。崇祯元年，乃率所部降于督师熊文灿。三年，以平粤盗、征生黎、焚荷兰、收刘香功，迁都督。于是成功在日本已七岁矣。芝龙屡使人请之，不能得，已而归焉。成功丰仪整秀，倜傥有大志，每东向而望其母。常为季父芝豹所屈。叔父鸿逵独伟视焉。读书颖敏，而不治章句。先辈王观光一见，谓芝龙曰：『是儿英物，非尔所及也』。年十五，补博士弟子员，试高等，食饩二十人中。闻虞山钱谦益之名，执贽求学。谦益字之曰大木。金陵有术士视之曰：『此奇男子，骨相非凡，命世雄才，非科甲者』。
北京既陷，福王立江左，改元弘光，封芝宠南安伯，鸿逵靖西伯。二年，唐王即位福京，改元隆武，晋芝龙平西侯，鸿达定西侯，俱加太师。已而成功陛见，帝奇之，抚其背曰：『惜无一女配卿。卿当尽忠吾家，毋相忘也』。因赐姓朱，改名成功，字明俨，对御营中军都督，赐尚方剑，仪同驸马。自是中外皆称「国姓」云。是年日本送归其母。芝龙以拥立非本意，日与文臣忤。一日，成功见帝愁坐，跪奏曰：『陛下郁郁不乐，得无以臣父有异志耶？臣受国厚恩，义不反顾。臣以死捍陛下矣』！及两浙破，关门不戒，芝龙出师，驻不发。三年六月，封成功忠孝伯。八月，帝亲征，驻建宁。武毅伯施福撤关兵归，驾陷汀州，成功南溃。清军猝入泉州，田川氏死焉。芝龙退保安平，军容甚盛，犹预未敢迎师。清贝勒博洛遣人招之，大喜，召成功计事。成功泣谏，不从。遂进降表。至福州，博洛挟以俱北。成功虽遇主列爵，实未尝一日与兵权，意气状貌，犹儒书也。既力谏不听，又痛母死非命，悲歌慷慨，谋起师。携所著儒巾襕衫赴文庙焚之，四拜先师曰，『昔为孺子，今作孤臣。向背弃留，各有作用。谨谢儒服，唯先师鉴之』！高揖而出，禡旗糺旅，声泪并俱。与所善陈辉、张进、施琅、陈霸、施显、洪旭等愿从者九十余人，乘二巨舰，断缆行，收兵南澳，得数千人，文移称「忠孝伯招讨大将军罪臣国姓」，时年二十有三也。
翌年，遥闻永明王即位肇庆，改元永历，则奉朔提师，归自南澳，旧众稍集。时厦门、金门为郑彩及弟联所踞，乃泊鼓浪屿，与厦门隔带衣。厦门者、中左所也，金门者、浯州也，隶同安，为两岛。七月，会郑彩兄弟伐海澄，不克而还。八月，与鸿逵合攻泉州，败清提督赵国佐于桃花山，追至城下。清军来援，成功回岛，鸿逵舣舟泉港，所在起应。
二年春，帝在桂林。三月，成功伐同安，克之，以叶翼云为知县。进攻泉州。七月，佟国器、陈锦、李率泰率清军至；鸿逵入潮，成功回岛。使如日本请兵，不报。已而清军攻同安，守将邱缙、林壮猷及翼云悉死。十月，帝遣使至岛，封成功威远侯。
三年春，帝在肇庆。成功募兵铜山。三月，以施琅、杨才、黄廷、柯宸枢、康明、张英伐漳浦，守将王起凤降。寻下云霄，抵诏安，屯分水关。清军力攻，宸枢死焉。七月，封成功为延平公，随使贡方物，率师入潮，至碣石卫。是年全粤俱奉正朔。
四年春，伐潮阳，未能下。时两岛为彩、联所踞，其将章云飞恣肆不道。成功密语诸将曰：『两岛吾家，卧榻之侧，岂容他人鼾睡』？乃严部勒，中秋抵厦门，遂并联军，可四万余人，威棱日振。已而杀之。彩率所部之南中渔猎，数年复之，卒于家。十一月，帝在南宁。十二月，清军徇广州，镇帅杜永和奔琼州，成功谋往接之。
五年春正月，率师而南。二月，舟次平海卫。鸿逵弃揭阳回岛。闽抚张学圣按泉，以马得功袭厦门。鸿达未至，郑芝莞无设备，未战而溃。大学士曾会樱死之。鸿逵至，攻得功。得功不得退，使谓鸿逵曰：『公等家属皆在安平，脱得功不出，恐不利公家』。鸿逵患之，且不虞成功之骤至也，逸之。四月，成功至自平海，得功去两日矣。以失律罪杀芝莞。芝莞，成功从叔也。诸将悚惧，兵威复振，凡六万余人。鸿逵泊白沙，筑寨以居。左先锋施琅得罪逃于清。是时帝在安隆所。五月，伐南溪。十一月，败清提督杨名高于小营岭。十二月，伐漳浦，守将杨世德、陈尧策降。
六年春正月，帝在安隆所。成功攻海澄，守将郝文兴降，遂取长泰。中提督甘辉遇清将王进于北溪，鏖战竟日。进败，围之。总督陈锦来援，复败之，锦走泉州。遂破长泰，诸邑俱下。五月，清金衢总兵马逢知来援，突入漳城。成功围之，弗下。防镇门山以水灌之，堤壤不浸。城中食尽，枕藉死者七十余万人。七月，陈锦军于凤山尾，其奴库成栋刺之，以首来献。成功叹曰：『仆隶之人，而背戕其主，是天下无刑也』。赏其功而终杀之。十月，清帅金固山援至，乃解围，收兵保海澄。
七年春，帝在安隆所。五月，金固山来攻，城坏百余丈。成功亲立雉堞，左右死者层积，指挥自若，益治军。既而矢炮雨下，成功大呼曰：『天尚赞吾，无落吾军』。须臾下息，炮碎其座。忽一夜，空炮遽发，成功诈谓诸将曰：『是将临城矣』！勒兵持斧以待。曰：『敌至方砍』。清军落濠入郛，众御之。固山宵遁，澄守益坚。当是时，沿海骚俶，饟馈不赡。以黄恺为饷