选番属四千人，设屯十有二，以番社长授千把、外委十八人为屯军，授番地及民田近十万亩，岁折征番银四万元，备屯军俸饷。阅岁既久，番不能耕，辗转归民，番乃益病。至是整顿屯田，无论屯田番地，切实丈量，归入清赋案内，分别升科；将各屯编籍为民，俾令各执各业。屯丁仍留原额四千，按月加给番银四元，每年按屯抽调，分扼山内生番；坐饷八元归台湾镇支发，出防行粮归统将发给。
十六年（一八九○）正月，刘铭传亲赴宜兰苏澳督战。老狗番去苏澳深入八十里，山高路绝，乃命军开道、设桥梁以往。二月，宏洛自南涣循高山以进，诸将自溪底赴之。社番拒，辄破。师行十日，乃至老狗社隘口；两山壁立，绝