其搭客自安平至厦门，或自基隆、沪尾、艋舺至福州每人三圆，自安平至福州及由台北至厦门者五圆，又自台南至台北者亦三圆。货物之儎，则照招商局所定，酌减二成。一时颇杀外船之利。其后又增伏波、万年清两船，以速邮递，而载煤至上海者亦较多。法人之役，沿海被封，出入杜绝，唯帆船时得偷渡，然每遭击沉，往来殊险。十一年，巡抚刘铬传以飞捷、威利、万年清航行台湾及中国各港。十二年，设招商局于新嘉坡。又以三十二万两购驾时、斯美两船，往来上海、香港，远至新嘉坡、西贡、吕宋。而外船之载糖、茶者多至日本、美国。太古轮船亦时一往来。于是航业渐盛。先是光绪二年，帆船之至淡水者百十一艘，而轮船仅四十四艘。至十六年，则帆船减为八艘，而轮船增至百二十六艘，计有十七万七千五百余吨。盖自铭传治台以后，物产大兴，商务日盛，而航运亦受其利。
初，铭传既筑铁路，筹疏基隆港，以连陆运。十三年，以林维源为总办，测量港道。拟自牛稠港至蚵壳港，括鲎屿于中，填平海岸，以建车站。又自小基隆至鲎屿，新筑市廛，建埠头，以接车站。其中按造铁桥，长十有二丈，为车马往来之道。惜功尚未竟，而解任去矣。
旗后为台南商埠，港道稍隘。历任税务司迭请开凿，巡抚丁日昌亦奏请开浚。兵备道夏献纶禀请遵办，而日昌以开浚之时，虑有三难：港底有石，一也；形势有碍，二也；经费太巨，三也。献纶复曰：『开港与挖煤不同，祗将浮沙挖去，并无石隔；一免虑也。地方形势，既建炮台，可以防守；二免虑也。经费一途，可由台饷提用，似可裕如；三免虑也。且通商以来，中外遭风船只，时有所闻，如不开浚，设有洋船遭风之事，藉此要求，反落后着』。故献纶以为开之便。未行而献纶卒，张梦元接任，仍不欲办，遂以筹款未定，照会税务司。并禀总理衙门，以前开浚占价五万三千余圆，续估二十万四千余圆，为数太巨，拟照吴淞之例暂止。九年，安平英领事霍必澜以港道日塞，易致胶舟，递年险恶。现有浚港之船，为价不上五千圆，愿自发价疏浚，或由中国自办。不从。及铭传任巡抚，十六年夏五月，命英人马礼逊查勘，将大兴工事，以张贸易，未行而铭传去矣。
安平至府之运河，例由三郊自浚。数十年来，日形淤塞。而安平港口又以沙汕之阻，自夏徂秋，波涛澎湃，轮船不能入口，多泊于四草湖外。一遭大风，驶避旗后，远或系碇澎湖，货物起落，以是困难。商务之兴，为之顿挫。
夫台湾处大海之中，又有澎湖隔之，黑潮所经，其流甚急。澎之四围多礁石，舟触辄破。故自通商以来，轮船遭者凡数十次。虽有巡洋哨船以为救护，而事起仓卒，虑有未周。光绪二年夏六月，福建巡抚札饬各厅县，选举沿海地甲头目，分择地段，责成保护中外船只在洋遭风之事。并颁行图册章程告示，委员前往各海口确查，由各厅县给发号旗，以为凭准，俾其督率乡民，实力救护。十年秋八月，英船某自旗后遭风，漂至草湖。时适法人犯台，沿海戒严，庄人见之，以为敌船也者，持械御之，跃登船上，刃伤船长，并夺货物。鹿港同知邹鸿渐趣往弹压，北路营游击郭发祥、署彰化知县蔡祥麟亦至，救其船人，追还所失。兵备道陈鸣志乃与领事霍必澜商议赔款，而船主不从。旋委凤山知县李嘉棠再与领事交涉，往返数次，以七兑银七千圆赔之，事始息。十一年夏六月，琉球渔人陈文达等十二人遭风至基隆，庄人救之，给以路费，并修船费六圆，送之归。十二月，复有日本驳船漂至后山高士佛，恒春知县派人救之，资遣回国。十四年十一月，英船威定在洋遭难，澎湖右营都司李培林率兵救起五十余人。十八年八月，澎湖大风，海水群飞，英船卜尔克自上海航行香港，触礁没，溺毙洋人一百三十余名，澎湖官民赴救，得二十三名，载至府治，知府唐赞衮礼之，水师总兵玉芝生馈金三百，英人大喜，救护之人各有赏给。
初，纽西兰海上保险公司来台开办保险事务，委瑞兴洋行理之，已而华洋保险公司亦分设南北，商务日兴，而航运往来亦日盛。
邮电
置邮传命，其来久矣。明制十里设一铺，每铺设铺长一名；铺兵要路十名，僻路四、五名，即于附近有丁力田粮五斗以上、二石以下点充，必须少壮正身。每铺设十二时晷一个，以验时刻。铺首置牌门一座，牌额一方，簿历二本。铺兵各备夹板一副，铃榉一副，缨鎗一把，棍一根，同历一本。凡递送公文，照古法，以一昼夜合为一百刻。每三刻行一铺，昼夜须行三百里。公文一到，不问多少，随时递送，无分昼夜。鸣铃疾走，以交前铺。即于同历附写到铺时刻，以凭稽考。郑氏因之，南北各设铺兵；故台人谓十里为一铺。清代沿用明制。乾隆二十一年，乃裁驿丞。而台湾以远隔重洋，向未设立，仅置铺兵，以事递送。军务之时，兼用塘兵。顾此为公家之用，民间私信必觅长足以寄。市镇繁盛之区，或设信局，以代传命。信资之数，按道为差，而每多阻滞，或致遗失，不能朝发夕至也。
同治十三年牡丹之役，钦差大臣沈葆桢治