部转左。十四年春,钺以掩杀冒功激变,中官汪直欲自往定之。帝令司礼太监怀恩等七人诣内阁会兵部议。恩欲遣大臣往抚,以沮直行。文升疾应曰:“善。”恩入白,帝即命文升往。直不悦,欲令其私人王英与俱,文升谢绝之。疾驰至镇,宣玺书抚慰,无不听抚者。又请前以也先乱失授官玺书者十余人,得袭官。事定,直欲攘其功,请于帝,挟王英驰至开原,再下令招抚。文升乃推功与直,然直内惭。文升又与直抗礼,奴视其左右,直益不喜。而陈钺益谄事直,得直欢。日夜谮文升,思中之未有以发也。文升还,赐牢醴。明年春,以辽东屡失事,遣直偕定西侯蒋琬、尚书林聪等按之。会余子俊劾钺,钺疑出文升意,倾之益急。直因奏文升行事乖方,禁边人市农器,致怨叛。乃下文升诏狱,谪戍重庆卫。直既倾文升,则与钺大发兵激功,钺以是骤迁至尚书。
十九年,直败,文升复官。明年起为左副都御史巡抚辽东。文升凡三至辽,军民闻其来皆鼓舞。益禁抑中官、总兵,使不得朘削,众益大喜。
二十一年进右都御史,总督漕运。淮、徐、和饥,移江南粮十万石、盐价银五万两振之。是年冬,召为兵部尚书。明年,以李孜省谮,调南京。
孝宗即位,召拜左都御史。弘治元年上言:“宪宗朝,岳镇海渎诸庙,用方士言置石函,周以符篆,贮金书道经、金银钱、宝石及五谷为厌胜具,宜毁。”从之。又上言十五事,悉议行。帝耕藉田,教坊以杂戏进。文升正色曰:“新天子当使知稼穑艰难,此何为者?”即斥去。御史徐瑁、贺霖失承旨下狱。文升言初政不宜辄罪言官,遂得释。寻命提督十二团营。
明年,代余子俊为兵部尚书,督团营如故。承平既久,兵政废弛,西北部落时伺塞下。文升严核诸将校,黜贪懦者三十余人。奸人大怨,夜持弓矢伺其门,或作谤书射入东长安门内。帝闻,诏锦衣缉捕,给骑士十二,卫文升出入。文升乞休,优诏不许。
小王子以数万骑牧大同塞下,势汹汹。文升以疾在告,帝使中官挟医视,因就问计。文升谓“彼方败于他部,无能为。请密为备,而扬声逼之,必徙去。”已而果然。遭继母忧,诏起复,再疏辞,不许。西北别部野乜克力,其长曰亦剌思王,曰满哥王,曰亦剌因王,各遣使款肃州塞,乞贡且互市。巡抚许进、总兵官刘宁为请,文升言互市可许,入贡不可许,乃却之。
土鲁番既袭执陕巴,而令牙兰据守哈密,僭称可汗,侵沙州,迫罕东诸部附己。文升议,此寇桀骜,不大创终不知畏,宜用汉陈汤故事袭斩之。察指挥杨翥熟番情,召询以方略。翥备陈罕东至哈密道路,请调罕东兵三千为前锋,汉兵三千继之,持数日粮,间道兼程进,可得志。文升喜,遂请于帝,敕发罕东、赤斤、哈密兵,令副总兵彭清将之,隶巡抚许进往讨,果克之,语详《进传》。
团营军不足,请于锦衣及腾骧四卫中选补。已得请矣,中官宁瑾阻之。文升及兵科蔚春等言诏旨宜信,不纳。陕西地大震。文升言:“此外寇侵凌之兆。今火筛方跳梁,而海内民困财竭,将懦兵弱。宜行仁政以养民,讲武备以固圉。节财用,停斋醮,止传奉冗员,禁奏乞闲地。日视二朝,以勤庶政。且撤还陕西织造内臣,振恤被灾者家。”帝纳其言,内臣立召还。
文升为兵部十三年,尽心戎务,于屯田、马政、边备、守御,数条上便宜。国家事当言者,即非职守,亦言无不尽。尝以太子年及四龄,当早谕教。请择醇谨老成知书史如卫圣杨夫人者,保抱扶持,凡言语动止悉导之以正。若内庭曲宴,钟鼓司承应,元宵鰲山,端午竞渡诸戏,皆勿令见。至于佛、老之教,尤宜屏绝,恐惑眩心志。山东久旱,浙江及南畿水灾,文升请命所司振恤,练士卒以备不虞。帝皆深纳之。民困赋役,文升极陈其害,谓:“今民田十税四五,其输边塞者粮一石费银一两以上,丰年用粮八九石方易一两。若丝绵布帛之输京师者,交纳之费过于所输,南方转漕通州至有三四石致一石者。中州岁役五六万人治河,山东、河南修塞决口夫不下二十万,苏、松治水亦如之。湖广建吉、兴、岐、雍四王府,江西益、寿二府,山东衡府,通计役夫不下百万。诸王之国役夫供应亦四十万。加以湖广征蛮,山、陕防边,供馈饷给军旅者又不知凡几。赋重役繁,未有甚于此时者也。宜严敕内外诸司,省烦费,宽力役,毋擅有科率,王府之工宜速竣。庶令困敝少苏。更乞崇正学,抑邪术,以清圣心;节财用,省工作,以培邦本。”诏下所司详议。他所论奏者甚众。在班列中最为耆硕,帝亦推心任之。自太子太保屡加至少保兼太子太傅,岁时赐赉,诸大臣莫敢望也。
吏部尚书屠滽罢,廷推文升。御史魏英等言兵部非文升不可,帝亦以为然。乃命倪岳代滽,而加文升少傅以慰之。岳卒,以文升代。南京、凤阳大风雨坏屋拔木,文升请帝减膳撤乐,修德省愆,御经筵,绝游宴;停不急务,止额外织造;振饥民,捕盗贼。已,又上吏部职掌十事。帝悉褒纳。一品九载满,加少师兼太子太师。帝以将考察,特召文升及都御史戴珊、史琳至暖阁,谕以秉公黜陟。又以文升年高重听,再呼告之,命左右掖之下阶。始文升为