精锐者可得六七千,海澄公黄梧标下可选择二千,投诚兵内可选择数千,再有未敷,就陆师中酌选,共得二万余,便可合为劲旅;兵在精不在多也。闽省全辖大小戈船共二百只,选拨一百七十只;小快哨一百只,选拨七十只;再造大水艍船十余只,渡马船二十余只。此所造船只,为费不多。将豫备之兵粮船器,充东征之用,无烦征召,不事浪费,戳力讨平,永清海甸,诚长便之策也。复思澎湖为台湾四达之咽喉,先取澎湖,势已居其半。大兵压近,贼胆必寒,势必革心归命。然后善为过渡安插,可不劳而定。倘执迷不悔,甘自殄灭,乃提师进发,可一鼓全收矣。贼一日未灭,臣一日未安。筹度时势,定当扫清余孽。且数年来,江、浙、闽、粤多设水陆官兵,动费倍增,皆为残孽未靖之故。如台湾一平,防费可裁,地方益广,岁赋可增,边疆永奠,诚一时之劳,万世之逸也」。圣祖仁皇帝览疏,召诣阙面陈所见。七年四月至京师。朝议循于招抚,不事轻剿,乃撤水师提督,授内大臣,晋伯爵,从容丹禁者十余载。
后闽省以逆藩作乱,海氛乘之复炽,东南亿万户渔盐耕织失业,圣祖恻然念之。二十年,进诸廷臣诏询剿取台湾方略,咸循前议。琅独毅然身任,具陈海上情形,度己度彼,条奏甚悉。圣祖大悦,加太子少保,复畀节钺提督全闽水师。十月至任,练兵整船。调兴化、江东等处陆路官兵协同进剿,议乘南风直捣澎湖。而同事者多枘凿。总督姚启圣疏言:「海贼刘国轩遣官黄学齎书至,请照琉球、高丽等外国之例,称臣进贡,但不薙发登岸,应否如其所请,请旨定夺」。圣祖谓:「台湾贼皆闽人,不得与琉球、高丽比。如果悔罪,薙发归诚,该督抚并遴选贤能官前往招抚。或贼闻知大兵进剿,计图缓兵,亦未可料;其审查确实。倘机有可乘,可令提督即遵前旨进兵」。二十二年五月,姚启圣奏称:「已遣福州副将黄朝用往谕刘国轩等,仍如前言」。圣祖乃趣琅进兵。
琅既奉专征俞旨,遂克期进剿。先聚米作地势示诸将曰:「如此入港,如此泊船,如此进击;不用命者必按军法」!因大书诸将姓名于各船飞篷之上,以便进退。六月十四日乙酉,由铜山进发,丙戍夺猫屿、花屿,晚泊八罩。逆贼伪侯刘国轩侦知我兵将乘南风进剿,倾巢而来,坚守澎湖。凡沿海之处、小船可以登岸者,尽筑短墙,安置腰铳,添筑炮城十余座,蜂集大小战船于天妃宫上下。丁亥,琅率舟师进发。先锋署右营游击蓝理等以鸟船首先攻敌。时值南潮正发,舳舻乘疾流逼压贼垒,被贼围困。琅亲驾楼船,冲杀入围。贼望见旌麾,皆环迫钩舟接战。琅伤目,以帕渍血示无恙。诸将校皆奋勇击杀,贼败退。兴化镇臣吴英继后夹攻,焚杀伪将军沈诚等大小贼目七十余员,贼■〈舟宗〉兵三千余名。戊子,全■〈舟宗〉复收八罩。已丑,取虎井、桶盘屿。癸已,遣兵官陈蟒、魏明等领船五十只为奇兵,直入鸡笼屿、四角山夹攻;又遣随征总官兵董义、康玉等驾船五十只为疑兵,直入牛心湾牵制;又将大鸟船五十六只居中,分为八队,每队驾船七只,各作三叠;留船八十只为后劲。琅居中指挥督率,直进扑剿。贼舟四路齐出迎战。炮矢雨集,烟焰蔽天。我师奋勇,呼声震撼波涛。总兵官林贤、朱天贵等继进夹击。自辰至申鏖战。贼被焚杀,浮尸满海。击沉大小贼船一百九十四只,焚杀伪官三百余员,贼兵一万二千有奇,猎楼橹甲仗不计。刘国轩力不能支,乘快船从吼门潜遁。伪将军杨德等一百六十五员率贼兵四千八百余名倒戈投降。报捷疏至,言是役以七昼夜破数十年盘踞之贼。抵澎之后,海不扬波,进师之时,潮涨四尺,以佐成功,此皆天威所致云。
琅不念旧仇,尽释所俘放归台湾。逆渠郑克塽势已穷蹙,又觇无屠戮意,七月丙申,遣伪官郑平英等齎降表至琅军前。总督姚启圣奏请招抚。圣祖命撰敕发姚启圣同琅酌行。八月甲寅,琅奏言:「七月十五日,郑克塽遣伪官冯锡珪等,伪侯刘国轩、伪伯冯锡范遣其弟伪副使刘国昌、冯锡韩等齎降表文稿诣臣军前,请缴伪印册,率众登岸,以求安插。臣随遣侍卫吴启爵、笔贴式常在同冯锡圭等持榜示往台湾晓谕伪官兵民,验视薙发。即令郑克塽等缮写降表,并伪册印一并齎送,以便代奏。至台湾虽在海外,地方千余里,户口数十万,或弃或守,仰候圣裁」。得旨:「海洋远徼,尽入版图,积年逋寇,悉皆向化,具见卿等筹画周详,剿抚并用,克奏肤功,朕心深为嘉悦。在事有功人员,该部从优一并议叙。会议政王大臣会议以闻」。寻议政王大臣等议:「台湾应弃应守,俟郑克塽率众登岸,令侍郎苏拜与该督抚提督会同酌议具奏」。己已,琅疏言:「臣于八月十一日率领官兵自澎湖进发,十三日入鹿耳门至台湾。十八日,郑克塽伪文武官俱已薙发,宣读赦诏,郑克塽等欢呼踊跃,望阙叩头谢恩。所有郑成功之子伪辅政公郑聪等六人、郑锦之子郑克塽及其弟伪恭谨侯郑克举等九人、伪武平侯刘国轩、伪忠诚伯冯锡范等子弟、及明裔朱桓等十七人,并续顺公下官兵家口、海澄公家口,俱拨船配载官兵陆续护送移入内地,并移咨侍郎苏拜及督抚听其安插。其余伪文武官员家口,现在趣会起行。兵丁有愿入伍及归农者,