曰六政府、司官曰从事、六科曰谏议、十三道曰直指使、翰林院曰弘文馆、巡抚曰节度使；其余改者甚多）。召见朝官，以大僚多误国，概囚系之；庶官则或用、或否（用者下吏政府铨除，不用者搒掠取赀）。系纯臣、藻德、演及诸勋戚大臣等，悉付刘宗敏营（藻德与马世奇家人泣曰：『我不能为，若主今求死不得矣』）；拷掠责赇赂，至灼肉折胫，备诸惨毒。金足，辄杀之。
是时，畿内府、州、县俱降，山东，河南亦多附；自成谓「真得天命」，令牛金星等撰登极仪，诹吉日。及自成升座，忽若有神人击之者，座下龙爪鬣俱动；自成恐，亟下。铸金玺及「永昌」钱，皆不就。闻山海关吴三桂兵起，益大沮丧，谋归西安。
夏四月，我大清兵破李自成于山海关。自成奔还京师，僭号于英武殿，遂奔山西。
初，吴三桂奉诏入援；至山海关，闻京师陷，犹豫不进。自成执其父襄，令作书召之，三桂欲降；至滦州，闻爱姬陈沅被刘宗敏掠去，愤甚；疾归山海，袭破贼将。自成怒，亲部贼十余万，执吴襄于军，东攻山海关；以别将从一片石（关名；在永平府抚宁县东北）越关外。三桂惧，乞降于我大清，求共讨贼。时统兵睿亲王师次翁后，得三桂书，即遣使报之（大略言：『闻明崇祯帝灭于流贼，不胜发指！
故率仁义之师，沈舟破釜，誓不返旆，期必灭贼，出民水火。伯遣使致书，深为喜悦！若率众来归，必封以故土，晋为藩王；国仇可报，身家可保』）。三桂复请速进兵，遂疾驰至沙河；三桂报贼已出边立寨栅，大军迎击之，败贼将唐通于一片石。至山海关，三桂开关出迎；我大清令三桂兵系白布为识，使之先驱，遂入关。时贼众皆多历战阵，殊剽悍；阵于关内，自北山亘海。大军布阵，不能横及海岸；乃令军士鳞次布列，对贼阵尾；伺其气衰，奋击之；且戒勿越伍躁进，违节制。阵既列，三桂居右翼之末，先悉其众搏战；贼力斗，围开复合。战良久，大军从三桂阵石突出，冲贼中坚，万马奔腾，飞矢雨堕；天大风，沙石飞走，击贼如雹。自成方登高冈观战，知为大清兵，急策马下冈走；贼众大溃，自相残踏；死者无算，僵尸遍野，沟水尽赤。自成奔永平，大军追之。三桂先驱至永平，自成杀吴襄，走还京师（时牛金星居守，诸降人往谒，执门生礼甚恭。金星曰：『讹言方起，诸君宜简出』。由是降者始惧，多窜伏矣）；乃悉镕所拷索金及宫中帑藏、器皿，铸为饼，每饼千金；约数万饼，骡车载归西安。二十九日，僭帝号于武英殿，追尊七代皆为帝后，立妻高氏为皇后。自成被冠冕，列仗受朝；金星代行郊天礼。
是夕，焚宫殿及九门城楼；诘旦，挟太子、二王西走，而使伪将军左光先、谷可成为后卫（自成勒诸珰，悉取其金玉、珠宝。及出宫，令群贼各执守城白杨杖逐之；不分贵贱，皆号泣徒跣，败面流血，走出京城门外）。
五月，大军定京师。
自成既西奔，我大军所至，谕以「定乱安民，共享太平」之意；百姓窜匿山谷者悉还乡里，迎降恐后。遂整兵入京城，故明诸臣迎于五里外；下令安辑百姓，民间安堵如故。命以礼改葬崇祯帝后，建碑亭殿庑，悉如典制；并葬帝妃袁氏、两公主及熹宗后张氏、神宗妃刘氏，皆如礼：今臣民服丧三日。寻议加谥，曰庄烈愍皇帝，陵曰思陵。
「明史」赞曰：『帝承神、熹之后，慨然有为；沈机独断，刈除奸逆：天下想望治平。惜乎大势已倾，积习难挽！在廷则门户纠纷，疆场则将骄卒惰；兵荒四告，流寇蔓延：遂至溃烂而莫可救，可谓不幸也已！然在位十有七年，不迩声色，忧勤惕厉，殚心治理；而用匪其人，益以偾事。乃复信在宦官，布列要地；举措失当，制置乖方。祚讫运移，身罗祸变；岂非气数使然哉！迨至天命有归人、妖氛尽扫，而帝得加谥、建陵，典礼优厚；是则圣朝盛德度越千古，亦可以知帝之蒙难而不辱其身，为亡国之义烈矣』。
明兵部尚书史可法等奉福王由崧（神宗孙、福恭王当洵长子；初封德昌王，崇祯十六年嗣封福王）监国于南京。
北都既陷，庄烈帝殉社稷；四月己已报至南京，人心惶惧。时参赞机务兵部尚书史可法方督师勤王，在浦口。诸大臣议立君，而福王由崧与潞王常淓（穆宗孙、潞简王翊镠之子）俱以避贼至淮安，伦序当属福王；诸臣虑福王立，或追怨妖书及梃击、移宫等案。潞王立，则无后患，且可邀功；阴主之者，废籍礼部侍郎钱谦益及郎中周镳（字仲驭，金坛人）、佥事雷演祚。力持其议者，兵部侍郎吕大器（字俨若，遂宁人），而右都御史张慎言（字金铭，阳城人）、詹事姜曰广（字居之，新建人）皆然之；移牒可法（大略言『福王伦序当立，而有七不可：贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司也。潞王神宗之侄，贤明当立』），可法遂还南。而凤阳总督马士英利福王昏庸，欲立之；密与操江诚意伯刘孔昭（基之十二世孙）、总兵高杰、刘泽清、黄得功、刘良佐等结而致书于可法，可法意未决。甲申，守备南京魏国公徐弘基（达之十世孙）等、户部尚书