潘滔说越曰：“今树处仲于江外，使其肆豪强之心，是见贼也。”越不从。其后征拜尚书，不就。元帝召为安东军谘祭酒。会扬州刺史刘陶卒，帝复以敦为扬州刺史，加广武将军。寻进左将军、都督征讨诸军事、假节。帝初镇江东，威名未著，敦与从弟导等同心翼戴，以隆中兴，时人为之语曰：“王与马，共天下。”寻与甘卓等讨江州刺史华轶，斩之。
蜀贼杜弢作乱，荆州刺史周顗退走，敦遣武昌太守陶侃、豫章太守周访等讨韬，而敦进住豫章，为诸军继援。及侃破弢，敦上侃为荆州刺史。既而侃为弢将杜曾所败，敦以处分失所，自贬为广武将军，帝不许。侃之灭弢也，敦以元帅进镇东大将军、开府仪同三司，加都督江扬荆湘交广六州诸军事、江州刺史，封汉安侯。敦始自选置，兼统州郡焉。顷之，杜弢将杜弘南走广州，求讨桂林贼自效，敦许之。陶侃距弘不得进，乃诣零陵太守尹奉降，奉送弘与敦，敦以为将，遂见宠待。南康人何钦所居险固，聚党数千人，敦就加四品将军，于是专擅之迹渐彰矣。
建武初，又迁征南大将军，开府如故。中兴建，拜侍中、大将军、江州牧。遣部将硃轨、赵诱伐杜曾，为曾所杀，敦自贬，免侍中，并辞牧不拜。寻加荆州牧，敦上疏曰：
昔汉祖以神武革命，开建帝业，继以文帝之贤，纂承洪绪，清虚玄默，拟迹成康。贾谊叹息，以为天下倒悬，虽言有抑扬，不失事体。今圣朝肇建，渐振宏纲，往段匹磾遣使求效忠节，尚未有劳，便以方州与之。今靳明等为国雪耻，欲除大逆，此之志望，皆欲附翼天飞。虽功大宜报，亦宜有以裁之，当杜渐防萌，慎之在始。中间不逞，互生事变，皆非忠义，率以一朝之荣。天下渐弊，实由于此。春秋之时，天子微弱，诸侯奢侈，晋文思崇周室，至有求隧之请，襄王让之以礼，闻义而服，自尔诸侯莫敢越度。臣谓前者贼寇未殄，苟以济事，朝廷诸所加授，颇多爵位兼重。今自臣以下，宜皆除之，且以塞群小矜功之望，夷狄无恹之求。若复迁延，顾望流俗，使奸狡生心，遂相怨谤，指摘朝廷，谗谀蜂起，臣有以知陛下无以正之。此安危之机，天下之望。
臣门户特受荣任，备兼权重，渥恩偏隆，宠过公族。行路厮贱犹谓不可，臣独何心可以安之。臣一宗误陛下，倾覆亦将寻至；虽复灰身剖心，陛下追悔将何所及！伏愿谅臣至款，及今际会，小解散之，并授贤俊，少慰有识，各得尽其所怀，则人思竞劝矣。州牧之号，所不敢当，辄送所假侍中貂蝉。又宜并官省职，以塞群小觊觎之望。
帝优诏不许。又固辞州牧，听为刺史。时刘隗用事，颇疏间王氏，导等甚不平之。敦上疏曰：
导昔蒙殊宠，委以事机，虚己求贤，竭诚奉国，遂藉恩私，居辅政之重。帝王体远，事义不同，虽皇极初建，道教方阐，惟新之美，犹有所阙。臣每慷慨于遐远，愧愤于门宗，是以前后表疏，何尝不寄言及此。陛下未能少垂顾眄，暢臣微怀，云导顷见疏外，所陈如昨，而其萌已著，其为咎责，岂惟导身而已。群从所蒙，并过才分。导诚不能自量，陛下亦爱忘其短。常人近情，恃恩昧进，独犯龙鳞，迷不自了。臣窃所自忧虑，未详所由，惶愧踧躇，情如灰土。天下事大，尽理实难，导虽凡近，未有秽浊之累；既往之勋，畴昔之顾，情好绸缪，足以历薄俗，明君臣，合德义，同古贤。昔臣亲受嘉命，云：“吾与卿及茂弘当管鲍之交。”臣忝外任，渐冉十载，训诱之诲，日有所忘；至于斯命，铭之于心，窃犹眷眷，谓前恩不得一朝而尽。
伏惟陛下圣哲日新，广延俊乂，临之以政，齐之以礼。顷者令导内综机密，出录尚书，杖节京都，并统六军，既为刺史，兼居重号，殊非人臣之体。流俗好评，必有讥谤，宜省录尚书、杖节及都督。且王佐之器，当得宏达远识、高正明断、道德优备者，以臣暗识，未见其才。然于见人，未逾于导；加辅翼积年，实尽心力。霸王之主，何尝不任贤使能，共相终始！管仲有三归反坫之识，子犯有临河要君之责，萧何、周勃得罪囹圄，然终为良佐。以导之才，何能无失，！当令任不过分，役其所长，以功补过，要之将来。导性慎密，尤能忍事，善于斟酌，有文章才义，动静顾问，起予圣怀，外无过宠，公私得所。今皇祚肇建，八表承风；圣恩不终，则遐迩失望。天下荒弊，人心易动；物听一移，将致疑惑。臣非敢苟私亲亲，惟欲忠于社稷。
表至，导封以还敦，敦复遣奏之。
初，敦务自矫厉，雅尚清谈，口不言财色。既素有重名，又立大功于江左，专任阃外，手控强兵，群从贵显，威权莫贰，遂欲专制朝廷，有问鼎之心。帝畏而恶之，遂引刘隗、刁协等以为心膂。敦益不能平，于是嫌隙始构矣。每酒后辄咏魏武帝乐府歌曰：“老骥伏枥，志在千里。烈士暮年，壮心不已。”以如意打唾壶为节，壶边尽缺。及湘州刺史甘卓迁梁州，敦欲以从事中郎陈颁代卓，帝不从，更以谯王承镇湘州。敦复上表陈古今忠臣见疑于君，而苍蝇之人交构其间，欲以感动天子。帝愈忌惮之。俄加敦羽葆鼓吹，增从事中郎、掾属、舍人各二人。帝以刘隗为镇北将军，戴若思为征西将军，悉发扬州奴为兵