兴明伯，训练士卒。以兵都事李德至日本，铸钱及军器；户都事杨贤贩运南洋，以充军实。遣人说精忠，借漳、泉为召募。精忠不从。于是郑、耿交恶。既令锡范取同安，守将张举尧降，授荡西伯、左先锋。精忠惧，以都尉王进守泉州。六月，进幼子藩锡诱杀泉州城守赖玉，兵民多从之，遂逐进，纳款。经入泉州，授藩锡指挥使，以军事委锡范、绳武。七月，清军围潮州，精忠不能救，进忠纳款，遣援剿左镇金汉臣率兵援之，败清军于黄冈，潮围解，进忠降，授定西伯、前提督。九月，精忠以刘炎为犄角，命王进取泉州。十月，国轩及右虎卫许耀败进于涂岭，追至兴化而还。三桂使礼曹周文骥如经，平郑、耿也。十一月，伐漳浦，刘炎降。得胜回澄。
二十九年春正月朔，经率文武官民贺帝于泉州承天寺。精忠遣张文韬议和，以枫亭为界，始通好也。二月，何佑伐饶平，获沈瑞以归，授怀安侯。以叛将洪承畴之祠改祀石斋、蔡江门，窜承畴及杨明琅眷属百余口于鸡笼城。明琅、癸未翰林也；数其罪，嗣死于窜所。五月，国轩入潮，与何佑、刘进忠兵数千人，徇属邑之未下者。平南王尚可喜兵十余万，尽锐来攻。相持久，郑军食尽，议退于潮。可喜麾骑，晨掩佑军，战于鲎母山下。佑力击之，国轩继进，大败尚军。六月，经率诸将围漳州。方经之至也，授黄芳度德化公，芳度阳为受命，阴通于清。事泄，郑军环城。兄芳泰突围入粤乞援。城围凡六月。芳世自粤提师，且至。十月初六旦，城将吴淑及弟潜开门延经。芳度登北门之山，趣诸军巷战。不利，投开元寺东井以死。经入漳州，授淑平西将军、后提督，潜戎旗二镇。收芳度戚族，窜于淡水，而膊其尸。刜黄梧之椑，报宿忿也。君子谓郑经于是乎肖子。
三十年春正月朔，经率文武官民贺帝于漳州开元寺。二月，三桂兵至肇庆、韶州。碣石总兵苗之秀、东莞守将张国勋谒国轩降。尚之信降于三桂。三桂檄让惠州于经，国轩入守之。五月，耿将刘应麟驻汀州，徇下江西瑞金、石城二县，密款于经，授奉明伯、前提督，吴淑入守之。七月，经调王进忠于潮，不至。九月，清师入闽，擒精忠，其守将马成龙以兴化款于经，授殄西伯、援剿左镇，许耀入守之。十月，耀与清军战于乌龙江，狃于涂岭之役，不设备，故败，经调赵得胜、何佑代之。十一月，耿将杨德以邵武来款，授后劲镇，吴淑入守之。十二月，淑与清军对垒于邵武城下，霜严指直，士皴瘃不能军，淑败还厦门，应麟奔死潮州。
三十一年春正月，赵得胜、何佑拒清军于兴化城下。清军纵反间，得胜力战死、佑亦败，兴化遂陷。二月，泉、漳俱溃，经归思明，大赏逃亡诸将，分汛水陆。以左虎卫林升守东石留南，水师一镇萧武守兴化，水师四镇陈升、五镇蔡冲琱、七镇石玉、八镇陈胜分守蚶江、祥芝、崇武、獭窟，以固晋南惠沿海；水师二镇江元勋、三镇林瑞骥协守海澄、芝阴，凡福清、长乐滨海之地归之；总制亲随协王一鸣守横屿，楼船中镇萧琛守定海，危宿镇陈起万守福宁，总制后协林日慧、前协吴兆纲分守福安、宁德，援剿后镇陈起明守同安港口；后提督吴淑驻大石湖，兼辖同安；扬威前镇陈昌守谢村，左镇陈福守澄海，戎旗一镇林应守井尾、连江、漳浦，左冲镇马兴隆守铜山，昭义镇杨德守五都，奇兵镇黄应守诏安，英兵镇李隆守南澳，房宿镇杨兴守浅山。以楼船左镇朱天贵、右镇刘天福合率舟师，以守宁波、温州、台州、舟山等。宣毅左镇邱辉仍驻达濠，以遏潮惠来之路为策应。清康亲王以漳、泉既平，而郑师尚驻两岛，遣佥事朱麟臧来讲，且寓书曰：『尝闻「顺天者存，逆天者亡」。又曰：「识时务者在乎俊杰」。我国家定鼎，风声所被，四海宾服；此固气数之所在，而亿兆所归心也。顷因吴、耿煽乱，贵将军乘间窃据。独不思海隅尺土，岂能与天下抗衡？而执迷绝岛，自非识时之君子。倘转祸为福，归顺本朝，共享茅士之封，永奠河山之固，传之子孙，岂不食报无疆哉』？经礼之，议照朝鲜之例。并复书曰：『夫万古纲常之伦，而春秋严华夷之辨，此固忠臣义士所朝夕凛遵而不敢顷刻忘也。我家世受国恩，每思克复旧业，以报高深，故枕戈待旦，以至今日。幸遇诸藩举义，诚欲向中原而共逐鹿。倘天意厌乱，人心思汉，则此一旅，亦可挽回。何必裂冠毁冕，然后为识时之俊杰也哉』？不从。四月，移诸降将入台。刘炎奔清，磔于燕市。六月，刘进忠降于三桂，寻归清，被杀。国轩亦弃惠州而归。凡十府一时俱失。经不知所为，军事尽委国轩。国轩实有将才。七月，康亲王复命兴化知府卞永誉、泉州知府张仲举各加卿衔，以泉绅黄志美、吴公鸿佐之、再申前议，请撤回各岛。经集诸将议，冯锡范请索四府为互市。二使归，宁海将军喇哈达又以书来，略曰：『年来使车往还，议抚议贡，几于舌敝唇焦矣。而至今迄无定论者，良由贵君臣挟一尽节为明之见，以为汲汲议抚，我朝廷自图便利尔。夫议抚者，为全尔君臣之名节也，为培我国家万年之根本也。愿执事大破拘攀，俾得竭殚愚衷，一听贵君臣之自择可乎？昔箕子殷之忠臣也，殷祚既灭，就封朝鲜，以存殷祀。田横齐之义士也