五员、食粮兵四万九百六十二名、归农官弁兵民六万四千二百三十名口、眷属人役六万三千余口、大小船九百余只』。下部知之。
十八日（丁未），敕福建提督水师总兵官施琅等曰：『海寇虽已荡平，逆贼郑锦尚窜台湾。率以尔施琅素谙海务、矢志立功，特命尔为靖海将军，以承恩伯周全斌、太子少师左都督杨富为副，以左都督林顺、何义等为佐，统领水师，前往征剿。凡事，会议酌行。毋谓自知，罔听众言；毋谓兵强，轻视寇盗。严设侦探，毋致疏虞。抗拒不顺者，戮之；大兵一至、实时迎降者，免死。有能擒杀贼渠投诚者，核明具奏。行间将领功罪，察记汇奏。务期殄灭逆孽，副朕倚任之意。尔等受兹重任，宜殚竭心力，以奏肤功。钦哉！特谕』。
－－以上见「大清圣祖仁皇帝实录」卷十二。
八月初九日（戊辰），浙江总督赵廷臣疏报随征总兵官范达礼招抚伪兵部侍郎蔡昌登等缴伪敕印投诚，请给衔俸；以劝来者。下部议。
十五日（甲戌），浙江总督赵廷臣疏报：『逆渠张煌言盘踞浙海多年，其下伪官节次招降，独张煌言抗不就抚。臣与京口将军刘之源先后发书遣使谕以祸福，劝其去逆效顺；张煌言之死不悔，虽将随从兵弁船只起发进关，犹借名归隐，徜徉海外。臣即驰赴定海，会商水陆提督哈尔库、张杰分遣将士配坐船只，由宁、台、温三路出洋搜剿，毁其贼巢、歼其余党。侦知张煌言披缁远遁，密令骁勇将备徐元、张公午扮成僧民，随带健丁、火器潜伏普陀山一带，仍拨将弁扼守要路，以防奔窜。至七月二十日，瞭望朱家尖有赶缯船一只，急举火器前击，获有活口林生、陈满等，知张煌言见在悬山范澳；徐元等即驾所获贼艘，尾随八桨兵船，令活口林生等仍扮差回原船，使之不疑。乘夜进一小港，从山后觅路，突入账房；遂擒张煌言及其亲信余党，搜出伪「视师兵部」银方印一颗、伪关防九颗、枪炮盔甲旗伞等物。三省出没之渠逆，一旦生擒；凡经过宁、绍、杭各府，百姓聚观如堵。从此奸宄绝迹，海宇肃清，共仰天威震迭矣』。得旨嘉奖，下部议叙。
二十日（己卯），湖广总督张长庚疏报：『靖西将军都统穆里玛、定西将军都统图海等率旅与三省缘旗兵合剿西山巨逆郝摇旗、刘汝魁等业经授首，独李来亨拥众茅麓山，最为险峻；官兵昼夜环攻，贼势穷迫，其党陆续下寨归降。八月初五日，李来亨全家自缢，举火焚巢；官兵搜剿余党，楚寇荡平，全师奏凯』。下部察叙。
九月十八日（丙午），广东总督卢崇峻疏报：『平南王将军、提督等统领官兵于八月十二日进剿碣石卫贼巢，擒斩贼首苏利，俘获余党万余，贼寨荡平』。得旨嘉奖，下部察叙。
二十日（戊申），福建总督李率泰疏言官兵会剿茶仔畬山寇，生擒贼首余角，余党俘斩无算，各峒寨悉平。下部察叙。
冬十月初三日（辛酉），福建水师提督施琅疏报郑逆商人蓝英带货物投诚。下部知之。
初八日（丙寅），靖南王耿继茂疏报：『荷兰国出海王于八月十六日带领番船十只、番兵千人抵闽安镇，约九月二十日至围头取齐，于十月初旬往澎湖攻贼巢，候风便进取台湾』。下部知之。
初十日（戊辰），海逆张煌言伏诛。
十六日（甲戌），拨投诚兵二千名隶海澄公黄梧下，合旧兵三千名。立中、左、右、前、后五营。
二十二日（庚辰），福建总督李率泰疏报总兵官马化麒于古雷山遇贼船三十一只，奋勇力战，阵斩一百七十余人，擒获一十三人；得获器械、船只，因无水手撑驾，实时焚毁；兼报炮伤官马三匹。得旨：『斩杀贼伙，得获器械，因无撑船之人焚毁等语；系从何来之贼？其贼首为谁？且近地所得船只，焚毁是何缘故？既云官马三匹被炮倒毙，其战士何以无一被伤者？其中或边地官员欲行邀功，杀投来之人谎报亦未可知！着该督严行察明具奏』十一月戊子朔，以投诚左都督杨来嘉为湖广襄阳总兵官、投诚左都督三等阿思哈番蔡缘为河南河北总兵官。
初七日（甲午），镇守福宁总兵官吴万福疏报：『叛镇苏利贼党密遣贼艘从外洋潜入闽地，官兵哨探堵截，斩获贼众、焚夺贼船，片帆不返』。下部知之。
十二月十二日（己巳），升副将刘炎为福建汀州总兵官。
－－以上见「大清圣祖仁皇帝宝录」卷十三。
●康熙四年
康熙四年（一六六五、乙巳），春正月初十日（丁酉），加阵亡福建都督三等侯马得功为一等侯，予祭葬，谥「襄武」。
二十二日（己酉），福建总督李率泰疏报：『闽海厦门各岛前已荡平，惟南山、镇海、佛潭桥一带余孽盘踞，臣会同靖藩饬随征中路总兵官刘进忠等进剿；该镇即于三年九月初四日亲统官兵，阵斩逆贼七千有奇，招抚男妇一万三千余名。在事有功人员，应请议叙』。下部议。
二月初三日（庚申），广东潮州总兵官许龙疏报舟师直抵碣石，逆贼苏利