将福建巡抚改为台湾巡抚，常川驻扎；福建巡抚事，即着闽浙总督兼管。所有一切改设事宜，该督、抚详细筹议奏明办理。嗣经会议：台湾本隶福建，应照新疆巡抚关防名曰福建台湾巡抚；学政应照前议归巡抚管理，文武闱援照安徽汇考之例仍归福建应试。旗后、沪尾两海关可否援照浙江之制改归巡抚监督，应请敕下将军奏办。澎湖须设重镇，拟将澎湖副将与海坛镇对调。台湾改设行省，必须以彰化中路为省垣，方可南北兼顾。抚标左右两营，省垣未定，暂留闽省，仍归总督兼管。添设藩司一员，综核钱粮、兵马，整顿厅县各官；并设库大使一员，兼经历事。台湾道向兼按察使衔，一切刑名由道审转；其驿传事务，亦由道兼治。添设司狱一员，毋庸另设臬司。台湾盐务，场产不足，由内地运售，名曰唐盐；长泰、南靖等县澳引额定例拨台湾代销，每届奏销由盐法道汇核造报，应请仍照旧章办理。销去总兵「挂印」字样（刘壮肃奏议）。
十月，淡水马来番就抚。淡水东南三十里屈尺庄、拳山堡、大溪一带迫近内山，生番总目马来号称骜桀，前巡抚岑毓英招抚未成。法兵既退，台南副将潘高升残杀无罪番，刘铭传疏劾之。马来谓新帅一视民番，遂降。定规约十条，以社目为社丁，月给勇粮如营制；总目银六两，按月至县署亲领。提督刘朝佑自马来辟险百里为巨道，通宜兰。于是新竹、彰化一带生番，亦招抚。新、彰交界罩兰庄东南全系生番，新设埔里社在生番之后；副将周鸣声带练兵一营屯扎埔里社，令译人前往劝谕。旋据沙里兴等七社至营乞抚，章程即照马来八社办理。台湾向有抚番经费，在屯租项下拨给；刘铭传奏将屯兵一项酌量裁减，无须另筹经费（同上）。
福建台湾巡抚刘铭传因病乞休，不允；命赏假两月。
十二月，杨昌浚奏：奉谕台湾地舆袤延甚远，应否添设台北道，悉心妥议；添设台北道，不如添设藩司。从之（以上东华录）。
是年，由两广总督张之洞代台湾购制造枪弹机器一副，经记名提督刘朝干在台北府城北外买民田积方三千八百九十丈七尺八寸，并砌筑基址；分赴内地采办木料，督造机器局。自六月兴工，至次年二月讫工，建成正、侧各屋小机器厂一百十七间，通计筑墙、浚井、砌路、开沟、填河工料银二万三百二两五钱。台北军械无处存储，即就偏西地方建造军械所七十三间，需工料银万六千三百七十二两七钱八分（刘壮肃奏议）。
——录自福建通纪卷十九。
十二年（一八八六）正月，淡水大科崁与新竹菜瓮诸番既就抚，肆杀如初。刘朝佑率军进扎头寮，大科崁十三社咸就抚，惟猫里翁八社不下；朝佑瘴疾归。巡抚刘铭传督同唐仁元等三营由东路入、章高元等两营由西路入，菜瓮以南六十余社番毕下。春深瘴作，方息军，而三角、屈尺诸化番忽见杀；侦其为加九岸竹山番也，乃命唐仁元深入百五十里，涉蚕丛绝险拔之，而北道以靖。林朝栋之壁罩兰也，武荣十余社番杀人抗拒；饬哨官苏益元潜入东势角绕出武荣社之后，提督柳泰和又率师克带目二十余社。武荣等社均惧，乞降。新竹大湖番迭出火民居，朝栋与泰和辟道四十里，深入拔之。南路嘉义土匪构行，提督章高元壁嘉义，别遣将抚后山花莲港六十余社；后山统领张兆连亦抚恒春、埤南番百七十余社。复请自嘉义开道达埤南，减恒春道数百里。半岁间，招抚四百社，暑作兵乃归。七月，苏鲁番既就抚，突杀罩兰民，复结马那社缴归化旗以叛。林朝栋、柳泰和困山中，刘铭传檄总兵吴宏洛督兵踰绝险，环攻一月，拔其巢。番酋誓天不复反，乃诉官民侵虐状；刘铭传为易垦吏，划其地而还。北路白阿社复杀民勇二十余人，内阁侍读学士林维源请讨，复合诸将深入袭之；其酋马来诗昧率妻子以降，赦不杀。分遣诸将拔余社，毕下之（刘壮肃公奏议）。
二月，命内阁侍读学士林维源前赴台湾帮同刘铭传办理台北开垦抚番事务。
三月谕：刘铭传奏澎湖为闽台门户，非特设重镇，不足以资守御。杨昌浚与该抚意见相同，拟将澎湖副将与海坛镇对调，仍归总督管辖等语。即着杨昌浚、刘铭传会同筹议具奏（以上东华录）。
四月，刘铭传奏将全台田亩一律清丈，南北两府各设清赋总局。调官吏三十余人履各县，合正绅数人先行会查保甲，逐户问田园多寡，然后勘丈以校之；前匿者免其罪。私租悉革，一入公家。严官吏赏罚为策励，善者按异绩补署，贿匿者劾之。嗣以嘉义、凤山两县因原丈未能核实，覆丈需时，彰化土匪滋事，业户不无观望；虽经扑灭，必须另行分别办理，奏请展限六个月（刘壮肃奏议）。
刘铭传奏：各路生番巳招抚四百余社、归化七万余人，请将开山剿抚尤为出力官绅给奖。允之。
七月，杨昌浚等奏：台湾现在整顿海防，百废待举，加于改设行省，经费浩繁。如澎湖一岛办防需银八十万两，业经臣等先后奏请，敕部指拨。此外办防、制械、设电、添官、分治、招垦、抚番，在在均关紧要。至建立省城衙署、坛庙各项工程虽不妨稍缓，惟