备遂严。二十四日，镇将兵起；传穟部署毕，二十五日亦以兵二百、乡勇二百继之。经阿公店，南北适中地也，民居颇稠；留兵勇二百人，使训导谢代埙驻之，以扼其冲，道乃通。二十六日至埤头，撤功杰，使绍祁回任；署镇亦撤其参将，以朝龙代。传穟乃督民夫，增补竹围，绕围浚深沟，中插竹签。招抚逃民，谕各乡守庄捕贼；其先受贼约，能自首者免罪。绍祁更募乡勇八百名，以四百人守埤头、四百人偕官兵捕贼。县役中有通贼者不敢动，而颇自危；绍祁大度，示之不复穷究，反侧遂安。贼自埤头走黄梨山竖旗招众；镇将初至，不测贼众寡，又以负险，颇患之，未遽击。既而各路兵屯乡庄受府县约束，阻守要隘甚密，所在匪民观望待起者不下数千，贼不能通。至是，竟无敢应者。嘉义贼将自内山潜至，扼于王、李二令，皆散走。吴赐至郡城，为慎彝获诛。新授台湾镇蔡万龄亦至。良斌见众不集，大惧，其党乃离；兵勇进攻之，遂溃。传穟、绍祁亟悬重赏捕贼，王曾、李川、蔡双弼以下全获伏诛。良斌驾小舟入海，逃至彰化，县令李振青获之送郡，南路遂平。是役也，自许尚起及竣事仅一月，不烦内兵，不使贼蹂躏闾阎，南路办贼，北路宴如；凡用饷银数万，皆筹款补给，不费帑金者，郡县得人之效也。奏入，上大嘉之曰：『方传穟总司筹办，悉协机宜』；特赏花翎。镇、道以下，各从优议叙。明年，乃建凤山县城于旧治（东槎纪略）。
五年（一八二五）九月，闽浙总督员缺，着孙尔准补授。韩克均着调补福建巡抚；未到任以前，着孙尔准兼署。
六年（一八二六）五月，改福建彰化县海丰港口归嘉义县笨港县丞辖，乌石港口归头围县丞辖。
六月谕：孙尔准奏台湾嘉义、彰化地方有匪徒纠众焚抢，系贼匪李通与粤民黄文润挟嫌纠斗起衅。数日之间，即蔓延两邑，纠伙甚众，竟敢抗拒官兵。尔准即驰往查办，饬镇、道出示晓谕，散其党与。并檄调副将邵永福等带兵在艋舺堵御，防其北窜；并调总兵陈化成带兵会同许松年、蔡万龄三面兜擒。
八月，孙尔准奏抵台查办北路械斗情形云：匪徒李通等挟黄文润搜赃之嫌，纠众寻斗；黄文润集众抵御，格杀二人。匪徒随造分类械斗之谣，乘机焚抢。经该县王衍庆手刃数贼，匪徒遂窜彰化境内。该提镇等误执「民自械斗，官兵止可弹压，不便加诛」之说，致该匪等益无忌惮，具结复斗。见因官兵云集，均已解散。就获犯供出及难民控指已有五百余人，令各庄总董、头人按名缚送；并将著名匪类最多村庄，带兵围捕，指日即可肃清。奉谕：该督务将著名贼首严拏务获，尽法惩治；附和者随时解散，不必株连。提督许松年未能痛加惩办，乃邀集总董劝令讲和，失体损威，办理已属错谬；又监提尚未定谳之凶犯吴溪等作线，并身在行间，乘坐肩舆，何以率先将士？许松年着即革职，留台交孙尔准差遣，效力赎罪。总兵蔡万龄统辖全台，当匪徒肆横，并不立时扑捕，殊属畏葸；亦着革职，见有经手事件，着暂留台镇之任。北路协副将赵裕福一筹莫展，庸懦无能；着即革职，以示惩儆。
台湾匪李通就擒。
十一月，以台湾余匪悉平，加孙尔准太子少保。
八年（一八二八）十二月，准福建台湾另编田字号中额一名（以上东华录）。
是年，总督孙尔准奏添台湾粤藉解额，自戊子科始（小重山房初稿）。
十二年（一八三二）闰九月，张丙倡乱嘉义，戕知县、知府，围嘉义城，困总兵匝月，破盐水港，劫军火器械于曾文溪，彰化黄城陷斗六门，是为北路贼。凤山许成、台湾林海攻凤山、夺罗汉门应张丙，为南路贼。而凤山粤庄奸民李受又乘间假义民旗，焚杀闽庄阿里港七十余处。凡三阅月而事平。丙，漳州南靖人，居嘉义三世，为店仔口鱼牙；素本无赖，好结纳亡命，一呼数百人，与群盗相往来，能庇之。又以小忠小信庇其乡邻，遂著名。是年夏旱，各庄禁米出乡。有陈壬癸购店仔口米数百石，不得出，以赀求生员吴赞庇送。赞之族吴房，逸盗也；与詹通劫诸途。店仔口之禁米，张丙为首；赞牒县谓丙通盗。嘉义县知县邵用之获吴房，解郡伏诛，并捕张丙。丙怨令不治米出境，专治抢夺，欲掳吴赞。赞闻，挈妻拏避入城；追及之半途，复为邵令遣役护去。丙谓令得贿，益怒。陈办者，巨盗也，居嘉义之北仑仔庄。其族人摘粤人张阿凛芋叶，为所辱，白陈办报复，毁其芋田。阿凛居双溪口；双溪口，粤庄之强大者。闰九月十日，阿凛率众焚陈办屋，又牵他人牛；陈办约张丙与之斗。丙与詹通、刘仲、刘港、刘邦顶、赖牛、王奉、陈委、洪番仔、吴允、许六、吴猫、李武松聚众三百人与陈办、陈连攻双溪口，不胜，反为所伤。闻总兵刘廷斌出巡，张丙与众潜回店仔口，陈办、陈连焚掠附近交平诸粤庄，张阿凛攻陈连庄。二十五日，陈办抢大埔林汛防器械。廷斌追至东势湖，戮抢猪者二人。北路协副将叶长春与邵令亦至，夹击陈办于红山仔；办走与王奉合攻姜仑庄。官兵猝至，斩其党王兴、王泉，办奉俱窜店仔口，白张丙。丙触前忿，谓专杀闽