「据镇、道等禀报情节」一折，是此事初发时，该镇、道尚意在弥缝，则平日之姑息养奸，不问可知；而通核种种缘由，措置尤为失当。如原报十月初二日一闻黄教纠众竖旗，即统率官兵剿捕；今折内称初三日在城盘获贼犯刘恭等二名，又续获洪答等二十余名。镇、府既领兵前往，则城内获犯者何人？城内既获如许贼犯，可见匪徒结聚已久，不止冈山一处。且称黄教等竖旗聚众，原想抢夺村庄，并无谋为不轨之意；此语更为大谬！试问贼众抢夺村庄，非不轨而何？即此足见伊等欲化大为小、化有为无矣。又前折内称王巍于初三日带兵前赴冈山，知府邹应元随往协办，该道张珽留郡弹压防护；是镇、道并不在一处。今折内何以称连据镇、道具禀！伊等既行守相隔，何以会合禀报？或王巍往冈山后，旋即回至台湾，并未亲身督剿耶？再折内有「第八名正犯方髓、第九名正犯韩笔」之语；贼匪并未有散札、传帖等事，何由知其次序？殊不可解！此语得之何人？又称「贼首虽未就擒，而贼众惊惶；他处贼匪，难以会合」。此语益为荒诞！昨据鄂宁等奏，贼匪蔓延北路，有焚烧、拒捕之事；可见其并未解散。今惊惶瓦解之语，得自何来？前后矛盾殊甚！至称挑选年力精壮、熟识山径之人改装进山，探听贼踪等语；更非情理所有。带兵原为剿贼，况兵丁皆台湾土著，何至不识路径，另待挑人！若云窜入生番，兵即不能追捕；尤觉可怪！台地与生番壤接，平时尚当慑以声威；至贼匪窜入其境，何难一面谕令擒献、一面统兵直入，晓以「剿缉内地逸匪，并不滋扰番地」，方为正理。乃因番境相隔，即生退阻；设使生番稍有不靖，竟将置之不办乎？又王巍初二日差人赍奏雨水情形一折，今日亦已递到。计其拜折日期，即系黄教事发之时；该镇何难具折由驿速奏，可以早为指示！且总兵等准其奏事，原为地方要务起见；而紧要事件，并许驿函飞递。今贼匪滋事之案，地方公务孰有要于此者？并非前此吴士胜驰折谢恩可比。王巍又何拘泥若此，竟不飞章渡海告之抚臣速赴邮传耶？看来该镇、道专欲消弭隐讳，故从未奏闻；而节次禀揭，措词亦多粉饰。殊不知盗贼窃发，原不能保其必无，如漳浦县逆犯卢茂等一案，文武各官上紧办理妥贴，朕即加恩奖叙其出力员弁，并予升赏；王巍等岂无见闻！若黄教之事一有端倪，即迅速掩捕，何至贼众逸出生事！乃不此之务，妄思以诡词塞责，其取戾更甚；又何如先事之据实直陈耶！王巍等俟此案办结后，再降谕旨。吴必达现已领兵赴台，一切剿贼、缉犯，自能合宜。所有已获各犯，并着交吴必达会同余文仪迅速严审，仍遵前旨即行在彼正法；如镇、道及在事员弁有乖方贻误应行究讯者，即一面令其解任、一面奏闻，亦无不可。仍即将日来查办情形，星速具奏。并将此传谕崔应阶、鄂宁等知之』。
二十六日（庚戌），谕军机大臣等：『据鄂宁等奏到「现在办理逆匪黄教情形并吴必达带领官兵船只前往剿捕」一折，所办甚好。奸徒纠众拒捕不法，实为罪大恶极；应即严行搜捕，务净根株，以彰显戮。至该镇王巍本系驻札台湾之员，自匪徒窃发以来，虽即督兵往剿，但首伙各犯尚多未获，且自初八日具报以后，相隔两旬未据将曾否获犯续报抚、提诸臣。该镇前后作何筹办？是否妥协？吴必达到彼，自可得其实在情形；着即悉心查奏。其匪案起事缘由，应即确切根究，悉力擒拏，毋使一名漏网；获犯之日，即于台地正法宣示，俾众人共知儆惕。又前据鄂宁等奏报：台湾道张珽留驻郡城、知府邹应元赶往参酌办理；其事殊不可解！道员官阶在知府之上，且兼辖兵备；办贼乃其专责，自应随营调度。知府身任地方，留郡弹压，应为合宜。何以行守倒置若此！着传谕鄂宁，即行查明据实具奏。将此一并谕吴必达知之』。
二十九日（癸丑），谕：『前据崔应阶、鄂宁等节次奏报「台湾匪犯黄教纠众不法」一案，朕核其情节，即料及必系王巍在彼办理不善与该道、府因循贻误所致，业已谕令吴必达查办。今阅王巍奏折，则该镇于九月初一日抵台湾地方，已知有积匪黄教纠伙滋扰之事；自应即行督兵亲往上紧查拏，务期尽获奸匪，以靖海疆。乃仅委守备一员、把总一员会同文员入山搜缉，致奸徒无所畏忌，酿成事端。至十月初二日，闻贼匪在山顶竖旗，纠集百有余人，始带兵往剿；而所获各犯，又属寥寥。计其时距该镇初闻此事，已及一月；是王巍等玩视贼情、稽延误事，果不出朕所料。此次折内尚称该处山岭重迭，路径崎岖；是其怯懦观望情形，更觉自难掩覆。看来此番贼匪蔓延，总由该镇及道、府等始而意在弥缝，希图了事；继复由王巍心存畏意，不能奋往督剿，以致贼益鸱张。王巍实罪无可逭；着传谕吴必达就近查明，据实严参。并将此谕崔应阶、鄂宁知之』。
——以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷八百二十三。
十二月乙卯朔，谕：『贼匪黄教纠众不法一案，该镇王巍于九月初一日抵台湾，即据地方官报知其事；自应刻即亲往剿捕，尽获匪党，以净根株。乃仅派守备、把总入山搜拏，迁延一月，致贼匪得以肆行无忌；直至十月初二日，闻匪众竖旗之事，始