县者十，固非一府所能辖。欲别建一省，又苦器局之未成。而闽省向需台米接济，台饷向由省城转输，彼此相依，不能离而为二。环海口岸，处处宜防，洋族教堂，渐渐分布。居民向有漳籍、泉籍、粤籍之分，番族又有生番、熟番、屯番之异。气类既殊，抚驭匪易。况以创始之事，为善后之谋，徒静镇之非宜，欲循例而无自。使臣持节，可暂而不可常。欲责效于崇朝，兵民有五日京兆之见。倘逾时而久驻，文武有两姑为妇之难。臣等再四思维，宜仿江苏巡抚分驻苏州之例，移福建巡抚驻台，而后一举而数善备。何以言之？重洋还隔，文报稽迟，率意径行，又嫌专擅。驻巡抚则有事可以立断，其便一。镇治兵，道治民，本两相辅，转两相妨。职分不相统摄，意见不免参差。上各有所疑，下各有所恃，不贤者以为推卸地步，其贤者亦时时存形迹于其间。驻巡抚则统属文武，权归一尊，镇道不敢不各修其职，其便二。镇道有节制文武之责，而无遴选武文之权。文官之贪廉，武弁之勇怯，督抚所闻，与镇道所见，时或互异。驻台则不待采访，而耳目能周，黜陟可以立定，其便三。城社之巨奸，民间之冤抑，睹闻亲切，法令昜行，公道速伸，人心帖服，其便四。台民烟瘾本多，台兵为甚；海疆官制久坏，台兵为尤。良以弁兵由督、抚、提标抽取而来，各有恃其本帅之心。镇将设法羁縻，祗求其不生意外之事。是以比户窝赌，如贾之于市，农之于田。有巡抚则考察无所瞻循，训练乃有实际，其便五。福建地瘠民贫，州县率多亏累，恒视台地为调济之区。不肖者骫法取盈，往往不免。有巡抚以临之，贪黩之风，得以渐戢，其便六。向来台员不得志于镇道，及其内渡，每造蜚语中伤之，镇道或时为所挟。有巡抚则此技悉穷，其便七。台民游惰可恶，而戆直实可怜。所以常闻蠢动者，始由官以吏役为爪牙，吏役以人民为鱼肉，继则人民以官吏为仇雠，词讼不清，而械斗扎厝之端起。奸宄得志，而竖旗聚众之势成。有巡抚则能豫拔乱本而塞祸源，其便八。况开山伊始，地势殊异，成法难拘，可以因心裁酌，其便九。新建郡邑，骤立营堡，无地不需人才，丞倅将领，可以随时札调，其便十。设官分邑，有宜远久者，有属权宜者，随时增革，不至廪食之虚縻，其便十有一。开煤炼铁，有第资民力者，有宜参用洋机者，就近察勘，可以择地而兴利，其便十有二。夫以台地向称饶沃，久为他族所垂涎。今虽外患暂平，旁人仍耽耽相视，未雨绸缪之计，正在斯时。而山前山后，其当变革者，其当创建者，非数十年不能成功。而化番为民，尤当渐积优柔，不能浑然无间。与其苟且仓皇，徒滋流弊，不如先得一主持大局者，事事得以纲举目张，为我国家亿万年之计。况年来洋务日密，偏重东南；而台湾孤悬海外，七省以为门户、关系非轻。欲固地险，在得民心；欲得民心，先修吏治营制。而整理吏治营制之权，操于督抚。总督兼辖浙江，移驻不如巡抚之便。臣等明知地属封疆，事关更制，非部民属吏所应越陈；而夙夜深思，为台民计，为闽省计，为沿海筹防计，有不得不出于此者。敢不据实上闻，以为蒭荛之献』。旨下福建督抚议奏。总督李鹤年、巡抚王凯泰奏言：『福、台关联甚巨，彼此相依，未可遽分为二。请以福建巡抚冬春驻台，夏秋驻省』。诏可。于是葆桢奏建台北府，改淡防厅为新竹，噶玛兰厅为宜兰，新设恒春、淡水两县，置台东、基隆两厅，而移北路抚民理番同知于埔里社，改为中路。大事更张，以革新吏治。营制亦稍整饬，而台湾之规模渐大矣。
光绪二年六月，江南道御史林拱枢奏言：『琅■〈王乔〉之役，沈葆桢暂任其事，议移巡抚驻扎台湾，俾善其后。以现在情形而论，区处台湾，非善后之谋，实创始之事』。十二月，刑部左侍郎袁葆恒亦奏言：『台湾之地，虽僻海滨，而物产丰富，各国垂涎。倘为外人盘踞，则南北洋各处，出没窥伺，防不胜防。加以民番杂处，区画尤难，非专驻大臣，镇以重兵，举其地之民风、吏治、营制、乡团，事事实力整顿，洽以德意，孚以威信，未易为功。查直隶、四川、甘肃各省，皆以总督兼办巡抚。可否改福建巡抚为台湾巡抚，常川驻守，经理全台。其福建全省事宜，专归总督办理。事任各有攸司，责成即有所属，似于台湾目前情形，不无裨益』。而巡抚丁日昌亦以分驻两地，往来不便，奏请简驻重臣，督办数年，而后建省。部议不可。
七年春，巡抚岑毓英巡视台湾。以台湾孤悬海外，幅员辽阔，筹备防务，必须南北声气相通，方易措手。查彰化县治居南北之中，应将台湾道、府二缺，权其轻重难易，移一于此，俾可居中控制。兵备道刘璈以彰化之下桥仔头庄可为都会之地，议移道缺；而以埔裹社之中路同知为台湾直隶州，与巡道北路副将均移于此。划大肚、八卦两山之地，归州管辖。移彰化县于鹿港，改为州属，而猫雾捒巡检为州吏目，南投县丞为州判，驻埔裹社。分凤山县学官一员为州学正。改台湾府为台南府，专辖台、凤、嘉、恒四县，以与台北对立。毓英以为可。将入奏，会越南事起，视师广东，台湾亦戒严，诏以直隶陆路提督刘铭传驻台治军。及平，以铭传为福建巡抚。十一年五