在天津与各国议和，廷议於“遣使入京”一条坚不欲行，迄未换约。九年，乃有大沽之战，敌却退。十年，英法联军又来犯，僧格林沁拒战屡失利，复遣桂良等议和。敌军近逼通州，乃改命怡亲王载垣、尚书穆廕往议，诱擒英官巴夏礼置之狱，而我军屡败之馀不能战，车驾仓猝幸热河，廷臣争之不可。事多出肃顺所赞画，遂扈从。洎敌军入京师，恭亲王留京主和议，议即定，敌军渐退。留京王大臣吁请回銮，肃顺谓献情叵测，力阻而罢。肃顺先已授御前大臣、内务府大臣，至是以户部尚书协办大学士，署领侍卫内大臣，行在事一以委之。
十一年七月，上疾大渐，召肃顺及御前大臣载垣、端华、景寿，军机大臣穆廕、匡源、杜翰、焦祐瀛入见，受顾命，上已不能御硃笔，诸臣承写焉。穆宗即位，肃顺等以赞襄政务多专擅，御史董元醇疏请皇太后垂帘听政。肃顺等梗其议，拟旨驳斥，非两宫意，抑不下，载垣、端华等负气不视事。相持逾日，卒如所拟，又屡阻回銮。恭亲王至行在，乃密定计。九月，车驾还京，至即宣示肃顺、载垣、端华等不法状，下王大臣议罪。肃顺方护文宗梓宫在途，命睿亲王仁寿、醇郡王奕枻往逮，遇诸密云，夜就行馆捕之，咆哮不服，械系。下宗人府狱，见载垣、端华已先在，叱曰：“早从吾言，何至今日？”载垣咎肃顺曰：“吾罪皆听汝言成之也！”谳上，罪皆凌迟。诏谓：“擅政阻皇太后垂帘，三人同罪，而肃顺擅坐御位，进内廷出入自由，擅用行宫御用器物，传收应用物件，抗违不遵，并自请分见两宫皇太后，词气抑扬，意在构衅，其悖逆狂谬，较载垣、端华罪尤重。”赐载垣、端华自尽，斩肃顺於市。
肃顺揽权立威，数兴大狱，舆论久不平；奏减八旗俸饷，尤府怨。就刑时，道旁观者争掷瓦砾，都人称快。肃顺既伏法，诏逮所与交结之内监杜双奎、袁添喜等置重典；其被威胁者，概免株连。耆英子庆锡呈诉其父为肃顺所陷，请昭雪，诏以耆英罪当死，肃顺奏过当，文宗已斥之，特锢肃顺子不得入仕以示戒。
穆廕，字清轩，托和络氏，满洲正白旗人。官学生，考授内阁中书，充军机章京，迁侍读。咸丰元年，命以五品京堂候补，在军机大臣上学习行走。寻除国子监祭酒，故事，非科甲不与斯职，部臣执奏，特旨仍授之。历光禄寺卿、内阁学士，兼副都统。三年，粤匪扰河南、直隶，京师戒严，命偕僧格林沁、花沙纳、达洪阿办理京旗各营巡防事宜。迁礼部侍郎，署左翼总兵，寻调刑部。八年，擢理籓院尚书，兼都统，调兵部。
十年，命偕怡亲王载垣赴通州，与英法联军议和，解桂良等钦差大臣关防授之。议不谐，命擒诸酋，获巴夏礼送京。敌军益逼，诏斥穆廕等办理不善，撤回，扈从热河。丁父忧，予假十四日，命俟回京补行持服。
十一年，文宗崩，偕肃顺等同受顾命，赞襄政务。十月，肃顺、载垣、端华等伏法，穆廕与匡源、杜翰、焦祐瀛并罢直军机，议罪。及议上，诏曰：“穆廕等於载垣等窃夺政柄，不能力争，均属辜恩溺职。穆廕在军机大臣上行走最久，班次在前，情节尤重。王大臣等拟请将穆廕革职发往新疆效力赎罪，咎有应得。惟以载垣等凶焰方张，受其箝制，均有难与争衡之势，其不能振作，尚有可原，著即革职，加恩改发军台效力赎罪。匡源、杜翰、焦祐瀛皆革职，免其遣戍。”穆廕诣戍，同治三年，论赎归，殁於家。杜翰，附其父受田传。
匡源，字鹤泉，山东胶州人。道光二十年进士，选庶吉士，授编修，累官吏部侍郎。咸丰八年，入直军机，谦退无所建白。罢官后，清贫，主讲济南泺源书院以终。
焦祐瀛，字桂樵，直隶天津人。道光十九年举人，考授内阁中书，充军机章京。累迁光禄寺少卿。咸丰十年，命赴天津静海诸县治团练，召回从幸热河，命在军机大臣上学习行走，迁太仆寺卿。祐瀛尤谄事肃顺等，诸诏旨多出其手，为时所指目，故同败。
陈孚恩，字子鹤，江西新城人。道光五年拔贡，授吏部七品小京官，升主事，充军机章京。累迁郎中。大学士穆彰阿领枢务，深倚之，历太仆寺少卿、通政司副使、太仆寺卿，皆留直。迁大理寺卿、左副都御史，兼署顺天府尹、工部侍郎，擢仓场侍郎。二十七年，调署兵部侍郎，在军机大臣上行走。偕侍郎柏葰赴山东按事，劾巡抚崇恩库款亏缺、捕务废弛，罢之。暂署山东巡抚。授刑部侍郎，回京面陈在署任不受公费，诏嘉之，特加头品顶带、紫禁城骑马，赐匾额曰“清正良臣”，皆异数。二十九年，偕侍郎福济赴山西按巡抚王兆琛贪婪事，得实，褫兆琛职，逮京治罪。调工部，署刑部尚书，寻实授。三十年，宣宗崩，遗命罢配郊祔庙，下王大臣议。文宗召对，孚恩与怡亲王载垣等争论於上前，载垣等以失仪自劾，诏原其小节，予薄谴，而斥孚恩乖谬，降三级留任。孚恩寻以母老乞养回籍，允之。
咸丰元年，命在籍帮办团练。三年，九江陷，巡抚张芾出督师，孚恩与司道守省城，既而贼由安徽回窜上游，命偕芾筹防。贼犯南昌，孚恩偕芾固守，江忠源援师至，力战，相持九十馀日，贼始引去。以守城功，赐花翎。七年，母丧毕，到京未有除授。