六门，较大甲溪更为着要。臣已飞咨常青、柴大纪订期会攻。再，彰化南北两处生番，现访知熟悉番性之人，令其前往开导，谕以擒贼立功，众番社无不踊跃乐从』。谕军机大臣等：『诸罗被贼围困，望救甚切，经柴大纪两次请兵往援，该参赞自应带领官兵，星速前往策应；乃转称现在咨会柴大纪进攻，该处此时正在被围望救，焉有余力与蓝元枚会合，夹攻斗六门之理！看来蓝元枚明知诸罗被围紧急，拥兵不救，徒以大甲溪、斗六门等处辗转推托，以掩饰其株守坐视之罪；岂能惑朕！蓝元枚之祖父蓝廷珍以一总兵带兵前渡台湾剿除贼匪，七日之内克期奏绩；朕轸念前劳，是以将蓝元枚屡加拔擢，用至提督。又以伊系本省人，必能深悉贼情，畀以剿贼之任，授为参赞，并赏戴双眼花翎。蓝元枚自应倍加奋勉，效法伊祖，克继家声，方为无负委任。今自到鹿仔港后，迟回观望，一筹莫展；即所称晓谕生番令其擒贼献功等事，皆不过藉词支饰，以为占脚地步。蓝元枚受朕深恩，何得恇怯委靡若此！若再仍前观望、按兵不动，则蓝元枚即为任承恩之续，况尤非若任承恩尚可推兵少也。着先严行申饬』。
初六日（庚午），福建水师提督参赞蓝元枚奏：『臣于七月后患病，虽屡次力疾剿贼，而精神渐不能支；将一切官兵移交普吉保管束，并飞咨常青速派大员前来经理』。谕军机大臣等：『鹿仔港一路现驻重兵，最为紧要；蓝元枚既经患病，此时常青处亦无人可以派拨前往统辖。福康安此刻已抵闽省，接奉此旨，即应星夜加倍兼程，竟由蚶江配渡，迅赴鹿仔港；即带领蓝元枚所统官兵奋勇打仗，接应诸罗，或与徐鼎士会合夹攻大里杙。惟当相机而行，不必俟屯练及贵州兵到齐，再行进发。彼时若蓝元枚病症不能痊愈，所有水师提督，即令蔡攀龙署理。蔡攀龙素为奋勇，屡经打仗出力，是以特加擢任；着福康安先行传谕蔡攀龙，务须倍加奋勉，杀贼立功。至蓝元枚自到鹿仔港后，办理一切尚为奋勉；后因其拥兵观望，并无寸进，又不亲往援应诸罗，节经降旨饬谕。今蓝元枚既称患病，难以支持，其情殊可怜悯；现已颁赏大、小荷包，以示轸念。福康安到彼，即传旨赏给』。
初七日（辛未），谕军机大臣曰：『李侍尧于八月初九日曾奏：「带领续调粤兵之总兵李化龙业已先到，现催令该镇带领已到之兵即日开驾，速赴蓝元枚一路协剿」等语；是李化龙此时早已带兵前抵鹿仔港。李化龙人尚明白，且曾经行阵；如蔡攀龙实时不能前抵鹿仔港，即着李化龙署理水师提督事务，并着鼓励将弁等奋勇出力、相机攻剿，不得因循株守，致有贻误。至普吉保与蓝元枚同驻鹿仔港，蓝元枚既经患病，又将官兵交伊管束；普吉保即应将蓝元枚患病光景及现在如何督率官兵剿捕事宜，详悉具奏。何以并未据专折奏闻？着传旨严行申饬。至鹿仔港现在各副、参、游击等官俱系营伍大员，久随蓝元枚调度筹办，已有章程；此时提督虽经患病，该员等正当各为国家出力，勉图报效之时，何未见有一人同普吉保剿贼者！福康安到彼，即应鼓励在彼将弁统率新到官兵，或会合徐鼎士直攻大里杙贼巢；或竟率领官兵经赴诸罗救援，将沿途贼匪痛加剿杀：以期道路肃清，军威丕振』。
又谕：『现在诸罗被困紧急，常青等自应遵旨带兵亲赴北路援应柴大纪；而伊等又因府城存贮粮饷、火药，兼之难民甚多，惟恐大兵起程后，贼匪乘间侵扰府城，请俟浙、粤驻防满洲兵到后，酌留一半驻守府城、带领一半先净南路，所办亦觉未中肯綮。此项驻防兵三千前抵台湾后，军势壮盛，正当乘其锐气，以全力直趋北路；今又以分派一半驻守府城、一半带往南路剿贼，是兵力又以分而见单。但此时常青等如已带兵前赴南路，果能将贼匪大加剿杀，擒获庄大田、恢复凤山，肃清后路，俾无反顾之虞，亦属甚善；但必当奋力搜剿，将屯占贼匪歼戮无遗，庶不虚此一举，不可徒分兵力以致两处耽延。又据李侍尧奏：蓝元枚于八月十八日患病身故；览之深为轸惜！鹿仔港现驻重兵，方图进剿；又贼党互相猜疑，渐有溃散之势，正是极好机会。而参赞大员忽因病故，军心不无惶怯，将弁等不无懈弛观望；并恐贼人闻知蓝元枚病故信息，生心窥伺，最为紧要。李侍尧所奏之折，福康安在途次已经启阅，自悉该处情形；惟当坚持定见，及早驰抵该处整顿兵力，奋勇进剿。倘福康安尚未能克日前抵鹿仔港，即应先发札谕，以该参赞虽经身故，但官兵厚集，声势壮盛；福康安现赴鹿仔港即日可到，李化龙、普吉保及将弁官兵等务须倍加奋勉，努力自效，俾军心镇定、将弁等咸知奋勇』。
又谕：『据柴大纪奏：「官军在诸罗城外剿杀贼匪，城内绅耆铺民挑送饭食、凉水，兵丁得不饥渴」；又据常青、李侍尧等奏：「牌腹村义民运粮接济诸罗城中」各等语。该处民人能各知大义，踊跃奉公，深堪嘉尚；自当特沛恩膏，以示奖励。着福康安、常青、李侍尧即行查明首先倡义之义民头目，一面奏闻、一面酌给官职。第念各该处义民众多，若仅将头目给官嘉奖，恩施犹未普遍；前曾降旨蠲免台湾本年应征钱粮，着再加恩将五十三年分台湾府属应征钱粮亦概行豁免。并