以铭传驻台筹办善后。六月，奏曰：『窃法兵退让澎湖，巨同前陕甘总督杨岳斌于本月十七日会奏在案。善后各事，急须次第举办，谨为我皇太后、皇上陈之：一、台澎以设防为急务也。查全台各海口，大甲以南至凤山，沙线辽阔，兵船不能拢岸，远隔四、五十里，近亦二、三十里，设防较易。而大甲以北，新竹一带海口分歧，直至宜兰，兵船可入，至远不过三、五里。基隆、沪尾虽可停泊兵船，赖有山险，如有巨炮水雷，设防尚能为力。唯新竹沿海平沙，后垄、中港皆可出入三号兵船，地势平衍，全恃兵力，颇难着手。然犹较胜于澎湖。臣派提督吴宏洛至该处察看情形，据称地无草木，一片沙石，无土可取，面面受敌，甚难为力。唯港口以南，天然船坞，最宜停泊兵船。臣到台一年，察看形势，不独为全台之门户，亦为南北洋之关键。欲守台湾，必先守澎湖；欲保南北洋，亦必须保澎湖。如能澎、厦驻泊兵船，防务严密，敌船附近无可停泊，则不能飞越深入，不顾后路，此澎、厦办防固为全台之急，且非仅台湾之急也。试就澎湖而论，若欲办防，则须不惜重费，认真举行。纵兵船一时难集，而陆兵不过三千，必须多购大炮，坚筑炮台，制办水雷，屯积粮薪。计购炮筑台需费约在四、五十万两，须一、二年内方可告竣。若敷衍将就，不若不防。既节数营之饷，亦免临事覆车之累。应请旨定夺。一、台澎军政急宜讲求操练也。查台湾军务弛废已久，湘淮各军皆强弩之末，欲杜浮冒，挽回积习，非切实讲求操练不可。近时各营多用后门枪炮，尤非勤习操练，不能施放。不识码号，则不识远近高低，枪出无准；是有利枪与无枪同。且不知折机磨擦，遇雨遇湿，上枪则损；重价购之，随意弃之，尤为可慨。是练兵非仅台湾急务，亦各省之急务。唯台湾烟瘴之地，兵丁半多烟病，将贪兵猾，宽则怠玩不振、积弊难除，严则纷纷告假，去而之他，一时颇难整顿。现同沈应奎、陈鸣志商酌裁留营数，除镇标练兵不计外，共拟留三十五营；台南合澎湖十五营，台北合宜兰十五营，中路嘉义、彰化、新竹一带拟派五营。论形势则台北为吃重，论地方则台南为辽长，则再无可减之兵矣。一、全台赋税急宜清查也。查台湾田产之美甲于天下，一岁两熟。而淡水一县每年额征钱粮耗羡银七百八十余两，正供官谷九千余石。宜兰并无钱粮。其余县分赋税亦轻。计全台所入关税、厘金并盐务每年可得银一百零数万两。将来整顿盐务，剔除各项中饱之资，每年可得一百二十万两。以台、澎三十五营，每年需饷一百二十余万两，尚有轮船经费，一切杂款，并须添设制造局，每年需饷约在一百四、五十万两。若能将各县赋税清查无遗，以台湾之入款，供台湾之所用，自可有余无绌。唯清赋一事，要在官绅得力。臣不谙吏治，昧于理财，商诸沈应奎，办理之法，议必先行清查户口，次第举行。恐须一、二年内方收实效。一、全台生番急宜招抚也。查台湾生番从前多在外山，因遭闽粤客民愈来愈众，日侵月削，遁入内山，种类繁多。近亦耕稼为生，各有统属，平居无事。而土匪、游勇每有百十成群，聚集于番民交界之处，抢劫居民，或侵占生番田庐，骗其财物。一有争端，辄起械斗。奸民被杀，则诉于官，派兵剿办；而生番被杀，冤无可诉，集众复仇。仇怨日深，两不安靖。若不及早设法招抚，使之归化，将来番地日蹙，结怨甚多，郁久必变，恐成陕甘回匪之祸。即以防务而论，防海又须防番，势难兼顾，治理为难。若得生番全服，仅防外患，不忧内侮，既节防费，且可开山伐木，以裕饷源。夫设防、练兵、清赋三者，皆可及时举办，唯抚番不易，应俟三者办成后，方能议行。其次如安设电报、修路造桥以通南北之气，清理屯垦、开矿采木以兴自然之利，亦为要务。臣智识庸愚，难胜艰巨。御敌既无方略，办事又乏才能。每念时局之艰难，不能图报于万一，彷徨中夜，深自仄心。唯有竭其愚忱，努力尽职，勿敢稽延，以开废弛之渐。管见所及，恭折敬陈』。
既又奏请专驻台湾，略曰：『台湾为七省门户，各国无不垂涎。每有衅端，咸思吞噬。前车可鉴，来轸方遒。所有设防、练兵、清赋、抚番数大端，均须次第整顿。臣曾平居私念，以台地孤悬海外，土沃产饶，宜使台地之财，足供台地之用，而后可以处常，可以处变。此次莅台经年，访求利弊，深见实有可为，甚惜从前因循之误。固知补救未晚，而时会迫切，势不能下并日经营。况臣才质庸愚，恐难胜任。重以闽疆公事繁多，而又远涉重洋，顾此失彼。与其贻误于后，曷若陈情于前。再四思维，唯有乘此未接抚篆之时，准开福建巡抚本缺，俾得专办台湾事务，庶几勉效寸长，或可无致陨越』。诏以杨昌浚兼署福建巡抚，而铭传遂得专驻矣。
先是同治十三年，钦差大臣沈葆桢奏请台湾建省，廷议不从。至是宗棠复言。九月，诏设台湾省，以福建巡抚为台湾巡抚，兼理学政。廷议以台湾新刱，百事侍举，非有文武兼备之臣，不足以资治理。诏以铭传为巡抚。十二年夏四月就任。乃偕福建总督杨昌浚奏议改设行省事宜，当以理财为要；语在度支志。前贵州布政使沈应奎以罪褫职，永不叙用，铭传谂其才，