七营分隶澎湖、安平各协；除澎湖水师两营兵丁暂照原章，俟总兵吴宏洛接任再议整顿外，其余安平、沪尾、噶玛兰水师五营久无船械，未便任其废弛，拟请改为陆路，仍隶原营。并请将安平副将移驻后山水尾，改为台东协；北路副将移驻埔里社，均作为陆路题补之缺。就现在军营官弁并投效武职之中每月考试，如五枪能命中三、四者，即分别奏咨留标；以后考列在前，准其补署经兵。部议覆：所请安平水师副将移扎后山水尾暨安平以下水师各营均改陆路，应毋庸议。至台东如何设官控制，准在附近水陆营抽拨布置（以上刘壮肃奏议）。
十四年（一八八八）二月谕刘铭传：据总理各国事务衙门奏台湾设局抽收洋商厘金与约不符、请旨遵办一折，台湾为通商口岸，洋商应完出口正税，向不抽厘，既据该使臣等屡次据约陈请，着刘铭传将抽收洋商厘金一事，即行停止。至该省应如何征收落地税厘，着另行设法办理；总应征之华商，彼自无所借口（东华录）。
五月，台湾水陆电线告成。自十三年三月甫将基隆、沪尾合至台北两线动工，八月，怡和洋行承办水线，装由飞捷轮船到台，钢壳四铁叶轮船一只、修理电线机器一副、测量机器一副。各局电报机器由台北沪尾达福州之川石，海程水线妥安，福台两省先行通报。续至澎湖放线，抵台南之安平口。陆路前已勘明，于十一月间由台南接办陆线，取道彰化，迤逦而北。十四年二月，与台北之基隆、沪尾两线接通。统计水陆设线一千四百余里，分设川石、沪尾、澎湖、安平水线房四所。除台南、安平、旗后原设报局三处外，添设澎湖、彰化、台北、沪尾、基陆局五处。一切材料、机器、水线、轮船、木杆工程、勘路、转运、局员经费、洋匠薪资，共银二十八万七千两（刘壮肃奏议）。
初，十三年三月，台湾兴造铁路，经商务委员张鸿禄、李彤恩函招新嘉坡、西贡等岛闽商陈新泰、王广余等，佥称俱愿回籍合办。复经委员集股，订购轮船二只，由英、德两厂购办铁路钢条三百三十里、大小铁桥十一道、火车客车七十具，自基隆至淡水六十里、自基隆至台南六百余里，约需银百万两。惟基隆至淡水山河复杂，须挖山洞九十余丈，大小桥梁百二十余座，挖高填低工程，均由商务局雇夫兴办。禀请巡抚挪用银二十万两，又给头批钢条等款十万两。至是李彤恩病故，各商禀请归官自办；已缴现银三十余万两，愿留快船两只作抵。基隆至淡水，本年内即可完工。由基隆至台东，除大甲溪外，别无大工耗费；复经刘铭传饬工师勘估，需银六十余万两，核之原估百万数目相符。拟尽购到钢条办至彰化，再行量力以筹。奏请将闽省每年协济银四十四万两，至十七年春季止，尚存未解银一百零四万两，暂挪先修铁路；竣工后，即将所收脚价归还成本（同上）。
杨昌君等奏：台湾洋面辽阔，港■〈氵义〉纷岐，缉捕巡防，关系紧要。部议以经制水师各缺，未便全改陆路，系为专汛防守起见；至安平水师副将，昔年建设，原属要缺；第沿海情形今昔不同，而台东控扼后山，议设武职大员，未便稍涉迁就。臣等往返函商，安平仅距台南府城数里，台湾总兵有水陆兼辖之责，驻扎府城，足可照顾海口；副将一缺，久为虚设。台东为后山扼要之区，非参、游所能镇压，就近营分无可抽拨；现又未便轻议添设，徒糜饷需。若以安平水师副将改为台东陆路副将，所属中、右两营都司等缺随同移拨；其左营游击现驻鹿港，将来中路有抚标两营分布，不虞单弱。应将鹿港游击作为安平水师营游击，隶台湾镇管辖。所有台湾镇属之恒春游击改隶台东，仍使镇、协两标各符原管之数。似此量为布置，饷项毫无所增，于新设地方得有实济，而于水陆营制亦属相符。相应请旨饬部议行。下兵部议奏（东华录）。
七月，澎湖、基隆等处修造炮台，并购造各船炮。各口自十二年正月兴工，分筑炮台。惟安平旧台尚可修葺应用，其余基隆、沪尾、澎湖等处，皆择地另造新台。旗后本有炮台一座，后在太平山添筑一座。本年春夏，各军陈报，濠沟、兵房并外围均已完工；因炮位未到，子墙宽窄高低，须视炮架部位，方能定筑。澎湖筑台四座，基隆、沪尾各二座，因地势土松沙湿，各兵房俱仿外洋图形，用铁水泥三万六千桶。又由英商议购新式后膛钢炮三十一尊，随配炮弹架具，包运到台，共规平银六十万两。先运到大炮十七尊，其余由上海续运。据监工洋人鲍恩士并炮厂派来总兵闻德详勘，各台均能合度：惟子墙炮基亟须铁水泥，用石子与铁水泥参合，须用十二万桶。计澎湖、基隆、沪尾、安平、旗后五海口共造炮台十座、沈雷六十、碰雷二十，配齐雷线及应用各机，约银二万两，硝磺火药约银万两。又购钢快船二，曰斯美、曰驾时。前法事急时，购威利轮船一，南通、北达、前美、如川小轮船四。十三年购威定轮船一。十四年工作，复造小轮驳船一，挖泥机器船一（刘壮肃奏议）。
九月朔，施九缎围彰化县城，索焚丈单。九缎，二林上堡浸水庄人；耕作营生，家颇饶。性呆戆，信鬼神，常仗剑破额，作战童状。先是，彰化知县蔡麟祥率巡