湾府城现有常青在彼，看来虽未能进取，而自守尚属有余；即使府城守御难支，或竟有疏虞之事，亦不难再为收复。福康安不必因身当重寄，不能为郡城保全，即为有负任使，心怀疑虑，以致顾此瞻彼。所带巴图鲁侍卫章京等皆系久经行阵，于行军机宜皆能熟悉；统兵进剿时，其旁路、后路或有贼匪潜出滋扰，伊等自能随时察看、豫行防范，不致堕贼狡计』。
十七日（辛亥），谕〔军机大臣等〕：『台湾剿捕贼匪尚未能克期竣事，此辈狡狯性成，断不肯束手待毙，或思由海道抢船避窜。笨港、盐水港、鹿仔草一带俱曾被贼匪焚抢，此等处所均系通海口岸，将来贼匪避窜时，其大里杙巢穴留存家属甚多，自必思抢船只，同载逃逸。福康安等务须豫行留心，如沿海口岸一经将贼杀散，即拣派水陆弁兵严行看守，并留一、二大员往来稽查，勿被贼人抢占；若有商贩船只，亦当全行调开，勿令近岸。其运载军需、兵米等项船只，于到后即令原船仍回内地，使贼人无船可夺，绝其逃窜入海之路，方为妥善』。
十九日（癸丑），谕军机大臣等：『台湾地方奸民纠众械斗，皆由该处多系漳、泉二郡及广东民人在彼居住，里居田土互相错处，往往纷争构衅，地方官并不实力查办，将就完案，以致奸民无所儆畏。此次林爽文等倡乱不法、劫县戕官，亦即因纠众倡会而起；今福康安统领大兵鼓勇进剿，自可克期蒇事。因思广东、漳、泉三处民人互相构衅，若能令其彼此分处，各不相涉，自属甚善。但伊等居处多年、各有田产，安土重迁，一时概令离析，势有所难；将来贼匪荡平后，福康安应酌量情形，设法妥办。如实在随同官兵打仗杀贼者，既经奋勇出力，岂可转令迁徙，失其世业；若贼匪庄业例应入官，当召募别处良善之民居处。至各近处村庄民人虽无从逆实迹，而与贼匪同住一庄、心持两端者究不可信，或趁此兵威，将该处村庄民人酌为迁徙；其籍贯分隶广东、漳、泉者令其各为一庄，俾相离较远，以杜争端。至台湾南北各处村庄多被贼焚毁，民人俱遭戕害，并贼人头目及被贼胁从之众所遗田土房产，既未便仍拨给漳、泉之民，令其徒享利益，且恐游手无籍之徒从而聚处又致滋事；自应将其田产查明入官，另行分拨。因念该处熟番向化日久，此次逆匪滋事，熟番并无从贼者，且淡水等处现在招集乡勇甚多；莫若将此项入官田产，如四川屯练之例，即给与熟番耕种，按则升科，令其安居管业，自为守护；既可以示绥戢、又可招抚生番，岂不一举两得。再，诸罗、彰化等处地方辽阔，亦须酌量添设兵丁，以资防御。该处止设知县一员，恐职分较小，不能弹压；或应酌添丞倅、将弁在该处驻札，更为有益。着福康安等归入善后事宜酌办，不必过于拘泥。将来应行筹办之事甚多，若令李侍尧渡洋前往办理，恐内地乏人；而常青于此等要务未经谙练，恐亦不能筹办裕如。福康安既远涉重洋，于该处整顿地方、戢暴安良一切善后之事，正应乘此大兵得胜之后，妥为区画，不必急于回京。至海兰察及巴图鲁侍卫章京等，事竣后，自应令其先回；不妨酌留数人以资臂指。其闽、浙驻防满兵，亦应令其各回本处；惟屯练、黔兵既经远调到彼，将来办理善后事宜或有应须兵力镇抚之处，亦不妨暂留该处，于诸事办完后应撤回时再行撤回也』。
二十一日（乙卯），谕军机大臣曰：『孙永清等奏称：「据左江道汤雄业等查获革弁郭崇德、李洪魁二人俱情愿赴台湾效力；讯据供词闪烁，皆非安分守法之徒，且正当军行络绎之际，未便任其潜随混杂，致生事端。现将该弁等委员押回贵州原籍」等语。台湾现在大兵云集，带兵将领甚多，岂需此一、二革弁到彼效力！况郭崇德业经两次参革，其平日不能约束行伍已可概见；李洪魁所称病休得赏，亦不足信。该弁等即使欲赴军营效力，亦应在本省具呈；乃竟暗随官兵行走，自系欲藉此冒混邀功、希图复用，情弊显然。着传谕李庆棻于该弁等解回原籍后，严行讯究。如果有别项影射滋事情弊，即当据实参奏；若讯无别项情节，即将该弁等交地方官严加管束，毋令再行出外滋事。将此并谕孙永清知之』。
又谕：『现在川、黔、广西等省兵丁，即日陆续前抵鹿仔港。伊等远涉数省，行走奋勉安静，自应酌加奖赏，以示鼓励。至新旧派调各兵，有打仗出力者、亦有怯懦不前者；福康安于进剿时，应将各该省中奋勇骁健之兵，临时酌加赏赉，庶出力者倍加感奋而怯懦者亦知所激励，争先效用，于剿捕机宜方收指臂之效』。
二十三日（丁巳），谕：『据李侍尧奏：「接同知吴元琪禀称：九月初一日，柴大纪有信至府城，称蔡攀龙等援兵惟蔡攀龙、孙全谋带兵七、八百名及运送粮饷之义民三千名到诸罗，其贵林、杨起麟、杭富俱在正音庄阵亡」等语。贵林等前经常青派赴诸罗援应，奋勇打仗，甚为出力；以是降旨将贵林补授总兵、杨起麟补授参将，并俱赏戴花翎。今贵林、杨起麟同都司杭富因剿捕贼匪，临阵捐躯，殊属可悯！贵林着照总兵例议恤；杨起麟前在盐水港一带堵御防守，尤为出力，着加一等照副将之例议恤；其都司杭富，亦着照例议恤，以示悯恤』