进贤退不肖,皆有体。瀚系大臣,应听自免。陈邦传据浔梧,自称世守,不止供。式耜疏驳之曰:今日功晋五等,尚未裂土,且海宇浚剥,假粤西一隅为郊畿;百官六师,于是取给;辄曰世守,岂老成忧国之心哉?式耜虽在外,朝廷之事,未尝不极言力请。疏曰:臣与陛下,患难相随,休戚与共;原自不同于诸臣。一切大政,自得与闻。庙议可否,国势所关,本乱而求末治,不可得也。又念行在久无讲官,经筵不御,石室尘封,何由闻得失。因手书八箴于扇,进之。是年春,金声桓以南昌归。孔有德等退军武昌。夏腾蛟复全州,李成栋亦以广东来归。奉表迎乘舆。江南响应。式耜上疏言:行在大政,履端谨始,不可不慎。臣谓广东军功爵赏,文武署置,一归成栋,不宜更易。且楚黔雄师百万,腾蛟翘首威灵,如望云霓,大驾遽东,军中将吏必谓朝廷乐新复之土,成栋亦有邀驾之嫌,号令既遥,事机便异。请一见东诸侯,俾共瞻至尊音容,面为慰劳指属,然后责其尽意于东,揣势量情,柔远能迩,道无过此。王欲东,式耜再请还桂林,以图出楚。不报。会闻吴贞毓劝王幸广州,式耜急使刘远生入见阻之。成栋自岭还,修行宫,且邀驾。远生奉使至广,谓成栋曰:今爵驻此,爵赏征伐,人疑有私,不可不嫌。成栋乃止。八月,王至肇庆。成栋陛见,首言式耜拥戴元臣,不宜久劳疆场,请召还纶扉,以资启沃。王遣官三四辈,召式耜。式耜念身在西省,则东朝重,且时事遽难逆睹,安危之机在外不在内,辞不赴。时,五岭道通,朝士辐至。李元胤、袁彭年新自东来,与刘湘客、金堡等一见辄契,期以肃清纲纪,培植善类相励,权幸多不便。陈邦傅与成栋争宠。未几,又召何吾驺、黄士俊入阁,祖用敝政,更置台谏,行朝嚣然,水火日深。而式耜以度量包容,公忠调护,旧人新附,皆倚为重。成栋战亦不利。
顺治六年正月,何腾蛟、李成栋、金声桓俱败死。王命式耜代腾蛟,总督川湖滇广军马,赐敕有曰:得卿在桂,朕无西顾,湖南进止,惟任便宜。未几,衡永皆破,赵应选、胡一清溃入广西。式耜请以兵科给事中吴其靁监诸营军,再出屡疏劝王,以岁月稍暇,财力优裕,宜一心并力修内治以自固,严外备以自强,且积弊之后,易致振兴也。一才一艺之士,靡不收罗幕府,每慨人才凋零。殆尽,凡趼足而至者,非怀忠抱义之人,亦乱世取功名之士;人之精神,岁月不用之于正,则用之于邪;安可驱为人用?故人咸以桂林为稷下。七月,式耜遣胡一清出屯全州。顺治七年正月,尚可喜入南雄,韶州、肇庆大震。王欲出奔,式耜驰奏,言粤东水多于山,不利骑战。自成栋归顺,始有宁宇,财赋繁盛,十倍粤西,骑士材官,南北相杂,中兴根本,杂得易失。且韶去肇数百里,强弩乘城,亦可坚守,以待勤王。今遂弃之,悔可及乎?不听。如梧州。可喜遂围广州。二月,党人狱起,金堡、丁时魁、蒙正发、刘湘客下锦衣卫。式耜奏言:俶扰之时,宜保元气,勿滥刑。诏狱追赃,乃熹庙朝魏忠贤窃权锻练杨、左事,何可祖而行之?敕班四人罪状,示式耜。式耜封还敕书,言法者天下之至公,不可以蜚语横加考案。且四人得罪,各有本末,臣在政府不言,恐失远近人望。其何辞于后世。凡七疏,始改命三法司,久乃论戍。秋,孙可望袭据贵州。十月,孔有德破镇峡,曹志建溃。式耜遗起恒书曰:今东疆危迫,天下事大都不可为,吾与公身为重臣,遭时板荡,不能拯救,徒以一死塞责,何面目以见天下士?起恒奉书而泣。十一月二日,广州陷。五日,孔有德入严关,桂林城中大乱,溃兵四掠,式耜衣冠危坐署中。时张居正曾孙同敞,为兵部侍郎,监一清军于灵川,闻变南奔曰:安可使留守独殉社稷?自江东泅水至,直入式耜寓。曰:事迫矣,公将奈何?曰:今日是式耜死日,但陷封疆,负国死,悔恨耳。同敞曰:君恩师谊,敞当共之。诘旦城陷,被执;有德谕使降。式耜不应。同敞大骂,白梧击,两臂折,牵出共幽一所。大清军壮其义,间馈酒食,同敞纵饮,和诗歌,题墙壁俱满。闰十一月十七日,遇害。桂人哀号载道。
初,金堡戍清浪,阻兵止于桂林为僧。至是,遣僧义持书上有德,请收葬式耜、同敞。略曰:故督师大学士瞿公、总督学士张公,皆山僧之友也。已为王所杀,可谓得死所矣。敌国之人,势不并存,忠臣义士,杀之而后成名。两人岂有遗憾于王,即山僧亦岂有所私,痛惜于两公哉!然闻遗骸未殡,心窃惑之。古之成大业者,表扬忠节,如出天性,杀其身而敬旦爱其人。若唐高祖之于尧君素,周世宗之于刘仁瞻是也。我太祖之下金陵,于元御史福寿既葬之矣,复立祠以祀之。其子犯法当死,又典法以赦之。盛德美名,于今为烈。至如元世祖祭文天祥、伯颜恤、汪立信之家,岂非与其植彝伦者耶!山僧间尝论之,衰国之忠臣,与开国之功臣,皆受命于天,同分砥柱乾坤之任。天下无功臣,则世道不平;天下无忠臣,则人心不正;事虽殊轨,道实同源。两公一死之重,岂轻于百战之勋者哉?请具衣冠。为两公殓。瞿公幼子,尤宜存恤。张公无嗣,益可哀矜,并当择付亲知,归丧故里,则仁义之誉,王且播于无穷矣。如其不尔,亦许山僧领尸随缘藁葬