晓然知官兵自有纪律，深以前事为戒，方为妥善。至福康安前奏：「令义民等尽将兵器缴销，改铸农器；嗣后不得私造私藏」。如此不动声色，自遏乱萌，深合机宜。但恐福康安内渡之后，该处地方官日久废弛，又蹈从前因循积习；并着福康安严谕地方文武遵照妥办，并令此后往台湾巡查之大臣一年申奏一次，实力奉行，久而弗懈』。
二十五日（丁巳），谕：『据博清额奏：「由台湾撤回兵丁，行至澎湖，陡遇暴风；正红旗汉军官兵所坐船只损坏，遗失军器数件。请将骁骑校黄铎、陈奇翰交部严加议处，并自请察议」等语。前此广州驻防兵丁于台湾成功回程渡海，陡遇暴风，损坏船只，前后未能相顾，仅失军器，官兵不致伤损，仰赖上苍恩佑，官兵不但无罪，尚堪怜悯；据孙士毅奏到，朕俱加恩赏给银两。今博清额复有此奏，殊属非是！博清额若故为此奏候朕降旨，则其心存取巧；如以遗失军器，拘泥成例奏请，亦甚不晓事体。着严行申饬外，博清额及骁骑校黄铎、陈奇翰俱着毋庸议处，所失军器免其追赔』。
二十七日（己未），谕军机大臣等：『向来福建省械斗之案不一而足，该督、抚等并不认真查办，先存化大为小之见，颟顸完结。甚至案内伙党私自议出一人抵罪，其实在正凶转致漏网，地方官不敢过问；且一案化作数案，冀图将就了事：以致奸民无所儆畏，肆行不逞、酿成巨案，总由械斗积渐所致。此种风气，漳、泉居多，而台湾尤甚。现经大加惩创之后，不可不实力整顿。着李侍尧务须乘此兵威震慑之时，严行查办，净绝根株。如遇有械斗之事，必当严切根究，尽法惩治；其地方官如有讳饰掩匿者，即严参治罪：务使相沿恶习尽行革除、奸徒敛迹，以戢奸宄而安善良，海疆永期绥靖。倘此后尚有械斗之案，并不实力严办、仍前化大为小，别经发觉，惟该督是问，恐不能当其咎也。将此传谕知之』。
二十八日（庚申），刑部议覆：『闽浙总督李侍尧称：「查办台湾逆匪家属，请将赖应之父赖笺、庄大田大功堂兄庄树照大逆缘坐律，拟斩立决；庄树妻林氏、赖笺妻林氏与年未及岁之赖际会，发功臣家为奴」，均应如所拟办理』。得旨：『固属照例办理。但此案林爽文纠众不法，实为罪魁恶首；前次林爽文之父林劝一犯拏获奏到时，朕以罪人不拏，本不欲因其子之恶而戮及其父。嗣该犯解到后，经大学士九卿等审讯，以林劝曾与林爽文商画计策并派人守卡、抗拒官兵，实为助逆不法，且系凶逆首犯之父，奏请按例缘坐，即行正法；是以照拟办理。今赖笔系赖应之父，伊子赖应祗受林爽文伪封，不过从犯；庄树系庄大田大功堂兄，亦非例应缘坐嫡属。若俱照缘坐之律拟立斩，究属有所不忍。赖笺、庄树俱着改为应斩监候，交刑部牢固监禁，以示法外施仁之意。余依议』。
二十九日（辛酉），军机大臣等议奏：『革职总督富勒浑、雅德，于已革总兵柴大纪骫法营私、已故知府孙景燧侵贪酿变毫无见闻，且于地方立会盗劫重案不能及早查拏，致酿巨案；均应拟绞监候，秋后处决』。从之。
是月，钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务公福康安、福建巡抚徐嗣曾奏：『台湾向无马兵，拟于巴图鲁侍卫及各官缴回马匹内酌留一百匹，交镇臣发给马干，试养一年。俟督、抚巡查之便，查验具奏：在戍兵内抽拨，改设镇标马兵一百名、北路协标马兵一百名。所需马匹由内地各营抽调，换班时留交接戍兵丁』。下部知之。又奏：『台郡塘汛墩台，修葺本未齐全；旋值逆匪滋事，焚毁殆尽。现将戍兵挑齐分拨各营，暂令支架账房、搭盖草寮；即行借款，按照兵数一律兴修，仍着落乾隆三十八年以后历任镇、道、府、厅、县分别久暂，追赔归款。报闻』。
--以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千三百三。
五月初二日（癸亥），谕：『此次调赴台湾剿贼各官兵，内四川、湖南、贵州等省俱经历数省远涉重洋，曾降旨每名赏给银二两。其广东兵丁，因其本系海疆、文属邻省，是以未经赏给。兹询据派往带兵事竣回京之大臣侍卫章京，佥称：「广东兵丁打仗杀贼，较广西、福建最为奋勉」。自当一体奖赏，用昭鼓励。所有此次广东派赴台湾之官兵，着该督、抚查明，除漂泊各兵已经得赏外，其余出征兵丁每名各给银二两，以示朕奖励戎行、有加无已之至意』。
钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务公福康安、工部侍郎德成、福建巡抚徐嗣曾奏：『台湾改建城垣，用砖既难拉运、用石尤易矬蛰；请筑土城，高一丈八尺为率。除南、北、东三面照依旧基外，惟西面一带滨海，应收进一百五十余丈。共添建城楼八座、西门券台一座、卡房十六座、兵房八座。至凤山县城，逼近龟山之麓，地势低洼；请移于十五里埤头街地方，仍用莿竹围插。其旧城基址与彰化县西八卦山均应添设石卡一座，驻兵防守』。得旨：『诸凡皆妥；知道了』。
初三日（甲子），四川总督李世杰奏：『川省屯练土外委四十名，蒙恩各赏银二两。查有新设十名，亦同派赴台湾，请一体赏给』。从之。