复尽焚洲仔尾之栅与南汕来袭之船。贼大败，困守北汕，如兽在阱。会七日风潮骤涨，北汕所沈舟为风浪掀起漂去，贼夺门出。官兵追截其船十余，卒以闽师不助扼各港，长庚所将水师仅三千余，故贼竟遁去。长庚奏言：蔡逆未能歼擒者，实由兵船不得力、接济未断绝所致。臣所乘之船较各镇为最大，及逼近蔡牵坐船，尚低五、六尺，其余诸镇之船更为不及。曾与三镇总兵愿预支养廉捐造大船十五号，海门、金坛二镇亦愿捐造十五号，而督臣以造船需数月之久，借帑四、五万两之多，不肯具奏。且海贼无两载不修之船，亦无一年不坏之杠料；桅柁折则船为虚器，风篷烂则寸步难行。乃逆贼在鹿耳门窜出，仅余三十船，篷朽硝缺，一回闽地装篷燂洗，焕然一新，粮药充足。贼何日可灭？五月，上褫玉德职，逮问治罪；以阿林保代之。闽文武吏以不协剿，不断岸奸惧获罪，交谮长庚于阿林保；阿林保三疏密劾之。浙抚阮元以忧去，上密询浙抚清安泰。清安泰奏言：长庚熟悉海岛形势，忘身殉国，故贼中有不畏千万兵，只畏李长庚之语，实水师诸将冠。奏入。至是八、九两月，上切责阿林保甫莅任旬月，即专以去长庚为事；倘朕轻信其言，岂不自失良将？嗣后剿贼事责成长庚一人，阿林保倘忌功掣肘，则玉德即其前车之鉴。并饬造大同安梭船六十号，其未成以前，先雇大商船备剿（圣武记）。
十月，起阮元署福建巡抚。
阮元以病解任，调张师诚为福建巡抚（以上东华录）。
李长庚追蔡牵于粤海，歼其侄蔡天来之船。
李长庚击蔡牵于闽之浮鹰岛（以上圣武记）。
十二年（一八○七）二月，移建福建凤山县城。
以程祖洛为闽浙总督。
七月，赈澎湖厅风灾，缓征新旧额赋及杂款银。
九月，福州将军赛冲阿奏：官兵在鸡笼洋截剿朱濆，大获胜杖。得旨嘉奖（以上东华录）。
十二月，浙江提督李长庚剿贼蔡牵于黑水洋，死之。长庚率福建水师提督张见升等追牵，穷其所向，至黑水外洋。牵仅三舟，长庚击破牵舷蓬，又自以火攻船，维其后艄；贼急发艄尾一炮，长庚中喉而殒。张见升望总统船乱，遽麾舟师退，牵乃遁入安南。事闻，朝廷震悼，追封壮烈伯，谥忠毅；命原籍同安县立专祠。以裨将王得禄、邱良功嗣其任，勉以同心敌忾，为长庚雪雠（雷塘庵弟子记、圣武记）。
十三年（一八○八），闽浙总督阿林保奏：拏获蔡牵义子蔡三来等（东华录）。
七月，浙江副将项统会同闽师由闽回浙，在韭山洋遇朱濆，攻之；获船一只，生擒七名。朱濆即窜回闽，旋被闽总兵许松年轰毙，其弟渥代领其众（雷塘庵弟子记、圣武记）。
八月，蔡牵窜回闽，提督何定江穷追入闽（雷塘庵弟子记）。
浙洋凤尾帮盗首张阿治母弟皆在福建惠安县，总督阿林保系其母弟。阿治屡被浙江剿蹙，乃率余盗四百七十余名、难民九十八名、炮八十六门赴闽投诚（雷塘庵弟子记）。
十四年（一八○九）正月谕：阿林保等覆奏查明泉州粮价较贵缘由：据称漳、泉地方向赖台米接济，近年洋匪未靖，台湾商贩较少，泉州米价稍昂，委无通盗济匪情事。见在蔡、朱二逆常到淡水一带劫掠商船，该逆劫得一船，即用之不尽，往往放回勒索，其无须内地米粮已可概见等语。杜绝接济一事，食米最为要务。该督、抚等频年查办海口接济，于台湾贩米从未加意筹及，何以杜绝蘗芽，使之净尽？务即妥办，以清盗源。又另片奏查勘蛤仔栏地势番情另行酌办一节，蛤仔栏北境居民见已聚至六万余人，且于盗匪窥伺之时，协力备御、帮同杀贼，实为深明大义；自应收入版图，岂可置之化外？况其地膏腴，素为贼匪觊觎；若不官为经理，妥协防守，设竟为贼匪占踞，岂不成其巢穴，更为台湾添肘腋之患乎？着该督、抚熟筹定议，应如何设官经理，或用文职、或驻武营，随宜斟酌，期于经久尽善为要。再，梁上国折内叙及蔡逆贼船进至苏澳港之时，先已率众上岸，有该处番人与斗，居民吴氏擒获数贼，始惊溃而去。嗣朱逆复又窜往，亦经居民与官军夹攻败贼等语。该处居民见官兵剿贼，郎知如此出力，着即详查，加之奖赏（东华录）。
八月，浙江提督邱良功、福建提督王得禄、海坛总兵孙大刚、黄岩总兵童镇升探知蔡牵在宁波洋，各兵船连夜接续向北。初五日黎明，童镇升首先追及。守备武定太等攻获一船，生擒王乌等五十一名，斩取首级十颗。牵回衢港，窜往外洋。十一日，牵由象山潭头外洋往南。提督邱良功等在北洋搜寻，无牵踪迹；闽师回闽堵剿朱渥，浙师专剿牵。十五日，由普陀挑带兵船，先后穷追南下。十七日，邱良功等追及牵于台州鱼山外洋，从上风攻系，贼船东南遁。童镇升船被盗炮折桅，王得禄舟师亦至齐攻，毙贼无算。十八日，转战至温州黑水外洋，闽、浙船仍据上风，合围火攻，牵坐船破漏沈海，及其二妻一子同时毙没。王得禄晋封子爵，邱良功晋封男爵（揅经室二集、雷